Tuesday, May 05, 2009

Influenza A H1N1 y acceso a la información / Influenza A H1N1 and data sharing

Thanks Dr. Jiming Chen from China Animal Health and Epidemiology Center at Qingdao for sharing sequence alignments and trees from his recent paper on Influenza A Phylogeny and Diversity, with the novel California A/H1N1 sequences included. Please cite his paper (and rate it at PLoS ONE) and acknowledge him if these data is useful to you.

El Dr. Jiming Chen, investigador de influenza animal en el China Animal Health and Epidemiology Center en Quindao (青岛), es el autor del artículo sobre el Panorama de la Influenza A de acuerdo a la filogenia se cada uno de sus segmentos, publicado en PLoS ONE y que referí en una entrada anterior. Hace un par de días le pedí sus datos (secuencias, alineaciones y árboles) para compararlo con nuestro mexicanísimo A/H1N1. El Dr. Chen aceptó con gusto, con la condición de que evaluáramos su artículo en PLoS ONE (así que si pueden vayan y evalúenlo por favor) y que los datos fueran colocados en una página donde otros investigadores pudieran tener libre acceso a ellos (pueden revisar la opinión de Steven Salzberg sobre el caso de los genomas de influenza aquí). Así pues, aquí están los datos para quien los necesite, por favor noten que el Dr. Chen ya incluyó las secuencias de California y circulen las ligas a quien creen que pudiera dar buen uso de éstos datos. Como siempre, debe reconocerse al Dr. Chen como autor de los datos y citar su artículo.

Secuencias en formato FASTA:
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)
Set de datos en formato MEGA:
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)
Arbolitos Filogenéticos en formato MEGA (.mts):
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)

Ahora pues la pregunta sigue.... ¿dónde demonios están las secuencias con acceso libre de las variantes secuenciadas en México que infectaron además a los pacientes mexicanos? ¿A qué demonios juega la Secretaría de Salud? Primero considera que los investigadores mexicanos no pueden hacer los análisis de caracterización de las cepas y las manda fuera de México, ¡y ahora evita que los investigadores mexicanos puedan trabajar con ellas! El gremio de biólogos que estamos en el área de genómica aprendimos hace mucho que el conocimiento avanza mucho más rápido, y por lo tanto nos beneficiamos todos más, si las secuencias de los genomas están liberadas con acceso irrestricto para que grupos de trabajo con habilidades e intereses diversos aborden problemáticas diferentes pero complementarias con el mismo juego de datos. ¿Porqué la Secretaría de Salud no ha puesto a disposición del público las secuencias?

1 Comment:

Luis D. Alcaraz said...

Creo que porque no los secuencio la secretaria de salud, a mi también me dio coraje cuando no estaban disponibles y el grupo inglés ya las tenía... pero bueno ya aquí están las primeras:

Influenza A virus
(A/Mexico/InDRE4487/2009(H1N1))

FJ998206FJ998226FJ998223FJ998208FJ998217FJ998214FJ998211FJ998220