Wednesday, November 11, 2009

Por una ley de responsabilidad política

Ey... algo así como pasarles la cuenta de la campaña a los políticos...

en breve, la política fiscal de calderón en campaña:

1) Crear empleos
2) Reducir los impuestos para quienes trabajan (específicamente el Impuesto sobre la renta)
3) Transparencia Fiscal
4) Inversión "responsable" (en universidades de calidad y en un seguro médico para todos los niños que nazcan durante su sexenio, y en agua potable)
5) Garantizar la estabilidad económica (bajar tasas de interés)

Así que con la eliminación de LyFC, la pérdida de al menos 212 mil empleos en lo que va del 2009, el aumento del 2% al ISR (y al IVA e IDE), el recorte de presupuesto a la educación (en las Universidades de calidad) y la inestabilidad económica (con un aumento específico en las tasas de interés), ¿de a cómo le tocaría a calderón?

video

*PD: todos los links apuntan a "El Financiero", el periódico favorito de la gente de dinero del país, por dos causas: 1) porque ya me hartó la jornada, 2) porque ya me harté de que me tiren de perredista por linkear a la jornada.

Wednesday, October 14, 2009

Luz y Fuerza del Centr o y el SME. Cuando el río suena, es porque agua lleva

He aquí un correo que me mandaron por mail con el título "y los medios ya the recapitularon la realidad?" que por cierto me parece bastante desafortunado. No lo escribí yo, sino que el autor es un tal azulyoro_18 cuyo mail me reservo para no meterlo en broncas. No estoy de acuerdo con todo, pero a falta de tiempo, lo pongo ahora sí para reflexión.

AMIGAS Y AMIGOS:

Vivimos tiempos de alarma ante los cuales no podemos ser indiferentes.

Particularmente la desaparición de LUZ Y FUERZA DEL CENTRO significa la continuidad del gobierno de Calderón de desmantelar el país y rematarlo a los peores postores y a los mejores impostores.

Calderón y su gabinete harán negocio para ellos y sus familias, no les importa el bien público, y el afectado por todos los medios serás tú.

Quiero compartir con ustedes algunas de mis reflexiones, en especial con aquellos que consideran esta medida como “positiva”:

• Luz y Fuerza del Centro nació en un contexto muy importante para el país. La industria eléctrica tiene una historia de 128 años (Compañía Mexicana de Gas y Luz Eléctrica y nacionalizada en 1960, cuando nace LUZ Y FUERZA); en 1881, justo cuando en el Porfiriato se buscaba un desarrollo del país.

• El Sindicato Mexicano de Electricistas (SME) nace con la Revolución Mexicana (1914), por eso tiene un espíritu muy especial y diferente a cualquier otro; ahora, el gobierno de Calderón atentando contra la historia, los elimina y los echa a la calle.

Las “razones” de Calderón para desparecer LyFC y al SME y otras consideraciones

• Calderón dice que desparece LUZ Y FUERZA por sus altos costos operativos más allá de su rentabilidad, es decir por su inviabilidad según él.

MENTIRA. Con la luz de Luz y Fuerza del Centro se produce el 35% del PIB nacional. El asunto de que tiene más costos operativos es producto desgobierno de Fox y de Calderón.

• Se habla de la ineficiencia, cuando en realidad los principales responsables son los directivos y su Consejo de Administración, los trabajadores no dirigen la empresa.

• Ahora bien, si usamos el mismo argumento de Calderón y sin ánimos de que suceda lo mismo: ¿Por qué no inició con PEMEX (sindicato priísta)?, ¿sucederá lo mismo con el SNTE que dirige Elba Esther Gordillo (madre putativa de Calderón)?. OJO: NO SUGIERO QUE SUCEDA, POR EL CONTRARIO, DEBEMOS DE DEFENDER A LOS TRABAJADORES DE ESTOS GREMIOS QUE PADEZCAN LO MISMO, SÓLO SEÑALAMOS LA ENORME INCONGRUENCIA.

• Si usamos la lógica de Calderón de ineficiencia, el primero que tendría que renunciar es él. El presidente del empleo, el presidente de no aumentar impuestos, el presidente de eliminar la tenencia, el presidente del crecimiento económico, el presidente que dijo que bajaría la luz, gasolina y diesel.

• ¿Por qué Calderón no estableció un plan de mejoramiento de la empresa?,

Si hay una ineficiencia del 30%, ¿por qué no hacer un plan de mejoramiento de 1% mensual para que al paso de poco más de dos años se elimine dicha ineficiencia.

• Por otro lado, no debemos caer en el falso argumento de que las prestaciones de los trabajadores del SME son exorbitantes, esto es mentira, son trabajadores como tú, que aunque en ciertos términos puedan ser cuestionables dichas prestaciones, al final, son logros alcanzados por la lucha sindical, que en realidad debieras tenerlos tú también.

• No seas presa del egoísmo de que porque ellos tienen ciertas prestaciones y tú no, a ellos se les debe cancelar, luchemos para que tu patrón también te las otorgue a ti.

• Llama la atención la cobardía de Calderón de no anunciar él mismo la decisión el sábado por la noche y hacerlo hasta el domingo. Prefirió enviar a su vocero López Dóriga (¡increíble que alguien con esa dicción sea comunicador! Y aparte le digan teacher).

• Finalmente más allá del punto anterior, el SME siempre ha abogado por las causas justas, eso es más que suficiente para desaparecerlo según Felipe el Breve.

• ¡Ah! y sólo por informar, Los Pinos no pagan luz.




¿Qué sigue?

• Lo mismo se dijo de la banca comercial, que era ineficiente, y hoy tenemos la banca más cara del mundo. Lo mismo pasará con la luz.

• Apagones constantes. porque los empleados de la CFE no cuentan con el grado de especialización eléctrica como los del SME.

• Despido potencial miles de empleados más. IMAGÍNENSE, SI SE ESTÁ ECHANDO A LA CALLE A MÁS DE 42,000 EMPLEADOS DE UN SINDICATO, siendo esto así, ¿qué suerte correrán los empleados de la iniciativa privada cuando sus patrones vean estos ejemplos del mismo gobierno?.

• Recuérdenlo, el Presidente del empleo está mandando a la calle a más de 42,000 obreros, mismos que saldrán a la calle a disputar tu puesto.

• Indiscutiblemente, el ingreso de compañías privadas extranjera en la administración y generación de la energía. Calma, si ahora no haces nada, mañana lo pagarás en tu recibo de electricidad.

¿Qué hacer ahora?

• PARTICIPAR EN LAS MOVILIZACIONES DEL SINDICATO MEXICANO DE ELECTRICISTAS, NO SEAS EGOÍSTA, ESTO SI TIENE CARÁCTER NACIONAL Y PATRIOTA; Y NO LOS 11 PARES DE BOTINES ANALFABETAS DE LA SELECCIÓN DE FÚTBOL, LOS CUALES SÍ GANAN MILLONES DE PESOS POR UN TRABAJO QUE EN NADA FAVORECE AL PAÍS O, ¿TÚ QUE GANAS CON QUE MÉXICO VAYA AL MUNDIAL?, ¿ERES ACCIONISTA DE ALGÚN CLUB?. SIN EMBARGO, ¿QUÉ PIERDES SI SE PRIVATIZA LA ENERGÍA ELÉCTRICA?.........NO BUSQUES LA EVASIÓN A TUS PROPIAS FRUSTACIONES EN EL FUTBOL, ÉSTE ES SÓLO UN ENTRETENIMIENTO. PARTICIPA Y AYUDA EN LO QUE SI TE AFECTA A TI Y A TU PUEBLO.

• Exigir por todos los medios la renuncia de Calderón. Es un apátrida y amátrida, debe abandonar el puesto de presidente y es necesario también que Carstens se deje de comer media vaca diaria y se largue con todo el demás gabinete.

• Discutir, comunicar estas y más ideas con amigos, familiares y vecinos.

• El ahorro liquidando al SME y Aluz Y FUERZA DEL CENTRO será de 18,000 millones de pesos, conforme lo ha dicho el gordo Carstens.

Sin embargo, y según mis cálculos lo que le pagamos anualmente al FOBAPROA-IPAB sólo por intereses asciende a más o menos el doble: 40,000 millones de pesos. ¿Por qué carajos Calderón no ha renegociado esta deuda en lugar de mandar a la calle a miles de obreros?..........

Porque al final de cuentas él la promovió en 1998.


Saludos a todos.

Sunday, October 11, 2009

Descanse en Paz LyFC y con ella la nacionalización de la energía eléctrica

El Sindicato Mexicano de Electricistas (SME) nació a principios del siglo pasado (siglo XX pues), con dos huelgas exitosas en 1914 y 1936 que culminaron con la firma de un contrato colectivo ejemplar, con la fundación de la Comisión Federal de Electricidad (CFE) y con el proyecto de nacionalización de la industria eléctrica.

En los '60s, el gobierno de Manuel Ávila Camacho terminó el largo proceso de nacionalización de la industria eléctrica, adquiriendo la empresa The Mexican Light and Power Co, y con ello creando el antecesor directo de la Compañía de Luz y Fuerza del Centro (LyFC). A mediados de los '80s una gran región que controlaba LyFC fue transferida a la CFE. Anoche, en un sabadazo perfecto tras el autogol salvadoreño que mantenía drogada a la sociedad mexicana, el gobierno panista "exterminó" LyFC, y con ella un primer símbolo de la nacionalización de la energía eléctrica.

Vamos pues, yo no digo que el servicio de LyFC no se encuentre dentro de los peores servicios públicos (y peores tratos al cliente) en México (que ya es un decir). Yo no digo que la empresa no esté anquilosada (y cómo no con tanto recorte presupuestal). Pero si de repente a FeCal le hubiera dado por poner en orden a los sindicatos (si si, ya se que es injerencia, pero es pa' darle continuidad a mi idea), ¿porqué no comenzar por el de PEMEX... o por el SNTE? Pues porque esos son sindicatos que se ven con buenos ojos, financiando campañas electorales y poniendo al servicio del gobierno a las bases de trabajadores de la industria petrolera o a los maestros. No le hace que con ellos se ganen votaciones amañadas en las cámaras o que se envuelvan en escándalos de corrupción que con un enorme cinismo terminan ignorándose. No le hace que estén llenos de Gordillos y de Romero-Deschamps... pero la LyFC!!!!

No se que me da má tristeza:

1.- Escuchar y leer una cantidad de pendejadas de la gente de a pie sobre lo positivo que es eliminar ese obscuro bastión de la corrupción que frena el progreso que nos merecemos los mexicanos (con minúscula porque lo dice un panista). La comunidad mediática debe estar festejando junto con los panistas. En sólo una semana se aventaron a dictar en piedra lla opinión pública respecto a LyFC y ahora todo el mundo está de acuerdo.

2.- Ver que el proyecto de nación que me hacía decir con orgullo "soy Mexicano" (nótese: con mayúsculas) está siendo desmantelado sin ninguna verguenza por la clase política en control del gobierno pero apoyado por la base social apendejada

3.- Que no hay gente en las calles.

Si los mexicanos no salen a las calles a defender la administración nacional de los recursos naturales mexicanos, pues entonces empezaré a escribir México en minúsculas. Y que se queden con el gobierno que se merecen.

Tuesday, September 15, 2009

Baños de pureza... y micobacterias

Thanks to Kim Ross from Pace's Lab for pointing this paper out.

ResearchBlogging.orgFeazel LM, Baumgartner LK, Peterson KL, Frank DN, Harris JK, & Pace NR (2009). Opportunistic pathogens enriched in showerhead biofilms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106 (38), 16393-9 PMID: 19805310

"Cantando en el baño, me acuerdo mucho de tí..." decía Tintán.

Y desde ahora también de Mycobacterium avium (link en español), un grupo de bacterias pertenecientes al grupo de las Actinobacteria. Éstos están caracterizados por tener una compleja pared celular repleta de ácidos micólicos conocida como ácido-resistente [totalmente diferente de las Gram(+) y Gram(-)]. Ésta gruesa pero flexible pared disminuye el tráfico de compuestos entre la célula y su entorno, aumentando la capacidad de retención de agua dentro de la célula y evitando la incorporación de compuestos tóxicos, como por ejemplo antibióticos y antibacteriales, lo que hace de éste organismo una bacteria sumamente resistente.

Pared celular de las mycobacteria

M. avium es lo que se conoce como un patógeno oportunista, es decir que puede infectar humanitos pero sólo cuando éstos se encuentran inmunodeprimidos (con fibrosis cística, VIH, y según algunos doctores, !con depresión!). Tan excéntrico es éste personaje que disfruta de infectar las células fagocíticas (que se comen agentes externos), dejándose "comer" por el fagocito y sobreviviendo con agrado dentro de las vesículas formadas en el interior del fagocito, a pesar del coctél de enzimas vertidas en la misma vesícula con la intención de deshacer al agente infeccioso.

Colonias de Mycobacterium avium

El chiste de ésta entrada es que recientemente anda dando vueltas por toda la media la siguiente noticia: el grupo del Dr. Norman Pace , de la Universidad de Colorado, Boulder, USA (quien también fundó la microbiología ambiental), publicó recientemente en PNAS un artículo en donde reporta un análisis de la diversidad microbiana encontrada en las cabezas de las regaderas de Denver y NewYork, y resulta que el grupo de M. avium y sus parientes es uno de los mejores representados. El problema con M. avium es que generalmente se transmite por aerosoles (es decir, gotitas microscópicas de baba que salen expulsadas al estornudar o toser) que son fácilmente inhalados. Y pues resulta también que la mayoría de las regaderas producen aerosoles al atomizar el agua.

¡Pero que no cunda el pánico!: antes de correr y bañarse con tapabocas o lavar con geles "antiinfluenza" el interior de las regaderas... hay una serie de FAQ's que el laboratorio del Dr. Pace publica en su página, y en resumen dice que no hay que paniquarse, que esto sólo representa un peligro moderado para personas inmunodeprimidas y que simplemente basta con cambiar un par de veces al año la cabecera de la regadera (ojo: las mycobacteriae son generalmente resistentes a los lavados con cloro)... y en caso de que sean súper paranoicos pues tratar de substituír los componentes de plástico por componentes de metal (si claro... unos empaques de hierro son la onda).

En fin... es bonito saber que no sabemos nada y que no tenemos nada sanitizado a pesar de la necesidad de control de ciertas personas que hablan inglés y dominan al mundo.

regadera: dícese de la ducha... para los que no hablan mexica...

y les dejo un video de la noticia en gringolandia:
http://cbs2chicago.com/video/?id=62649@wbbm.dayport.com

Wednesday, September 09, 2009

Data Sharing... means making your data understandable and usable for others

Just wanted to point this article on data preservation, sharing and organization that (ironically) came out on this week's Nature...

ResearchBlogging.orgNelson, B. (2009). Data sharing: Empty archives Nature, 461 (7261), 160-163 DOI: 10.1038/461160a




...and a section on Prepublication data sharing by the "Toronto International Data Release Workshop Authors"...

ResearchBlogging.orgToronto International Data Release Workshop Authors (2009). Prepublication data sharing Nature, 461 (7261), 168-170 DOI: 10.1038/461168a



...and on Postpublication data and tool sharing by a huge group of people leaded by Paul Schofield.

ResearchBlogging.orgSchofield, P., Bubela, T., Weaver, T., Portilla, L., Brown, S., Hancock, J., Einhorn, D., Tocchini-Valentini, G., Hrabe de Angelis, M., & Rosenthal, N. (2009). Post-publication sharing of data and tools Nature, 461 (7261), 171-173 DOI: 10.1038/461171a

Saturday, July 04, 2009

Sala de Emergencias Homeopática

Sunday, May 17, 2009

Muere Mario Benedetti

Yo no esperaba superar las 100 entradas del blog. Y cuando ví que me acercaba, pensé en un post revelador o provocativo para celebrarlo. Pero ni modo, no me queda sino un post conmemorativo al escritor uruguayo de 88 años. El que vive por las tripas, por las tripas ha de morir...

NO TE SALVES

No te quedes inmóvil
al borde del camino
no congeles el júbilo
no quieras con desgana
no te salves ahora
ni nunca
no te salves
no te llenes de calma

no reserves del mundo
sólo un rincón tranquilo
no dejes caer los párpados
pesados como juicios

no te quedes sin labios
no te duermas sin sueño
no te pienses sin sangre
no te juzgues sin tiempo

pero si
pese a todo
no puedes evitarlo
y congelas el júbilo
y quieres con desgana

y te salvas ahora
y te llenas de calma
y reservas del mundo
sólo un rincón tranquilo
y dejas caer los párpados
pesados como juicios
y te secas sin labios
y te duermes sin sueño
y te piensas sin sangre
y te juzgas sin tiempo
y te quedas inmóvil
al borde del camino
y te salvas
entonces
no te quedes conmigo

Tuesday, May 12, 2009

Más sobre la Influenza...

Un par de datos más sobre la influenza:

Un reporte de un ensamble de investigadores de la UNAM haciendo difusión sobre algunos datos duros del virus de la influenza (chequen el reporte en PDF):

http://literaturainfluenza.blogspot.com/

Un reporte que acaba de salir en la revista Science con investigadores del InDRE:

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1176062

(éste no lo van a poder ver a menos que tengan una subscripción a Science, ya ven... las desventajas de no publicar en OpenAccess)

Un par de cosas me desconciertan todavía:

1) El artículo de Science es el primer publicado a la fecha (y en una velocidad impresionante). Lleva 27 autores (lo que es mucho para un artículo) y es preeliminar. Ni el primer autor ni el último (el "senior") es mexicano. Los mexicanos son del INdRE y de la SSA. ¿No deberían de estar éstos datos a disposición del público mexicano que es, hasta ahorita, el principal afectado y cuyos impuestos pagan dichas investigaciones?

2) ¿¿¿¿¿DÓNDE ESTÁN LAS SECUENCIAS MEXICANAS?????? (que por cierto también pagamos con impuestos)

Tuesday, May 05, 2009

Un Cuento de dos Cerdos

Esperando terminar con las entradas sobre la influenza, les presento aquí la traducción al español de la entrada A Tale of Two Pigs en el blog de Steven Salzberg (no es plagio, es una traducción con autorización del autor), que me parece pertinente primero porque el sí es uno de los bioinformáticos involucrados en el análisis de los genomas de influenza secuenciados con anterioirdad y por sus notas sobre liberación pública de datos. Aunque aquí no lo menciona, otro de los puntos por los cuales TODAS las secuencias mexicanas deberían ser liberadas es porque su secuenciación y análisis se paga con los impuestos del pueblo mexicano y por lo tanto debería de estar disponible al mismo pueblo. Enjoy.


Normalmente no mezclo mi trabajo con éste blog, pero con la influenza haré una excepción. Como todo el mundo sabe (si están despiertos y conscientes), hay un brote enorme de influenza porcina que comenzó hace algunas semanas en México y que se ha dispersado a EU, Europa, Nueva Zelanda y otros sitios. Pueden leer sobre ello en las noticias, así que me enfocaré en un par de cosas que podrían no encontrar en otros sitios.

Primero, se ha reportado que la influenza porcina es una mezcla de virus de influenza humanos, aviares y porcinos. Aunque la fuente de estos reportes es el CDC, ésta no es una imagen adecuada. Hoy leí en The Washington Post que ésta epidemia comenzó cuando un sólo puerco fue infectado simultáneamente por virus de cerdos, de aves y de humanos. Ésta es una inferencia razonable para los reportes de los medios de comunación, pero no es precisa.


De hecho, y de acuerdo a lo descubierto por un buen número de investigadores, la nueva influenza porcina es una mezcla de dos variantes diferentes de virus de influenza porcina. Es definitivamente una nueva variante, pero es claramente una mezcla de dos variantes porcinas que ya habían estado circulando. Ésto suena menos exótico que la teoría del "cerdo-humano-ave". La verdadera razón detrás de la historia de la "triple recombinante" es un poco más compleja, pero simplificando un poco: la historia de una de las dos variantes parentales de influenza porcina indica que parte de ésta variante se originó en las aves have poco más de una década. Ésa variante es llamada a veces "similar a la aviar", pero no es una variante aviar hoy día. En segundo lugar, la historia de la otra variante incluye un pequeño segmento (un gen) que parece haberse originado en los humanos - hace más de 15 años. Otra vez, hoy la variante es de influenza porcina, pero una parte de ella parece venir de los humanos. El evento que creó hoy la influenza porcina - la que nos está preocupando hoy - es una combinación (un "rearreglo" o "recombinación") entre dos variantes porcinas simples.

El otro punto que quiero abordar es sobre compartir datos. Las secuencias de los aislados de USA han sido depositadas inmediatamente en GenBank - la base de datos pública de DNA -, y ésto permite que gente como yo comienze los análisis inmediatamente y sin mayor retraso. Muchos de nosotros hemos discutido durante años lo importante que es liberar los datos a la comunidad rápidamente para acelerar la velocidad de descibrimientos científicos. Sin embargo, los aislados de México NO han sido liberados en GenBank, incluso cuando éstas secuencias pasaron primero por el CDC. En lugar de ello, fueron enviadas a una base de datos conocida como GISAID, que fue originalmente construída para facilitar la compartición de datos sobre la influenza aviar. Desgraciadamente, GISAID cambió su política sobre liberación de datos hace seis meses, y no hay garantía de que las secuencias depositadas ahí lleguen a ser públicas algún día.


El CDC ha depositado las secuencias de influenza en GISAID como si ésto fuera equivalente a hacerlas públicas. Pero no lo es y no se debe pretender que lo sea. El CDC no siempre ha apoyado la liberación de los datos de influenza al público - de hecho, durante años depositaron sus secuencias en bases de datos privadas. Recientemente han hecho declaraciones públicas sobre su compromiso con la liberación al público de las secuencias de influenza, pero parece que no están siguiendo el mismo camino con todas las secuencias del brote de influenza porcina. (No me malinterpreten: el CDC está haciendo un trabajo fantástico al tratar de entender éste brote, y su trabajo es increíblemente importante para la salud pública, especialmente en lo que concierne a la influenza. Simplemente me gustaría que fueran más abiertos con sus datos).


Una última nota técnica. Ya he visto las secuencias Mexicanas (tengo una cuenta en GISAID) y las secuencias de California, y son virtualmente idénticas. Así que parecería que cualquier diferencia en virulencia son debidas a las diferencias entre las personas que fueron infectadas, no por los virus. Al menos es lo que parece hasta ahora - aunque la situación cambia rápidamente.

Diversidad nucelotídica del virus de Influenza A H1N1 / Nucleotide Diversity of Influenza A H1N1

Nucleotide diversity comparison between the dataset of "swine" influenza A/H1N1 2009 and the 90's NewYork A/H3N2 human influenza outbreak. First column is the set with the uncut, complete sequences. Second column is the set with only the region shared by all sequences. The 2009 sequences are much less diverse, and no sites under selection are found. Data available below.

Insisto de nuevo que no soy virólogo. Soy biólogo y me dedico a la evolución y ecología molecular de comunidades bacterianas. Pero eso no quita que podamos analizar las secuencias disponibles en caso de una emergencia sanitaria. Así pues, y mientras califico los ~40 exámenes de los alumnos de Evolución Molecular, me puse a sacar los parámetros clásicos de diversidad para los tres segmentos de la influenza A H1N1 (HA, NA y MP) más abundantes en el GenBank hasta hoy. Se los dejo en la tabla de aquí. Las dos primeras columnas corresponden al juego de datos completo pero sin secuencias fragmentadas (long) y al juego de datos recortado para las regiones compartidas por todas las secuencias.

En la última columna los comparo con un juego de secuencias disponibles tras la epidemia de influenza en Nueva York en los 90's. El virus es otra variante (A/H3N2), pero es el único reciente que infecta a humanos y que hay muchas secuencias disponibles (o no se buscar secuencias de virus, que también es posible). Lo que dice la tabla es que las secuencias de A/H1N1 con las que contamos son menos diversas (Pi y Theta) que las secuencias de NuevaYork, aunque eso puede deberse a que 1) la muestra sigue siendo muy pequeña o 2) las secuencias de NewYork comprenden toda la temporada (uno o dos años), y las de A/H1N1 sólo las últimas 3 semanas. Por otra parte, la D de Tajima no es significativa en ninguno de los casos, lo que sugiere que se explica por un modelo neutral. El análisis por ventanas no revela sitios bajo selección. Si tengo tiempo, ampliaré ésta discusión y la existencia de las cuasiespecies virales. Las alineaciones disponibles aquí:

SecuenciasFASTA/FASTAsequences.zip

Influenza A H1N1 y acceso a la información / Influenza A H1N1 and data sharing

Thanks Dr. Jiming Chen from China Animal Health and Epidemiology Center at Qingdao for sharing sequence alignments and trees from his recent paper on Influenza A Phylogeny and Diversity, with the novel California A/H1N1 sequences included. Please cite his paper (and rate it at PLoS ONE) and acknowledge him if these data is useful to you.

El Dr. Jiming Chen, investigador de influenza animal en el China Animal Health and Epidemiology Center en Quindao (青岛), es el autor del artículo sobre el Panorama de la Influenza A de acuerdo a la filogenia se cada uno de sus segmentos, publicado en PLoS ONE y que referí en una entrada anterior. Hace un par de días le pedí sus datos (secuencias, alineaciones y árboles) para compararlo con nuestro mexicanísimo A/H1N1. El Dr. Chen aceptó con gusto, con la condición de que evaluáramos su artículo en PLoS ONE (así que si pueden vayan y evalúenlo por favor) y que los datos fueran colocados en una página donde otros investigadores pudieran tener libre acceso a ellos (pueden revisar la opinión de Steven Salzberg sobre el caso de los genomas de influenza aquí). Así pues, aquí están los datos para quien los necesite, por favor noten que el Dr. Chen ya incluyó las secuencias de California y circulen las ligas a quien creen que pudiera dar buen uso de éstos datos. Como siempre, debe reconocerse al Dr. Chen como autor de los datos y citar su artículo.

Secuencias en formato FASTA:
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)
Set de datos en formato MEGA:
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)
Arbolitos Filogenéticos en formato MEGA (.mts):
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)

Ahora pues la pregunta sigue.... ¿dónde demonios están las secuencias con acceso libre de las variantes secuenciadas en México que infectaron además a los pacientes mexicanos? ¿A qué demonios juega la Secretaría de Salud? Primero considera que los investigadores mexicanos no pueden hacer los análisis de caracterización de las cepas y las manda fuera de México, ¡y ahora evita que los investigadores mexicanos puedan trabajar con ellas! El gremio de biólogos que estamos en el área de genómica aprendimos hace mucho que el conocimiento avanza mucho más rápido, y por lo tanto nos beneficiamos todos más, si las secuencias de los genomas están liberadas con acceso irrestricto para que grupos de trabajo con habilidades e intereses diversos aborden problemáticas diferentes pero complementarias con el mismo juego de datos. ¿Porqué la Secretaría de Salud no ha puesto a disposición del público las secuencias?

Saturday, May 02, 2009

Sobre la conspiración de la Influenza: Calderón, Sarkozy, Obama, la OMS y las Granjas en Veracruz

En las primeras entradas que escribí sobre la influenza intenté ser objetivo (releer con énfasis: intenté), dándole preferencia a la información que era necesario transmitir. Dado la cantidad de correos, mensajes y comentarios que circulan en la red, me pareció pertinente escribir otra pero de opinión personal. Recalco ésto porque parece que en todo el mundo (y princialmente en México) se ha perdido la capacidad de juicio sobre la información y todo juicio de valor se asume cierto. En otro momento discutiré cómo esto es un efecto cómo el pancapitalismo engulle la libertad de expresión, evidenciado por la pseudociencia (y remito al blog antipseudocientífico de LabJournal). Pero a la gente se le olvidó preguntar "¿quién dijo? ¿cuándo dijo? ¿en qué contexto?" y se queda exclusivamente con el "ya dijeron". Me da remordimiento que la frase que elegí para la primera página de mi tesis de licenciatura fuese "Nothing is true, everything is permitted" de Hassan en Sabbah/Burroughs.

Así pues, se postula la existencia de una conspiración transpanacional entre Calderón (o el secretario de Salud), la OMS (o su presidenta Chan), Obama, Sarkozy y Sanofi-Aventis y/o Novartis, en donde utilizarán la pandemia (creada en un laboratorio o regalo de una transespacial de OVNIS neoliberales) como terapia de shock para reactivar la economía [una recopilación de teorías de la conspiración en éste blog]. así que:

1) Fabricar una variante de influenza A H1N1 no es como hacer chilaquiles. Tampoco es que sea tan tan difícil, pero elegir justo las variantes donadoras de DNA, probarlas y predecir su efectividad (es decir, predecir que será capaz de transmitirse rápida y efectivamente y no mutará hacia hacerse menos efectiva o desaparecerá), es un trabajo de tal magnitud, que requeriría un trabajo interdisciplinario tan grande y comunicación entre tanta gente y tanto dinero, que es ridículo pensarlo.

2) La "naturaleza" solita puede "crear" variantes como la A/H1N1 sin necesidad del hombre. Yo se que ésto es lo más difícil de entender en la sociedad posmoderna que, aunque sin alma, se mantiene montada en el antropocentrismo absoluto y su único dogma de fe es el establishment. Eppur si muove. La variante ancestral porcina de nuestra A/H1N1-2009 ya había sorprendido a los virólogos del mundo (y nadie creía que la habían hecho los de la CIA). Lo que es más, la "naturaleza" (entre comillas porque la invoco a manera de metáfora y no a manera de principio creador unviersal) es capaz de crear humanos, cosa que el hombre no ha podido (bueno, no desde el inicio).

3) Reto a todo imbécil que diga que el virus no existe a que le de una chupada al respirador de un enfermo entubado hospitalizado en el INER. Era de esperarse. Si ya algún estúpido con credenciales de reportero (que le otorga superpoderes de facto en nuesta idiotizada sociedad) se le había ocurrido decir que el VIH no existe rompiendo expectativas de rating, ¿por qué no reproducir la fórmula? A todos los que dicen que no hay entrevistas con enfermos (ni con los muertos, !válgame!), los invito a que con un notario y un doctor (de a de veras, no de la Anáhuac o algo así) entren al pabellón, laman el respirador de un enfermo y se queden en observación una semana. Todo filmado y subido a YouTube para que su descalificación tenga algún peso. El problema del siglo XXI ya no es la falta de información como en los 60's/70's... es la desinformación y la malinformación transmitida por todo gracioso que quiere tener más visitas en su página o que le suba el rating en Yahoo! Questions.

4) Una posible pandemia de una variante del virus de la influenza A ya había sido predicha desde hace tiempo tanto en las esferas científicas como en la OMS. De hecho, tras el brote de influenza aviar de 2004 la OMS formó un Programa Global de Influenza (checar el plan de emergencia aquí, y por favor noten que la fecha es de 2005). Ésto se debe a que los virólogos y epidemiólogos de a de veras (que hacen ciencia sin verdades absolutas a diferencia de los pseudocientíficos) ya habían notado que los virus de la familia A de influenza tenia las siguientes características: (1) son prevalentes en la población a lo largo del año, (2) infectan humanos con regularidad, con algunos casos mortales, (3) tienen parientes que infectan animales domésticos de manera regular, (4) cambian sorprendentemente rápido y no hemos podido combatirlos eficazmente, (5) existen variantes mortíferas en humanos y en animales, (6) se dispersan rápida y fácilmente, (7) han causado pandemias con anterioridad, (8) intercambian material genético que puede darles la capacidad de infectar nuevas especies o ser más letales... todo ésto se notó desde hace más de diez años.

5) El Plan de Preparación contra la Influenza contempla la institución de plantas de producción de vacunas en países potencialmente vulnerables (como México, que antes de 2004 ni siquiera podíamos identificar brotes de influenza), y ésto incluye el acuerdo Sanofi-Aventis con Birmex.

6) La pérdida económica por una pandemia de influenza es estimada por el mismo Centro de Nacional de Prevención Epidemiológica de la Secretaría de Salud del Gobierno de México es estimada en 2008 en 9 mil millones de pesos en costos directos y 151 mil millones de pesos en costos indirectos en un informe que realizaron en el 2008. Si a esto le sumamos los costos por días no laborados y las pérdidas gigantescas por turismo e industrias restauranteras (y muchas otras más), pues no parece una reactivación económica muy efectiva.

7) Las ventas de ROCHE por el antiviral Tamiflu cayeron estrepitosamente en el 2008 porque las variantes prevalentes durante el invierno (es decir, la influenza humana estacional común A/H3N2, no la nueva variante humana-de-origen-porcino-y-aviar H1N1) presentaron resistencia al antiviral.

todo esto no quiere decir que yo no piense (opine, crea o como quieran, pero nunca nada relacionado con SABER porque no tengo ni información ni análisis de datos) lo siguiente:

A) Las farmacéuticas transnacionales son uno de los grupos de poder más temibles en el mundo globalizado del siglo XXI, capaces de hacer cosas terribles e inhumanas como retener medicamentos eficaces contra enfermedades mortales o degenerativas hasta que exista un mejor clima en el mercado. De acuerdo con el informe de la OMS, la demanda de vacunas crecerá a 560 millones de dosis anuales en países que ya cuentan con planes de vacunación estacional (como México) sin considerar países pobres y sin escenarios de pandemia. El costo por dosis más bajo es de $3 USDLL. Eso quiere decir que las ganancias estimadas en el mercado de vacunas contra la influenza es de al menos 1680 millones de dólares anuales. Sin pandemia. Como siempre, el costo de entre 3 y 10 mil millones de dólares que se necesitan para echar andar ésta protección será cubierto por los gobiernos de los países (que luego tendrán que comprar la vacuna).

B) El caso de Sanofi-Aventis / Sanofi-Pasteur y Birmex / Gobierno Mexicano. Según el estimado del mercado señalado en el punto anterior, resulta pues curioso que la inversión en México de la que se siente tan benevolente Sanofi-Aventis (127 millones de dólares) resulta ser un orden de magnitud menor que el estimado de recuperación. Yo únicamente señalo que éste es un negocio, nadie nos está salvando la vida ni se está postulando para el premio Nóbel de la paz por sus acciones filantrópicas. Y también señalo que el facilitador del negocio es el gobierno panista mexicano. Lo que es más, la farmacéutica, en su necesidad de disfrazar sus acciones de filantropía y ayuda, donó 236000 dosis de vacunas contra la influenza estacional (es decir la que ya se demostró que fue poco efectiva durante el 2008 y la cual parece ser absolutamente inútil contra nuestra variante porcina-aviar-humana H1N1).

C) Sobre la política del gobierno mexicano ante el sector salud. Me sorprende la lenta reacción del gobierno mexicano ante la inminente pandemia. Mejor pidieron los españoles los antivirales a la OMS antes que México. Parte de la lentitud es construir una postura oficial al respecto, pues aún cuando la OMS había sugerido desde 1999 la construcción de una fábrica de vacunas, apenas comenzó a construirla con el acuerdo jugoso referido en el punto anterior. Pero más aún es que viene en un momento en el que México debería aceptar la invitación a unirse al bloque de países en desarrollo que están demandando la liberación de las patentes sobre medicamentos y vacunas de importancia global, como lo son algunos medicamentos contra el cáncer en India y los antivirales contra el VIH en Brazil. Claro que un gobierno empresarial como la burla de gobierno que tenemos no ve con buenos ojos liberar patentes aunque ésto se traduzca inmediatamente en el bienestar de grandes sectores de la población.

Lo que es más, los gobiernos tecnócratas mexicanos se han dedicado a desmantelar las instituciones sociales del país, y los gobiernos panistas le han agarrado una tirria particular al sistema de salud y seguridad social, pues aunque aún es efectiva (a pesar de la quiebra económica en la que la han metido, reproduciendo el esquema aplicado al sector agrario) no es el jugoso negocio que podría ser si la comparamos con el inútil e ineficaz pero económicamente productivo sistema de seguridad social norteamericano. Entre las bajas se encuentra el Instituto Nacional de Higiene, que producía vacunas de gran calidad antes de su desmantelamiento (no lo digo yo, lo dice el Dr. Alagón) y transformación en la paraestatal BIRMEX que produce tan solo 2 de las 12 vacunas incluídas en el esquema básico de vacunación, pero que se enorgullece de comercializar otros 14 y de tener como "clientes" a las instituciones gubernamentales IMSS, ISSSTE, y SEDENA entre otros.

Finalmente, escapa a mi comprensión porqué gobiernos como el del Brasil tienen desde 2003 un plan de monitoreo y prevención de brotes epidémicos de influenza, previniendo la necesidad de independizarse de las farmacéuticas transnacionales en caso de epidemias severas de influenza.

¿De dónde viene la nueva variante de influenza A H1N1?

Como suele suceder en situaciones de pánico, todos los ociosos en cuarentena con necesidad de protagonismo se han dedicado a apuntar el dedo acusador a quien se les antoje hoy. Ésto se alimenta de la extraña mezcla que surge entre una población mundial asustada y malinformada y gobiernos incompetentes preocupados por los ratings de aceptación más que en la seguridad de la población y los medios que aprovechan la búsqueda de información para aumentar su propio rating (éste blog tuvo 2000 visitantes el viernes, casi 500 veces más que sus visitas habituales). Así que:

La nueva variante parece ser producto de una mezcla triple de tres variantes de influenza porcina (que a su vez vienen de otras variantes de origen porcino, aviar y humano) que circulan desde hace tiempo en el mundo. Los primeros casos se reportaron en México y por lo tanto todos piensan que la nueva variante A/H1N1 surgió aquí. Éste tipo de pensamientos ha generado diferentes tipos de aversión en contra de los paisanos mexicanos, que van desde el gobierno Francés solicitando a la Unión Europea cancelar los vuelos provenientes de México hasta arrestos domiciliarios de los huéspedes del Hotel Metropark que estuvieron en contacto con mexicanos en China por temor a la difusión de la influenza, pasando por acusaciones al pueblo mexicano y sus migrantes.

Pero dada la capacidad de transmisión del virus, ninguna medida de cierre de fronteras tendrá nungún sentido, que es exactamente lo que indica una fase 5 de alerta pandémica de la OMS: pandemia inminente. Es decir, tanto la OMS, el CDC y epidemiólogos de la academia reconocen que las medidas de cierre de fronteras no pueden contener un virus como al que nos enfrentamos.

Nada quiere decir que los primeros casos se registrasen en México, sino simplemente que aquí nos pegó fuerte primero. Según médicos del CDC, el virus puede tener más de un mes circulando en la ciudad, por lo tanto los casos estudiados no resultan ser tampoco los primeros casos de infección. Lo que es más, si buscamos la historia evolutiva de los segmentos de la nueva variante A/H1N1, encontraremos que sus parientes más cercanos están en la epidemia de influenza porcina (es decir que puercos de a de veras, no de humanos) de 1998 en USA, y que de hecho algunos virólogos ya han rastreado a los ancestros del recombinante en algunas granjas de cerdos en USA. El orígen norteamericano de la variante parece ser apoyado por los análisis preeliminares de las secuencias que favorecen un origen en los aislados de California sobre los Mexicanos. Otras partes del virus pueden identificarse en los virus eurasiáticos de la influenza aviar y otros más en la variante estacional humana H1N1 (es decir, una influenza común prevalente en todo el mundo). [revisen las relacione evolutivas del virus en ésta liga]. Lo más probable es que no logremos identificar nunca con precisión el origen de ésta variante, pues casi todas las filogenias hasta ahora muestran a ésta variante como una rama sola, lo que quiere decir o que es totalmente nueva en la naturaleza o que nos falta muestrear más variantes porcinas y humanas relacionadas, y por lo tanto que se parezca lejanamente a una variante de Ohio o California sólo indicará un parecido distante. Es más, en México no se realizan búsquedas sistemáticas de influenza porcina y por lo tanto no sabremos qué tan relacionado estaba nuesta variante con la porcina mexicana.

¿Y qué con eso? ¿eso nos permite decidir a quién vamos a señalar con el índice acusador como culpable de la aparición de una nueva variante viral? ¿podemos culpar a los norteamericanos? ¿o a su gobierno? ¿o a los republicanos? ¿a Sarkozy y a Obama que vinieron "sospechosamente" antes del brote? o mejor aún... ¿a los cerdos? Sin la intención de defender al inepto secretario de salud, ¿podemos culpar al gobierno panista? ¿o al "presidente legítimo" que anda repartiendo virus en Cananea? ¿o de una vez Salinas?

Espero que por la ironía se entienda que buscar un culpable me parece ridículo. Es una respuesta natural (y absolutamente irracional) al miedo. A que de repente nos damos cuenta de que nuestro cuidadísimo esquema neoliberal es incapaz de mantener nuestro comodísimo status quo. Por favor, dejemos de buscar culpables y detengamos el abuso que se avecina en contra de nuestros connacionales en el extranjero.

update: checar ésta entrevista a Ruben Donis del CDC.

Filogenética de Influenza / Influenza Phylogenetics

Some links to the trees and data on the new H1N1 variant I worked on while we're on quarantine in Mexico City, on behalf on data sharing and open access. There's a much better site with analysis of real virologist here. Follow the links below.

La cuarentena citadina nos ha quitado las opciones del ocio (cines, teatros, museos, cafés y restaurantes) y la paranoia masiva nos quita opciones para socializar. Así que, aunque no soy virólogo y teniendo sólo el internet para conectarme con el mundo, me dediqué a jugar con las secuencias liberadas del virus de la influenza. Hice las filogenias de 3 segmentos antes de que ldalcaraz me indicara que un grupo de virólogos inglés hizo lo mismo que yo pero bien y sabiendo cómo se hace. Así que les dejo el link de los virólogos ingleses (http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/) y los links a mis datos analizados. En mi filogenia incluí los segmentos de la variantes utilizadas para las vacunas del 2007 y 2008 y en donde pude las variantes de la gripe española de 1918 y la aviar del 2004. La nueva variante es pues nueva y diferente. Dado que la variante de la vacuna del 2007 no es efectiva contra la del 2008 y que la distancia entre éstas es mucho menor que la distancia entre éstas y la nueva variante 2009, es muy poco probable que la vacuna sirva de nada (lástima con la donación de vacunas de sanofi). Los tres segmentos analizados tienen orígenes distintos: HA viene de la influenza porcina clásica H1N2; NA viene de la influenza porcina de norteamérica pero éste virus a su vez viene de la influenza aviar eurasiática; y finalmente PB1 viene de influenzas porcinas (H3N2/H1N2) que a su vez eran originalmente de humano (H3N2) [Todos los árboles están en los links de abajo]. O sea que también les pasamos nosotros nuestros virus a los pobres puercos. En fin, creo que es de suma importancia darle seguimiento a todo ésto y para ello la liberación de secuencias, análisis e información es vital.

Sitio de Filogenias de Andrew Rambaut sobre la nueva variante H1N1
Andrew Rambaut's Human/Swine/H1N1 influenza A Phylogenetics site


Sitio del NCBI con todas las secuencias liberadas de la nueva variante
NCBI's flu site with all H1N1 public sequences


Alineación de HA en FASTA / HA alignment in FASTA
Alineación de NA en FASTA / NA alignment in FASTA
Alineación de PB1 en FASTA / PB1 alignment in FASTA

Árbol de HA en PDF / PDF of HA phylogenetic tree
Árbol de NA en PDF / PDF of NA phylogenetic tree
Árbol de PB1 en PDF / PDF of PB1 phylogenetic tree

Árbol de HA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) HA tree
Árbol de NA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) NA tree
Árbol de PB1 editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) PB1 tree

Wednesday, April 29, 2009

Influenza: Información de la OMS

Tanto se discute de a quién se le debe hacer caso...

Aquí están los links a las declaraciones del Dr. Keiji Fukuda de la OMS, y me parece que es lo más honesto que he escuchado hasta ahorita, y me parece loable que un médico/científico tenga el valor y la ética de decir "no sé / no estamos en condiciones de saber / no tenemos manera de saber" ante una audiencia mundial

Archivos de Audio [en Inglés] :
http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/en/index.html

Transcripción [en Español]:
http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/es/index.html

update: El link en español parece que no sirve, así que pongo el pdf del transcrito en inglés aquí.

Tuesday, April 28, 2009

La naturaleza y posibles orígenes de la Influenza Pandémica

Resúmenes nanométricos de los publicado sobre influenza y pandemias recientemente:

1) Los Genomas de la Influenza: Desde el 2004 existe el Proyecto de Secuenciación de Genomas de Influenza, que junto con el JC Venter Institute han secuenciado los genomas virales de más de 3,000 variantes de influenza, con la intención de obtener mayor información sobre la evolución, dispersión y contención de la influenza. Lo más importante es que el acuerdo contempla la liberación de las secuencias al público por medio del NCBI, pues el acceso inmediato y gratuito a éstas secuencias permite que científicos de todo el mundo las estudien con aproximaciones diferentes (un comentario de Steve Salzberg sobre la importancia del acceso libre e influenza aquí).

Los genomas de los virus de la influenza A consisten de ocho moléculas de RNA de una sóla hebra de entre 890 y 2341 nucleótidos, comprendiendo en total alrededor de 13.5 Kb. Codifican para 11 proteínas, de las cuales sólo dos han sido extensivamente estudiadas porque se sospecha que son la fuente de la mayor parte de la variación antigénica (es decir lo más cambiante y que dificulta su detección por el sistema inmune) y por lo tanto la mayoría de las entradas en el GenBank corresponden a fragmentos de éstas. Las proteínas corresponden a las proteínas capsulares hemaglutinina (HA), que se une a receptores en la membrana hospedera y or lo tanto le permite al virus entrar a la célula que va a infectar, y la neuraminidasa (NA) que permite que las partículas virales dentro de la célula sean liberadas para infectar otras células. Actualmente, las variantes/cepas/subtipos virales de influenza se caracterizan de acuerdo a la combinación de éstos dos genes. Es decir, la variante A(H1N1) es un virus de la influenza A con la hemaglutinina 1 y la neruaminidasa 1, a diferencia de la variante A(H3N2) que tiene la hemaglutinina 4 y la neuraminidasa 2. [Fuente: Ghedin Et al., 2005]

2) La Aparición de Nuevas Variantes: La relación entre los virus de la influenza y sus hospederos (o sus "víctimas") es igual que una carrera armamentista estilo la peor película de la guerra fría: el sistema inmunológico desarolla métodos de detección de las proteínas HA y NA de la cápsula del virus, pero entonces surgen nuevas variantes en el virus que no pueden ser detectadas por el sistema inmune y aparece un nuevo brote de influenza, al final del cual el sistema inmune ya puede detectarlo y así en círculos, cuento de nunca acabar.

Las nuevas variantes pueden aparecer por dos mecanismos diferentes [Nicholls,2006]:
(a) Mutación: cambios de un sólo aminoácido en las secuencias de éstos genes causan pequeñas variantes en las proteínas capsulares que impiden su detección por el sistema inmune. Dado que los virus se replican muy rápidamente y sin mecanismos de reparación, la velocidad a la que éstos cambios son insertados es muy alta. Una nueva variante que surge por éste mecanismo se conoce como variante mutante.

(b) Recombinación: cuando dos variantes distintas [p.ej. A(H1N1) y A(H3N3)] intercambian segmentos completos de genes entre ellas. Una nueva variante que surge por éste mecanismo se conoce como una variante recombinante. Aunque no se sabe exactamente como surgen los recombinantes, se piensa que ocurren cuando dos o más variantes distintas infectan un mismo hospedero, los segmentos dentro de las células infectadas se mezclan y las nuevas partículas virales se ensamblan con partes de diferentes variantes. Aparentemente, la nueva variante de influenza A(H1N1) en México es una recombinante.

Los primeros análisis de genomas virales demuestran que ambos fenómenos ocurren constantemente, pero que la aparición de nuevos recombinantes es mucho más frecuente y de mayor importancia epidemiológica de lo que se tenía contemplado, pues ocurre tanto entre un mismo subtipo [A(H3N2), Holmes et al., 2005] como entre distintas variantes [entre A(H3N2) y A(H1N1), Ghedin Et al., 2005]. Esto quiere decir que los virus no necesitan inventar nuevas versiones de sus proteínas para escapar la detección del sistema inmune, sino que les basta con intercambiarlas con otras variantes de manera que la nueva combinación de proteínas preexistentes no es detectable por el sistema inmine.

3) Las Pandemias y la Genómica:Aparentemente, los brotes epidémicos de 1957 y 1968 fueron el resultado de procesos de recombinación entre variantes ya conocidas [Nicholls,2006]. En 1957, la variante de influenza A humana común intercambió tres segmentos con con una variante de influenza A aviar (que no infectaba humanos). Éstas nuevas variantes tienen una gran capacidad de infección porque son innovaciones a las que el sistema inmune de toda la población humana no ha sido jamás expuesta, como si el sistema inmune se quedara buscando con videocaseteras VHS y el virus se dispersara con DVDs.

En 2005, se publicó el resultado de la secuenciación del genoma viral original de la variante A(H1N1) que causó la pandemia de gripe española en 1918, recuperado del cadáver de un soldado en Alaska. El análisis del genoma revela que ésta variante no surgió por recombinación, sino que es sorpresivamente similar a una variante de influenza aviar (que no infecta a humanos) pero con algunas mutaciones que le permitieron saltar la barrera específica e infectar a humanos. [Taubenberg et al., 2005]. Es decir que aunque la variante de la gripe española y la variante actual de la influenza en México pertenecen al mismo subtipo (o linaje o familia pues), tienen un origen distinto. Desde el 2005 se continúa el análisis del patrón de mutaciones para identificar aquellas mutaciones que podrían permitir la infección a humanos y por lo tanto tomar medidas preventivas ante la detección de la aparición de éstas mutaciones en las poblaciones virales que infectan animales.

4) La Transmisión del Virus En un experimento con cobayos infectados con influenza A(H3N2), se detectó que la transimisión del virus por aerosoles (gotitas de babas producidas al estornudar y toser) es favorecida por bajas temperaturas (5°C) y humedad relativa (20-35%), mientras que a altas temperatura (30°C) y humedad relativa(80%), la transmisión es totalmente bloqueada. [Lowen et al., 2007). La temperatura reportada por el SMN en la Ciudad de México es entre 12°C(min) y 29°C(max)., y la humedad relativa en ésta semana se reporta entre 26-46% según ésta página que no conozco.

5) Qué Sabemos de la Variabilidad: Los subtipos de influenza actualmente se caracterizan de acuerdo a la combinación de 16 hemaglutininas (HA) y 6 neuraminidasas (NA) conocidas. Sin embargo, tanto la secuenciación de genomas virales como los análisis de las secuencias de éstas proteínas HA y NA y la aparición de subvariantes infecciosas sugieren que hay una diversidad mucho más grande de variantes virales, y que la clasificación de los virus centrándose en HA y NA no logra abarcar todas éstas diferencias (incluso se sugiere el uso de los otros 9 segmentos del genoma de RNA del virus para su caracterización). En la imagen se presenta el análisis de Liu et al., 2009 sobre las proteínas HA de alrededor de 23,000 variantes, la representación en árbol se lee como un árbol genealógico: las ramas que están cercanas están más cercanamente emparentadas que las lejanas, y el largo de las ramas representa la cantidad de diferencias entre una secuencia y otra. Nótese que dentro de un mismo linaje (separados por colores rojo y negro) hay muchas variantes (terminaciones de ramas) ligeramente diferenciadas (longitudes cortas entre las ramas).

6) Dineros y Mercado: Se estima que la Ciudad de México pierde 50 millones de dólares por cada día que tenemos todo cerrado... contrastando con 1,680,000,000 de dólares que se espera embolsar la farmacéutica que desarrolle la nueva vacuna (suponiendo que cuesta 3 US DLLS cada dosis y de acuerdo a lo presentado en la entrada anterior).

Otros links sobre influenza

Les dejo algunos links a otras páginas de diverso interés:

TreeOfLife: una excelente recopilación de publicaciones científicas de acceso libre (es decir, no hay que pagar para leerlas) realizada por el Dr. Jonathan Eisen [en inglés]

Un mapa ede los casos de Influenza Porcina en México, y otro en USA.

Blog Gripe Porcina: Un blog de unos tíos españoles que están dando seguimiento a las noticias de todos lados.

La liga al portal con las secuencias obtenidas de los genomas virales aislados de los pacientes de California, depositado en el GenBank [gracias a ldalcaraz por el link]

La página del brote de Influenza Porcina de la Organización Mundial de la Salud (OMS).

La página del Centro para la Prevención y Control de Enfermedades de USA (CDC).

update: Una entrada del blog de ldalcaraz sobre transparencia de información y dispersión.

update:El portal sobre la influenza de la UNAM.

Un link que agrupará todas las entradas en este blog que tengan que ver con influenza (también está en la barra lateral).

Monday, April 27, 2009

Influenza, información y teoría de la conspiración: Lo que sí se sabe, lo que no se sabe, lo que no se sabe si se sabe y lo que se miente

1.- La influenza, o más bien las influenzas, son causadas por toda una familia de virus diferentes, y se clasifican en tres subfamilias: A, B y C. Dentro de cada subfamilia hay diferentes "subtipos", "variantes" o "serotipos", y cada una de estas causa influenzas ligeramente diferentes o en especies diferentes. Cada año tenemos brotes estacionales de influenza humana durante los meses más fríos del año en cada hemisferio. Usualmente la influenza estacional se presenta como un cuadro gripal severo que puede ser mortal (250,000-500,000 muertes anuales en todo el mundo) aunque en general se cura sin intervención médica tras una semana. La naturleza de los virus les permite hacer pequeños cambios muy rápidamente en su estructura genética, dificultando enormemente su detección. Es por eso que cada año es necesario reformular la vacuna de la influenza para que sea efectiva con la variante de cada año.

2.- La familia de la influenza "A" está formada por el grupo de Orthomyxoviridae y contiene las variantes más virulentas, entre las que se encuentran la gripe aviar, la española y otras muchas. Muchas de éstas variantes son específicas de una sóla especie, es decir que sólo infectan aves o perros o caballos o cerdos o humanos. Pero de vez en cuando aparece una nueva variante que se saltan la barrera específica y comienzan a infectar humanos, especialmente en las especies domésticas como las aves y los puercos. Las variantes se clasifican como en la imágen, de acuerdo al tipo de virus, el lugar geográfico donde se detectó, la cepa, el año y el subtipo, variante o serotipo. Este se determina de acuerdo a dos proteínas que el virus presenta en su cápsula y que el sistema inmunológico usa para detectarlos, y por lo tanto se conocen como los antígenos hemaglutinina y neuraminidasa (H y N).

3.- Dada su naturaleza rápidamente cambiante y su alta tasa de transmisión, algunas veces los brotes de nuevas variantes virales pueden dispersarse rápidamente y sorprender poblaciones enteras cuyo sistema inmunológico no está preparado para la detección y el combate de estas nuevas variantes, generando de manera natural epidemias y pandemias. Las variantes más importantes en la historia reciente son:

A(H1N1): la variante que en 1918 generó la pandemia de gripe española, que se difundió a lugares tan remotos como Alaska y las islas de Samoa y cobró la muerte de entre 50 y 100 millones de personas en todo el mundo. En verano de 1919, la epidemia, así como vino, se fue.

A(H3N2): la variante que en 1968 generó una pandemia mundial con 15% de la población total infectada pero una tasa de mortalidad relativamente baja, cobrando 1 millón de muertes.

A(H5N1): conocida como la gripe aviar (bird/avian flu) la variante más reciente que saltó la barrera específica de aves de corral a humanos, ha causado la muerte de varios millones de aves de corral en Asia, África y Europa, cobrando la muerte de 250 humanos.

4.- Hay un brote de influenza "A" en México (principalmente en la Cd. de México y San Luis Potosí) y el sur de USA (California).

5.- El virus causante del brote está relacionado (es primo hermano pues) con el virus de la influenza A(H1N1), conocido vulgarmente como de la influenza porcina (swine flu) porque se manifiesta principalmente en puercos. El virus normalmente tiene alta morbilidad (una alta tasa de incidencia, es decir que se transmite fácil y rápido en la población) y una muy baja tasa de mortalidad (es decir pocas muertes entre los infectados) [con datos de la OMS]. Se transmite por aerosoles (es decir las gotitas de babas que se producen al estornudar y toser), y contactos directos e indirectos. Éste virus ya había cruzado la barrera específica con anterioridad, con casos en España y USA desde 2007.

6.- El A(H1N1) de México fue identificado inicialmente con la ayuda del Laboratorio Nacional de Microbiología en Winnipeg, Canadá, quienes confirmaron su presencia en 16 de las 51 muestras de posibles infectados. Ésta variante resulta ser un recombinante totalmente nuevo, es decir, un tipo de virus que combina en su genoma segmentos de la variante conocida que infecta a puercos en USA, segmentos de la variante de influenza aviar de USA, segmentos del virus de influenza humana y segmentos de la variante de influenza porcina en eurasia. Es decir, es un virus con un genoma "mosaico" de diferentes variantes que no había sido identificado con anterioridad. Aún no se sabe por medio de qué mecanismo se formó éste virus.

7.- A la fecha, los laboratorios han confirmado 26 casos en México, 40 en USA, 1 en Canadá y 1 en España (según el último reporte de la OMS). Estos número contrastan con los manejados en los medios de comunicación porque SON LOS ÚNICOS CONFIRMADOS. De acuerdo con la OMS, se consideran:

casos confirmados: aquellos en donde se detectó la presencia del virus en el paciente por medio de alguna de las siguientes pruebas:

PCR-tiempo real
cultivo viral
aumento 4x de la presencia de anticuerpos específicos para A(H1N1) variante local.

Sin embargo, la OMS también reporta que la única forma confiable de confirmar un caso es mediante el aislamiento del virus y la secuenciación parcial de su genoma, dado que por su novedad no es posible establecer la confiabilidad de todos los demás métodos de detección.

casos probables: aquellos en donde un individuo dio positivo a la prueba general de influenza A (que no especifica la variante) pero no ha podido definirse su variante con las pruebas aplicadas Ó aquellos individuos con cuadros clínicos similares a la variante o que haya muerto de enfermedades respiratorias agunas inexplicables y que en ambos casos puedan ligarse epidemiológicamente con casos comprobados (es decir, que estuvieron en contacto directo o indirecto con casos comprobados).

Cabe resaltar que las pruebas de detección son costosas y tardadas, y apenas se está determinando la especificidad y eficiencia de los métodos de detección conocidos actualmente.

8.- Dado que la nueva variante del virus A(H1N1) (denominada por el CDC de USA como A/California/04/2009 A(H1N1)) apenas fue identificada hace una semana, no es posible que existan vacunas para protejerse de ella, al menos no todavía. No se sabe si la vacuna contra la influenza de éste año sirve para protejerse de la variante porcina mexicana.

9. A la nueva variante ya se le hicieron las pruebas de resistencia a los cuatro antivirales comúnes, y ha sido secuenciada, aunque su secuencia es sólo semi-libre porque se requiere permiso para accesar a la base de datos. Yo personalmente no se porqué no está libre a todo el público. La variante es resistente a amantadina y rimantadina, pero sensible a zanamivir y oseltamivir. Ésto resulta de gran importancia porque ciertos reporteros que gozan de mucha credibilidad en México se lanzaron a decir que en un comunicado de la UNAM se evidencía que el virus es resistente al antiviral que se está medicando, pidiéndole opinión a cierto personaje de salud pública en USA (ver video). Sin embargo, esto me parece una gran irresponsabilidad porque yo no he podido encontrar el "comunicado oficial" de la UNAM por ningún lado, no se menciona el nombre de los investigadores que lo siguieren y, como lo muestra un documento de la OMS, ésos datos reflejan la persistencia de la resistencia de la variante estacional del virus de la influenza A en general, no específicamente de nuestra variante. Lo que es más, los datos de la OMS se reportan el 19 de Marzo de 2009, casi un mes antes de la detección del virus, por lo tanto no incluyen la variante de abril. Todos pueden revisarlos aquí. Sin embargo, es de suma importancia tener un seguimiento estrecho y caracterizar constantemente las nuevas cepas respecto a la resistencia al oseltamivir, dado que las otras cepas de influenza sí han presentado 98% de resistencia, lo que podría sugerir que la nueva cepa puede adquirir o desarrollar resistencia a dicho antiviral.


10.- La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha elevado el nivel de alerta pandémica del 3 en el que nos encontrábamos hasta ayer (con reportes esporádicos de contagio animal-humano y humano-humano, en pequeñas agrupaciones humanas) al nivel 4, adoptado para brotes de influenza con transmisión de humano a humano y con capacidad de mantener brotes en comunidades enteras. Esto quiere decir que la posibilidad de una pandemia ha aumentado, no que ya se haya determinado la pandemia. También recalcaron que los esfuerzos no deben de enfocarse en la contención de los brotes, pues la dispersión es inevitable, sino en la mitigación.

11.- Hasta la tarde del 27 de abril, la Dirección de la OMS no consideraba necesario el cierre de fronteras ni la interrupción del flujo internacional y reportaba 73 casos confirmados en 4 países.


Finalmente unos datos más para reflexión:

11.- Tanto la Directora General de la OMS como la Dirección de la CDC de USA han declarado que la contención de éste brote de influenza no es realísticamente viable. Esto quiere decir que dada la naturaleza del virus y la dinámica actual de las poblaciones humanas, es muy poco probable que si este brote alcanza el nivel de epidemia pueda ser contenido exclusivamente en la Ciudad de México. Esto no es un llamado al apocalipsis y la histeria colectiva pues afortunadamente el virus no tiene una alta mortalidad, lo que quiere decir es que muy probablemente el virus se disperse alrededor del mundo, y la necesidad de aplicación de antivirales será enorme en todo el planeta.

12.- El virus de la influenza tiene 120 nanómetros de diámetro, y el tamaño del poro de un cubrebocas lo pueden ver con una lupa. La importancia del uso del cubrebocas es evitar espacir aerosoles contaminados, es decir gotitas de babas de los individuos infectados que pueden o entrar a las mucosas de individuos no infectados (contagio directo) o impregnar superficies lisas de donde pueden recogerlo individuos no infectados (contagio indirecto). Por lo tanto el cubrebocas es indispensable para evitar la DISPERSIÓN de la influenza, pero no EVITAR EL CONTAGIO.

13.- El pasado 25 de abril, el presidente FeCal (por cierto que... ¿dónde se encuentra el súperpresidente "legítimo" cuando sus huestes perredistas lo necesitan?) publicó en el Diario Oficial de la Federación un DECRETO mediante el cual otorga diversas atribuciones a la Secretaría de Salud para combatir el brote de influenza, entre las cuales se encuentran algunos atropellos a las libertades constitucionales como lo son el aislamiento de enfermos y supuestos portadores sanos, la inspección de pasajeros y medios de transporte, el allanamiento de todo tipo de local y casa habitación, la regulación del tránsito en el país y

VI. La adquisición a nivel nacional o internacional, de equipo médico, agentes de diagnóstico, material quirúrgico y de curación y productos higiénicos, así como todo tipo de mercancías, objetos, bienes y servicios que resulten necesarios para hacer frente a la contingencia, sin necesidad de agotar el procedimiento de licitación pública, por las cantidades o conceptos necesarios para afrontarla;
VII. Importar y autorizar la importación de los bienes y servicios citados en el inciso anterior, sin necesidad de agotar trámite administrativo alguno, por las cantidades o conceptos necesarios para afrontar la contingencia objeto de este decreto;
o sea que pueden comprar cantidades industriales de lo que quieran sin pedir permiso y sin licitación de nada.

14.- El pasado 9 de Marzo, el presidente Nicolás Sarkozy de Francia y el presidente FeCal y el secretario de salud JA Córdoba (que apenas hace cuatro días decía que el brote de influenza era sólo atípico y controlado) dieron el visto bueno a la firma de una colaboración entre Birmex, empresa propiedad del Gobierno Federal de México, y la transnacional Sanofi-Aventis (SA), (cuyas ganancias se elevan casi a 6 mil millones de dólares), con la inversión de 100 millones de Euros para la construcción de una instalación en México que manufacture vacunas contra la influenza. Mediante su filial Sanofi Pasteur (con sede en Lyon, Francia), la principal productora de vacunas en el mundo, plantearon comenzar la construcción a inicios del mes de abril. La inversión es una iniciativa que forma parte de la Plan de Acción Global de Influenza Pandémica para Incrementar el Abastecimiento de Vacunas, que desde el 2006 previó que ante una posible pandemia el abasto de vacunas se quedaría corto por 2 mil millones de dosis, con una demanda anual de alrededor de 600 mil millones de dosis. El precio de cada dosis individual oscila entre los $3 y $7 US DLLS.

15.- Las ventas anuales de Tamiflu, la marca comercial de Roche para el antiviral oseltamivir, fueron de 1.7 mil millones de dólares en 2007 y bajaron a tan sólo 564 millones de dólares en 2008, debido a la creciente resistencia de las variantes virales.

16.- La temporada de influenza apenas terminó... y dado el nortecentrismo global no creo que nadie haya previsto que la temporada de inluenza apenas comienza en el hemisferio sur!


Update: más entradas sobre influenza aquí o en la barra lateral, donde dice Influenza (duh!).

Monday, March 16, 2009

Radiohead en México


A pesar de estar medio encabronado por la espera de 15 años y aún así permanecer parado durante 6 horas (ya estoy viejo), a pesar de los pleitos e incertudumbre de no tener boleto a menos de una semana del concierto, a pesar de que no tocaron en el Metropólitan y de que nos quedamos sin metro... todavía hace un año moría de envidia de que el buen Diego se quejara del precio a pagar por verlos en l'Opera de Paris aprovechando su estancia en la Galia.

Llegamos tempranísimo. Yo fijé un horario adelantado porque esperaba que me plantaran. Pero no. todo fue como debía y llegamos un tanto demasiado temprano. Estaba sorprendentemente vacío. Yo esperaba ver largas filas y embotellamientos, pero no. Adentro todavía no estaba lleno. La banda estaba sentada en el piso y una amiga incluso sugirió tirarnos estilo Just. Tampoco lo hicimos durante la rola.

Con puntualidad inglesa (corrección en ~220 caracteres), se apagaron las luces poquito antes de las 8. En el escenario estaban cuatro podios con laptops negras y cuatro pelones en traje detrás de ellas. Con los primeros sonidos de Man-Machine nos dimos cuenta que la puntualidad era alemana. Yo no sabía que abría Kraftwerk y fue buena sorpresa. El set esta bien bueno y al menos a mí me impresiona bastante el minimalismo de cuatro fulanitos y sus laps con presentaciones simples cuyo mensaje golpea fuerte. De lo que recuerdo, durante los cuarenta minutos que estuvieron en el escenario "tocaron" Tour de France, Numbers, Computer World, Autobahn y Radioactivity. La recepción fue rara. Yo me sentí viejo de pensar que son una banda de más de 30 años de edad y sí me emocionaron los robots y los trajecitos de Tron en music non stop.

Nos echaron las luces otra vez. Antes de que abriera Kraftwerk, el lugar se sentía medio vacío, pero ahora se sentía a la gente llegar. Hartos aprovecharon para ir al baño mientras otros más hartos aprovecharon pa' meterse hasta adelante. Nota bizarra: los de OCESA nos pusieron reaggae. Se tardaron mucho en alistar el set y no tuvimos chance de sentarnos otra vez. Pusieron unos tubos larguísimos a manera de telón alrededor del escenario (que por cierto ahora me entero de que son de LEDs para disminuír las emisiones de carbono). Apagaron la luz y los gritos de histeria no se hicieron esperar y no se detuvieron sino hasta bien entrada 15 step.

El sonido estuvo impecable, si bien no me hubiera molestado a un volúmen un poco más alto. El espectáculo fue simple pero elegante. Las imágenes a blanco y negro en las pantallas superior y laterales me remitían a un especial de una banda clásica en la Rolling Stone. Thom Yorke se veía contento... aunque eso no quiera decir nada. Su interacción con el público fue como se esperaba: parca y tímida, apenas suficiente. El desempeño musical era el que hablaba por la banda y finalmente era eso lo que íbamos a buscar todos. Tuve permanentemente la piel de gallina y los pelos erizados. Incluso debo confesar que se me salieron tres lagrimitas: airbag, lucky y fake plastic trees. La euforia desbordó en national anthem, no surprises, optimistic/idioteque, paranoid android y my iron lung. Dos encores apenas bastaron. Aunque un sólo concierto no bastaba para escuchar todo lo que necesitábamos, fue justo y necesario. Las grandes ausentes: karma police y high and dry. Si quieren saber si tocaron creep, pues mejor lléguenle. Yo personalmente me quedé con ganas de escuchar climbing up the walls, you and whose army, how to dissapear completely, i might be wrong, true love waits, where i end and you begin y un morning bell. Y la neta sí, también exit music (for a film). Pero no digo nada de esto con pesar.



El setlist búsquenlo en otro lado, yo no recuerdo el orden. Las imágenes y videos, veré su puedo linkear alguno de otro lado, porque me cagan las camaritas y los flashazos a la mitad de los conciertos y yo si voy a ver y oír. Por eso luego no tengo recuerdos de nada.

En breve, Radiohead en México: Pocamadre.