tag:blogger.com,1999:blog-340351762024-03-13T10:19:23.264-06:00Rudimenthos<I>rudimentum</I>: Parte de un ser orgánico imperfectamente desarrollada
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<I>rudimentum</I>: imperfectly developed part of an organic beingUnknownnoreply@blogger.comBlogger108125tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-82120844153833983642011-08-20T01:57:00.000-05:002011-08-20T02:06:41.990-05:00Inmolación bacteriana con conciencia ecológica<span style="float: left; padding: 5px;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_mid.png" style="border: 0;" /></a></span>
<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Molecular+systems+biology&rft_id=info%3Apmid%2F21847113&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Engineering+microbes+to+sense+and+eradicate+Pseudomonas+aeruginosa%2C+a+human+pathogen.&rft.issn=&rft.date=2011&rft.volume=7&rft.issue=&rft.spage=521&rft.epage=&rft.artnum=&rft.au=Saeidi+N&rft.au=Wong+CK&rft.au=Lo+TM&rft.au=Nguyen+HX&rft.au=Ling+H&rft.au=Leong+SS&rft.au=Poh+CL&rft.au=Chang+MW&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CMedicine%2CHealth%2CSynthetic+Biology%2C+Engineering+Biology%2C+Molecular+Biology%2C+Biotechnology">Saeidi N, Wong CK, Lo TM, Nguyen HX, Ling H, Leong SS, Poh CL, & Chang MW (2011). Engineering microbes to sense and eradicate Pseudomonas aeruginosa, a human pathogen. <span style="font-style: italic;">Molecular systems biology, 7</span> PMID: <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21847113" rev="review">21847113</a></span>
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Uno de los más grandes retos de la medicina y biotecnología de éste siglo es desarrollar alternativas al uso de antibióticos para combatir infecciones bacterianas. Si bien la aplicación de antibióticos durante el siglo pasado cambió por completo tanto la esperanza de vida de las poblaciones con atención médica como el estilo de vida mismo de las poblaciones humanas, muchas cepas bacterianas han desarrollado resistencia contra algunos antibióticos, y algunas pocas como <a href="http://www.npr.org/templates/story/story.php?storyId=18086925"><i>Staphylococcus aureus</i> (MSRA)</a> o <i>Pseudomonas aeruginosa</i> han desarrollado resistencia a múltiples antibióticos. Esto se convierte en un problema de salud pública severo cuando los dos organismos mencionados resultan ser las causas más frecuentes de infecciones en hospitales. Es decir, en aquellos lugares donde abrimos a la gente, existen dos bacterias patógenas que no podemos combatir. Es por esto que en la actualidad de destinan muchos recursos (en tiempo, dinero y cerebro) a la búsqueda de alternativas en la guerra contra las bacterias infecciosas.<br />
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El grupo encabezado por Chueh Loo Poh, de la Universidad Tecnológica de Nanyang en Singapur, se puso a pensar en cómo hacer para combatir a la antes mencionada <i>Pseudomonas aeruginosa</i>, una gammaproteobacteria que es un parásito oportunista (o sea que se aprovecha para infectar cuando nuestras defensas están bajas, por ejemplo tras una cirugía). Generalmente se encuentra en los tractos respiratorios y gástricos, y todavía es una de las principales causas de muerte en hospitales de pacientes con inmunodeficiencias como cáncer, fibrosis cística y VIH.<br />
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En el artículo de Nazanin Saeidi publicado en Molecular Systems Biology, el grupo de Poh aplica principios de ingeniería a la biología sintética, encargada de desarrollar organismos que lleven a cabo funciones que no existen en la naturaleza. En este caso, utilizan al organismo mejor estudiado, la enterobacteria <i>Escherichia coli</i>, y la modifican genéticamente para atacar a <i>P. aeruginosa</i> aprovechando tres características naturales de estas dos bacterias:<br />
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La primera, es la habilidad de <i>P. aeruginosa</i> para medir su propia densidad poblacional. Es decir, para censar su propia población (como el INEGI). Las bacterias solitarias se van a comportar de una manera muy distinta a cuando están en bola. Por ejemplo, solitas van a moverse mucho en búsqueda de alimento y se van a reproducir rápidamente. Cuando encuentran alimento y su población aumenta, no necesitan flagelos para su motilidad y deciden reproducirse más lentamente ("pocos hijos para darles mucho") y crecen en bola, secretando entre todas un moco que les proteje. Pero para hacer éstos cambios tienen que saber cuántas son. Su manera de conocer el tamaño de su población es la siguiente: cada célula secreta una proteína como señal química en concentraciones muy pequeñas, y a su vez tiene en la membrana miles de receptores de ésta misma señal. Si está sóla, va a recibir la señal de pocas proteínas. Cuando son muchas, la concentración de la señal química aumenta y los receptores en las membranas de las células detectan muchas proteínas. Cuando la cantidad de proteínas detectadas supera cierto límite, se induce un cambio fisiológico en la célula. Éste proceso se conoce como "quorum sensing", algo así como "censando el quórum". La palabra <i>quorum</i> viene del latín "de quién", y se utiliza en derecho para referirse a la cantidad mínima de personas necesarias para aprobar un decreto.<br />
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La segunda son las armas de guerra propias de <i>P. aeruginosa</i>. Éste inocente angelito produce bacteriocinas, unos péptidos antimicrobianos que matan a otras bacterias que compiten por los mismos recursos que <i>P. aeruginosa</i>. Las bacteriocinas atacan sólo a los parientes cercanos de <i>P. aeruginosa</i> porque son éstos los que compiten más fuertemente por sus mismos recursos, y a la fecha no se ha detectado que las bacterias se hagan resistentes a ellas. El grupo de Poh determinó anteriormente que la Pyocina S5 es una bacteriocina efectiva contra aislados clínicos de <i>P. aeruginosa </i>pero no contra <i>E. coli</i>.<br />
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La tercera es la habilidad suicida de<i> Escherichia coli</i> para reventar su propia membrana celular bajo condiciones de estrés ambiental, mediante una proteína pequeña llamada proteína de lisis E7 que desestabiliza la cara interna de la membrana celular. Ésto permite que las proteínas sintetizadas en el interior de la célula sean eficientemente exportadas al exterior.<br />
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En resumen, el equipo construyó un plásmido que contiene 1) el gen del receptor <i>lasR</i> de la señal química del "<i>quorum</i> sensing" de <i>P. aeruginosa</i>, 2) el gen de la Pyocina S5 y 3) el gen de la proteína de lisis E7. En éste plásmido, los genes de la Pyocina S5 y de la proteína de lisis E7 tienen un activador por quorum sensing llamado <i>luxR</i>. Es decir que tanto la bacteriocina como la proteína de lisis se van a producir sólo cuando se detecte una cierta cantidad de la señal química propia de <i>P. aeruginosa </i>(3OC12HSL). Y éste plásmido fue introducido en <i>E. coli</i>.<br />
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" class="tr-caption-container" style="margin-left: auto; margin-right: auto; text-align: center;"><tbody>
<tr><td style="text-align: center;"><a href="http://3.bp.blogspot.com/-uwlUMioeUxU/Tk9W7A6IscI/AAAAAAAAGCg/MNSEttmWmEE/s1600/msb201155-f1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: auto; margin-right: auto;"><img border="0" height="288" src="http://3.bp.blogspot.com/-uwlUMioeUxU/Tk9W7A6IscI/AAAAAAAAGCg/MNSEttmWmEE/s400/msb201155-f1.jpg" width="400" /></a></td></tr>
<tr align="center"><td class="tr-caption">Diagrama del sistema.<i> (c) Nature Publishing Group 2011</i> http://www.nature.com/msb/journal/v7/n1/full/msb201155.html</td></tr>
</tbody></table>
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Entonces el sistema funciona así: la <i>Escherichia coli</i> construída vive feliz de la vida como toda <i>E. coli</i> normal y corriente, hasta que se encuentra con <i>P. aeruginosa</i>. Si se encuentra con una no pasa nada, no hay que exagerar. Pero si la población de <i>P. aeruginosa</i> crece, la concentración de la seña química crece también. Normalmente, los receptores naturales <i>luxR</i> propios de <i>P. aeruginosa</i> detectarían esta concentración e inducirían cambios en su comportamiento, pero no cuentan con que la <i>E. coli</i> singapurense tiene el mismo <i>luxR</i> y por lo tanto detecta también la nueva concentración. Es decir, <i>E. coli</i> espía el crecimiento poblacional de <i>P. aeruginosa </i>con los propios ojos de <i>P. aeruginosa</i>. Pero en <i>E. coli</i>, lo que se va a inducir es primero la producción de la Pyocina S5, mortal para <i>P. aeruginosa </i>pero inocua para <i>E. coli</i>. El problema es que la Pyocina S5 es una proteína de <i>Pseudomonas</i>, y <i>E. coli</i> no cuenta con el complejo sistema de secreción, de manera que la Pyocina S5 será producida y almacenada en las células de <i>E. coli </i>sin afectar a <i>P. aeruginosa</i>. Hasta que la concentración de la señal química de <i>P. aeruginosa</i> es tal que se activa la producción de la proteína de lisis E7 también por el sistema de <i>quorum sensing</i> de <i>luxR </i>que se encuentra en el plásmido de la <i>E. coli</i> construída. De esta manera, cuando la población de <i>P. aeruginosa </i>supera cierto tamaño (y por lo tanto su señal química supera cierta concentración), las células de la <i>E. coli</i> van a explotar liberando la Pyocina S5 en altas concetraciones y aniquilando la población de <i>P. aeruginosa</i>. El sistema es eficaz <i>in vitro</i>, inhibiendo el crecimiento de <i>P. aeruginosa</i> de vida libre en un 99% y en un 90% cuando crece en biofilm. <br />
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¿Porqué tanto escándalo? Por muchas cosas. Primero, porque es una bonita forma de atacar un problema antiguo. Segundo, porque utiliza un sistema muy simple y elegante (<i>simple IS beauty</i>). Tercero porque utiliza las mismas armas de <i>P. aeruginosa </i>en su contra. Cuarto porque es una aplicación real y práctica de la biología sintética (llamada biotecnología hace diez años). Y quinto porque es una manera inteligente de reconocer un problema real, médico, humano, y proponer un resultado producto del conocimiento de la historia natural del organismo.<br />
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Finalmente, cuando se diagnostica una infección por P. aeruginosa en un hospital, se combate generalmente con un coctél de múltiples antibióticos (para <i>no errarle </i>pues). Ésta aproximación tiene dos efectos indeseados: uno, que en teoría se puede promover la selección de cepas que sean resistentes a TODOS los antibióticos conocidos, favoreciendo la aparición de una <i>Pseudomonas </i>malisísima que no podamos combatir. El otro es que en nuestro cuerpo tenemos muchas bacterias diferentes que viven sobre nosotros y nos ayudan y protegen de un sinfín de amenazas. Por ejemplo la microbiota intestinal que nos ayuda a digerir alimentos que nosotros no podemos aprovechar por nosotros mismos. Y cuando uno utiliza un coctél de antibióticos, los que terminan pagando los platos rotos son las bacterias de la microbiota, con efectos contraproducentes para la salud del paciente. El sistema propuesto es muy específico contra las <i>Pseudomonas</i> indeseadas simplemente porque viene de esas mismas <i>Pseudomonas</i> indeseadas, y promete tener un bajo impacto negativo en otras bacterias. Es decir, que es una alternativa médica con conciencia ecológica.<br />
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Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-90551775343957402632010-05-23T19:29:00.007-05:002010-06-01T23:57:31.865-05:00Receta para 'células sintéticas' y la cura contra el vitalismo...<span style="padding: 5px; float: left;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none ;" /></a></span><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Creation+of+a+Bacterial+Cell+Controlled+by+a+Chemically+Synthesized+Genome&rft.issn=0036-8075&rft.date=2010&rft.volume=&rft.issue=&rft.spage=&rft.epage=&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.sciencemag.org%2Fcgi%2Fdoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rft.au=Gibson%2C+D.&rft.au=Glass%2C+J.&rft.au=Lartigue%2C+C.&rft.au=Noskov%2C+V.&rft.au=Chuang%2C+R.&rft.au=Algire%2C+M.&rft.au=Benders%2C+G.&rft.au=Montague%2C+M.&rft.au=Ma%2C+L.&rft.au=Moodie%2C+M.&rft.au=Merryman%2C+C.&rft.au=Vashee%2C+S.&rft.au=Krishnakumar%2C+R.&rft.au=Assad-Garcia%2C+N.&rft.au=Andrews-Pfannkoch%2C+C.&rft.au=Denisova%2C+E.&rft.au=Young%2C+L.&rft.au=Qi%2C+Z.&rft.au=Segall-Shapiro%2C+T.&rft.au=Calvey%2C+C.&rft.au=Parmar%2C+P.&rft.au=Hutchison%2C+C.&rft.au=Smith%2C+H.&rft.au=Venter%2C+J.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CChemistry%2CComputer+Science%2CEngineering%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Gibson, D., Glass, J., Lartigue, C., Noskov, V., Chuang, R., Algire, M., Benders, G., Montague, M., Ma, L., Moodie, M., Merryman, C., Vashee, S., Krishnakumar, R., Assad-Garcia, N., Andrews-Pfannkoch, C., Denisova, E., Young, L., Qi, Z., Segall-Shapiro, T., Calvey, C., Parmar, P., Hutchison, C., Smith, H., & Venter, J. (2010). Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome <span style="font-style: italic;">Science</span> DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.1126/science.1190719">10.1126/science.1190719</a></span><br /><br />La noticia está en todos lados, ganándole espacio mediático a la falta de sustancia en la visita de Calderón a USA (en contraste con la sustanciosa cena que ofreció la pareja Obama), los candados aprobados a Wall Street por el senado gringo, y el robo de La Pastoral de Matisse en Paris...:<br /><br />"Científicos de EE UU anuncian la creación de la primera vida artificial" -- <a href="http://www.elpais.com/articulo/sociedad/Cientificos/EE/UU/anuncian/creacion/primera/vida/artificial/elpepusoc/20100520elpepusoc_9/Tes">El País</a><br />"Científicos crean 'célula artificial'" -- <a href="http://www.bbc.co.uk/mundo/ciencia_tecnologia/2010/05/100520_celula_sintetica_men.shtml">BBC Ciencia</a><br />"Un genetista americano crea la primera célula sintética viva" -- <a href="http://www.lemonde.fr/planete/article/2010/05/21/un-geneticien-americain-cree-la-premiere-cellule-vivante-synthetique_1360870_3244.html">Le Monde</a><br />bueno, hasta La Jornada de México, que repetidamente ha desaprobado las acciones de Venter (<a href="http://www.jornada.unam.mx/2007/06/09/index.php?section=opinion&article=020a1eco">aquí</a>, <a href="http://www.jornada.unam.mx/2008/02/02/index.php?section=opinion&article=020a1eco">aquí</a> y <a href="http://www.jornada.unam.mx/2005/11/16/a02n1cie.php">aquí</a>, por poner <a href="http://www.jornada.unam.mx/2008/01/26/index.php?section=ciencias&article=a03n1cie">unos cuantos</a>), cayó en la fiebre de la bacteria del Dr. Frankenstein y ahora hasta reconoce que "representa un gran avance" ("Crean estadunidenses la primera célula viva sintética" -- <a href="http://www.jornada.unam.mx/2010/05/21/index.php?section=ciencias&article=a02n1cie">La Jornada)</a><br /><br />Lo que sí sorprende (aunque no debería) es que todos y cada uno de los medios de información poseen en sus titulares la gran mentira que todos sus textos desmienten (con la notable excepción de <a href="http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/4636121.stm">BBC News</a>): no es la célula lo que es 'sintético' ni 'artificial', mucho menos la vida. Lo que fue químicamente sintetizado, como lo dice claramente el título del <a href="http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1190719">artículo publicado en Science</a>, es el genoma. Shame on you, medios de comunicación (una vez más).<br /><a><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Creation+of+a+Bacterial+Cell+Controlled+by+a+Chemically+Synthesized+Genome&rft.issn=0036-8075&rft.date=2010&rft.volume=&rft.issue=&rft.spage=&rft.epage=&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.sciencemag.org%2Fcgi%2Fdoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rft.au=Gibson%2C+D.&rft.au=Glass%2C+J.&rft.au=Lartigue%2C+C.&rft.au=Noskov%2C+V.&rft.au=Chuang%2C+R.&rft.au=Algire%2C+M.&rft.au=Benders%2C+G.&rft.au=Montague%2C+M.&rft.au=Ma%2C+L.&rft.au=Moodie%2C+M.&rft.au=Merryman%2C+C.&rft.au=Vashee%2C+S.&rft.au=Krishnakumar%2C+R.&rft.au=Assad-Garcia%2C+N.&rft.au=Andrews-Pfannkoch%2C+C.&rft.au=Denisova%2C+E.&rft.au=Young%2C+L.&rft.au=Qi%2C+Z.&rft.au=Segall-Shapiro%2C+T.&rft.au=Calvey%2C+C.&rft.au=Parmar%2C+P.&rft.au=Hutchison%2C+C.&rft.au=Smith%2C+H.&rft.au=Venter%2C+J.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CChemistry%2CComputer+Science%2CEngineering%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology"><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Creation+of+a+Bacterial+Cell+Controlled+by+a+Chemically+Synthesized+Genome&rft.issn=0036-8075&rft.date=2010&rft.volume=&rft.issue=&rft.spage=&rft.epage=&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.sciencemag.org%2Fcgi%2Fdoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rft.au=Gibson%2C+D.&rft.au=Glass%2C+J.&rft.au=Lartigue%2C+C.&rft.au=Noskov%2C+V.&rft.au=Chuang%2C+R.&rft.au=Algire%2C+M.&rft.au=Benders%2C+G.&rft.au=Montague%2C+M.&rft.au=Ma%2C+L.&rft.au=Moodie%2C+M.&rft.au=Merryman%2C+C.&rft.au=Vashee%2C+S.&rft.au=Krishnakumar%2C+R.&rft.au=Assad-Garcia%2C+N.&rft.au=Andrews-Pfannkoch%2C+C.&rft.au=Denisova%2C+E.&rft.au=Young%2C+L.&rft.au=Qi%2C+Z.&rft.au=Segall-Shapiro%2C+T.&rft.au=Calvey%2C+C.&rft.au=Parmar%2C+P.&rft.au=Hutchison%2C+C.&rft.au=Smith%2C+H.&rft.au=Venter%2C+J.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CChemistry%2CComputer+Science%2CEngineering%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology"></span></span></a><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Creation+of+a+Bacterial+Cell+Controlled+by+a+Chemically+Synthesized+Genome&rft.issn=0036-8075&rft.date=2010&rft.volume=&rft.issue=&rft.spage=&rft.epage=&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.sciencemag.org%2Fcgi%2Fdoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rft.au=Gibson%2C+D.&rft.au=Glass%2C+J.&rft.au=Lartigue%2C+C.&rft.au=Noskov%2C+V.&rft.au=Chuang%2C+R.&rft.au=Algire%2C+M.&rft.au=Benders%2C+G.&rft.au=Montague%2C+M.&rft.au=Ma%2C+L.&rft.au=Moodie%2C+M.&rft.au=Merryman%2C+C.&rft.au=Vashee%2C+S.&rft.au=Krishnakumar%2C+R.&rft.au=Assad-Garcia%2C+N.&rft.au=Andrews-Pfannkoch%2C+C.&rft.au=Denisova%2C+E.&rft.au=Young%2C+L.&rft.au=Qi%2C+Z.&rft.au=Segall-Shapiro%2C+T.&rft.au=Calvey%2C+C.&rft.au=Parmar%2C+P.&rft.au=Hutchison%2C+C.&rft.au=Smith%2C+H.&rft.au=Venter%2C+J.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CChemistry%2CComputer+Science%2CEngineering%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology"><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science&rft_id=info%3Adoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Creation+of+a+Bacterial+Cell+Controlled+by+a+Chemically+Synthesized+Genome&rft.issn=0036-8075&rft.date=2010&rft.volume=&rft.issue=&rft.spage=&rft.epage=&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.sciencemag.org%2Fcgi%2Fdoi%2F10.1126%2Fscience.1190719&rft.au=Gibson%2C+D.&rft.au=Glass%2C+J.&rft.au=Lartigue%2C+C.&rft.au=Noskov%2C+V.&rft.au=Chuang%2C+R.&rft.au=Algire%2C+M.&rft.au=Benders%2C+G.&rft.au=Montague%2C+M.&rft.au=Ma%2C+L.&rft.au=Moodie%2C+M.&rft.au=Merryman%2C+C.&rft.au=Vashee%2C+S.&rft.au=Krishnakumar%2C+R.&rft.au=Assad-Garcia%2C+N.&rft.au=Andrews-Pfannkoch%2C+C.&rft.au=Denisova%2C+E.&rft.au=Young%2C+L.&rft.au=Qi%2C+Z.&rft.au=Segall-Shapiro%2C+T.&rft.au=Calvey%2C+C.&rft.au=Parmar%2C+P.&rft.au=Hutchison%2C+C.&rft.au=Smith%2C+H.&rft.au=Venter%2C+J.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CChemistry%2CComputer+Science%2CEngineering%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology"><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S_noFFGOHOI/AAAAAAAAE_U/g8sSNqfStfU/s1600/figure1.jpg"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 215px; height: 218px;" src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S_noFFGOHOI/AAAAAAAAE_U/g8sSNqfStfU/s320/figure1.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5474661996010806498" border="0" /></a></span></span>Ésta noticia es mucho más un logro tecnológico y metodológico que una ruptura en los paradigmas de las ciencias de la vida. Lo que G<a href="http://www.jcvi.org/cms/research/projects/first-self-replicating-synthetic-bacterial-cell/overview/">ibson y sus colaboradores del JCVI están logrando</a> en realidad es una hazaña tecnológica que consiste en sintetizar base por base un genoma bacteriano entero (en el matraz, sin ayuda de un organismo vivo), luego ensamblarlo en una sóla doble-cadena circular para finalmente transplantarlo en una célula receptora desprovista de DNA. Y 'ver si jala'. Y 'sí jaló'.<br /><br />Ésto es el producto de más de diez años de trabajo: primero, en 2003 en JCVI logró sintetizar el primer genoma sintético (es decir, que las secuencias pequeñas fueron hechas en el matraz y no por un organismo), perteneciente a un virus muy pequeño (<a href="http://www.pnas.org/content/100/26/15440.long">φX174</a>). [1]<br /><br />En 2007, desarrollaron la tecnología para '<a href="http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/317/5838/632">transplantar genomas</a>', en donde aislaron el genoma de una especie bacteriana para introducirlo en la célula de otra especie a la que previamente habían eliminado su propio genoma... y la célula receptora terminó por convertirse en la determinada por el genoma recibido. [2]<br /><br />En 2008, llevaron más allá la síntesis química de genomas, y <a href="http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/319/5867/1215">lograron crear un genoma bacteriano completo </a>(el genoma de <span style="font-style: italic;">Mycoplasma genitalium</span>, una especie conocida y cuyo genoma ya había sido secuenciado), a partir sólo de compuestos químicos. Ésto demostró entonces que tampoco hay un 'soplo divino' involucrado en la síntesis de los genomas de DNA. [3]<br /><br />Pero hasta ahí. Porque para ensamblar los miles de fragmentos de DNA sintetizados químicamente, necesitaron introducirlos en una célula de la levadura Saccharomyces cerevisiae, para luego inducir recombinación y poder ensamblar los larguísimos fragmentos que componen un genoma de ~580,000 bases.<br /><br /><br />En el trabajo recientemente publicado, escogieron el genoma de la bacteria <span style="font-style: italic;">Mycoplasma mycoides </span>subespecie <span style="font-style: italic;">capri </span>cepa GM12, y lo modificaron <span style="font-style: italic;">in silico </span>(es decir lo diseñaron en la computadora, no en el laboratorio) introduciendo mutaciones puntuales (19 polimorfismos), quitando o poniendo ciertos genes e introduciendo cuatro secuencias largas que no codifican para proteínas ni interfieren con la codificiación de otros genes (marcas de agua, que al parecer apasionan a Venter como lo dejó ver en sus trabajos previos). Venter denominó éste nuevo diseño como <span style="font-style: italic;">Mycoplasma mycoides </span>JCVI-syn1.0, y lo sintetizó (por fragmentos) base por base mediante reacciones químicas en un matraz. Después utilizó la bacteria <span style="font-style: italic;">Escherichia coli </span>y la levadura <span style="font-style: italic;">S. cerevisiae </span>para ensamblar todos sus fragmentos en un sólo cromosoma circular.<br /><br />Paralelamente, eliminó todo rastro de DNA de células de otra especie: <span style="font-style: italic;">Mycoplasma capricolum</span>, para usarla como célula receptora. Es decir, éstas células no estaban muertas totalmente, sino deprovistas de DNA, como 'fantasmas' o mejor aún, 'zombies'. Finalmente, tomó el genoma sintético de M. mycoides JCVI-syn1.0 y lo transplantó a las células 'zombie' de <span style="font-style: italic;">M. capricolum</span>. Las nuevas células crecieron y se reprodujeron, demostrando pues que una célula puede seguir cualquier plan codificado en un genoma sin necesidad de 'fuerza vital' a la cual pedirle permiso. Pero no sólo eso, sino que la nueva célula cambió por completo, transformándose en la célula codificada en el genoma. Es decir, un <span style="font-style: italic;">M. capricolum </span>se transformó en un <span style="font-style: italic;">M. mycoides</span>, pero no cualquier <span style="font-style: italic;">M. mycoides </span>común y corriente sino el específico que fue diseñado en la computadora.<br /><br />Este es pues, una hazaña tecnológica porque diseñar, sintetizar y ensamblar genomas en un laboratorio es (en verdad os digo) mucho trabajo. Y apoya ligeramente los argumentos en contra del vitalismo, demostrando que es posible diseñar genomas en una computadora, sintetizarlos en un matraz y 'materializarlos' al meterlos en una célula. Todo esto sin ayuda de 'fuerzas vitales'.<br /><br />Hagamos un poco de memoria para ponerlo en contexto... durante mucho tiempo se creyó que sólo los organismos vivos podían sintetizar componentes orgánicos (es decir los compuestos de carbono, que conforman a todos los seres vivos), hasta que a principios del siglo XVII <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Friedrich_W%C3%B6hler">Frederick Wöhler</a> logró <a href="http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k15097k/f261.chemindefer">sintetizar urea y ácido oxálico</a> (moléculas orgánicas) a partir de componentes inorgánicos. Fue éste descubrimiento uno de los principales en contra de la doctrina del vitalismo, que considera que la vida contiene un principio especial más allá de la bioquímica y la física (generalmente el 'soplo divino').<br /><br />Más tarde, en 1952-53 (el <span style="font-style: italic;">annus mirabilis </span>de la biología moderna), <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stanley_Miller">Stanley Miller</a> y <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Harold_Urey">Harold Urey </a>realizaron su <a href="http://www.ucsd.tv/miller-urey/">famoso experimento</a> en el cual lograron sintetizar ribosa (via la <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Formose_reaction">reacción de Butlerov</a>) y aminoácidos (via la <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Strecker_amino_acid_synthesis">síntesis de Strecker</a>), componentes básicos de biomoléculas como bases nitrogenadas y proteinas, a partir de compuestos inorgánicos que pudieron estar presentes en grandes cantidades en la atmósfera de la Tierra Primitiva. Éste experimento demostró que es posible sintetizar los componentes esenciales de la vida (proteínas, azúcares y bases nitrogenadas) a partir de compuestos inorgánicos que fueron abundantes en la Tierra Primitiva, atestando un segundo golpe mortal al vitalismo.<br /><br />El vitalismo no está completamente muerto porque se mantenía con dos argumentos: 1) que los sistemas de información sólo podían ser diseñados por dios (o lo que sea) y 2) que el sintetizar moléculas orgánicas dista mucho de sintetizar vida. El primer argumento ha sido destruido por el trabajo de Gibson, que disenó un genoma (aunque no de cero, sino modificando uno preexistente), lo sintetizó químicamente (eso sí de cero), lo ensambló (con células vivas) y lo transplantó (a una célula 'medio-viva'). Y resulta que ese monstruito de Frankenstein es viable, crece y se reproduce (y en una de esas hasta lo disfruta).<br /><br />El segundo argumento aún se mantiene, pues efectivamente aún nos encontramos muy, muy lejos de sintetizar vida <span style="font-style: italic;">de novo</span>. Pero ya sabemos que podemos sintetizar biomoléculas gracias a Miller, y que podemos sintetizar genomas funcionales gracias a Gibson, y hasta que podemos <a href="http://genetics.mgh.harvard.edu/szostakweb/publications/Szostak_pdfs/Mansy_et_al_Nature_2008.pdf">sintetizar membranas celulares o protocélulas</a> capaces de almacenar nucleótidos y conducir replicación de DNA gracias al premio Nobel <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Jack_W._Szostak">Jack Szostak</a>.[4]. O sea, ya casi.<br /><br />Queda pendiente muchas cosas sobre las aplicaciones biotecnológicas y las implicaciones sociales y económicas de éste descubrimiento, pero eso lo dejo para luego porque con eso siempre acaba uno haciendo corajes y hoy... hoy es domingo.<br /><br /><img src="file:///C:/Users/ecologia/AppData/Local/Temp/moz-screenshot-1.png" alt="" />Oh, y no puse imágenes porque Science es una revista que no es OpenAccess, y entonces me arriesgo a una demanda multimillonaria por poner imágenes. Pero les dejo <a href="http://www.jcvi.org/cms/research/projects/first-self-replicating-synthetic-bacterial-cell/overview/">la página del JCVI </a>donde hay unas imágenes que vienen en el artículo y el <a href="http://www.jcvi.org/cms/research/projects/first-self-replicating-synthetic-bacterial-cell/video/">video de la conferencia de prensa</a>.<br />UPDATE: Resulta que el artículo sí <a href="http://www.sciencemag.org/cgi/rapidpdf/science.1190719v1.pdf">lo pueden descargar </a>de ScienceExpress... raro para Science.<br /><br />[1]<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences&rft_id=info%3Adoi%2F10.1073%2Fpnas.2237126100&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Generating+a+synthetic+genome+by+whole+genome+assembly%3A+%C2%A0X174+bacteriophage+from+synthetic+oligonucleotides&rft.issn=0027-8424&rft.date=2003&rft.volume=100&rft.issue=26&rft.spage=15440&rft.epage=15445&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.pnas.org%2Fcgi%2Fdoi%2F10.1073%2Fpnas.2237126100&rft.au=Smith%2C+H.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Smith, H. (2003). Generating a synthetic genome by whole genome assembly: X174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides <span style="font-style: italic;">Proceedings of the National Academy of Sciences, 100</span> (26), 15440-15445 DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.1073/pnas.2237126100">10.1073/pnas.2237126100</a></span><br /><br />[2]<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science+%28New+York%2C+N.Y.%29&rft_id=info%3Apmid%2F17600181&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Genome+transplantation+in+bacteria%3A+changing+one+species+to+another.&rft.issn=0036-8075&rft.date=2007&rft.volume=317&rft.issue=5838&rft.spage=632&rft.epage=8&rft.artnum=&rft.au=Lartigue+C&rft.au=Glass+JI&rft.au=Alperovich+N&rft.au=Pieper+R&rft.au=Parmar+PP&rft.au=Hutchison+CA+3rd&rft.au=Smith+HO&rft.au=Venter+JC&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Lartigue C, Glass JI, Alperovich N, Pieper R, Parmar PP, Hutchison CA 3rd, Smith HO, & Venter JC (2007). Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. <span style="font-style: italic;">Science (New York, N.Y.), 317</span> (5838), 632-8 PMID: <a rev="review" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17600181">17600181</a></span><br /><br />[3]<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Science+%28New+York%2C+N.Y.%29&rft_id=info%3Apmid%2F18218864&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Complete+chemical+synthesis%2C+assembly%2C+and+cloning+of+a+Mycoplasma+genitalium+genome.&rft.issn=0036-8075&rft.date=2008&rft.volume=319&rft.issue=5867&rft.spage=1215&rft.epage=20&rft.artnum=&rft.au=Gibson+DG&rft.au=Benders+GA&rft.au=Andrews-Pfannkoch+C&rft.au=Denisova+EA&rft.au=Baden-Tillson+H&rft.au=Zaveri+J&rft.au=Stockwell+TB&rft.au=Brownley+A&rft.au=Thomas+DW&rft.au=Algire+MA&rft.au=Merryman+C&rft.au=Young+L&rft.au=Noskov+VN&rft.au=Glass+JI&rft.au=Venter+JC&rft.au=Hutchison+CA+3rd&rft.au=Smith+HO&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Gibson DG, Benders GA, Andrews-Pfannkoch C, Denisova EA, Baden-Tillson H, Zaveri J, Stockwell TB, Brownley A, Thomas DW, Algire MA, Merryman C, Young L, Noskov VN, Glass JI, Venter JC, Hutchison CA 3rd, & Smith HO (2008). Complete chemical synthesis, assembly, and cloning of a Mycoplasma genitalium genome. <span style="font-style: italic;">Science (New York, N.Y.), 319</span> (5867), 1215-20 PMID: <a rev="review" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18218864">18218864</a></span><br /><br />[4]<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Nature&rft_id=info%3Apmid%2F18528332&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Template-directed+synthesis+of+a+genetic+polymer+in+a+model+protocell.&rft.issn=0028-0836&rft.date=2008&rft.volume=454&rft.issue=7200&rft.spage=122&rft.epage=5&rft.artnum=&rft.au=Mansy+SS&rft.au=Schrum+JP&rft.au=Krishnamurthy+M&rft.au=Tob%C3%A9+S&rft.au=Treco+DA&rft.au=Szostak+JW&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Mansy SS, Schrum JP, Krishnamurthy M, Tobé S, Treco DA, & Szostak JW (2008). Template-directed synthesis of a genetic polymer in a model protocell. <span style="font-style: italic;">Nature, 454</span> (7200), 122-5 PMID: <a rev="review" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18528332">18528332</a></span>Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-9205584664472843222010-05-06T19:40:00.008-05:002010-06-01T23:56:52.033-05:00Better the metagenome you know than the metagenome you don't...<span style="padding: 5px; float: left;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none ;" /></a></span><br /><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=PLoS+ONE&rft_id=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0010209&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Metagenomic+Sequencing+of+an+In+Vitro-Simulated+Microbial+Community&rft.issn=1932-6203&rft.date=2010&rft.volume=5&rft.issue=4&rft.spage=0&rft.epage=&rft.artnum=http%3A%2F%2Fdx.plos.org%2F10.1371%2Fjournal.pone.0010209&rft.au=Morgan%2C+J.&rft.au=Darling%2C+A.&rft.au=Eisen%2C+J.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Metagenomics">Morgan, J., Darling, A., & Eisen, J. (2010). Metagenomic Sequencing of an I<span style="font-style: italic;">n Vitro</span>-Simulated Microbial Community <span style="font-style: italic;">PLoS ONE, 5</span> (4) DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0010209">10.1371/journal.pone.0010209</a></span><br /><br />A new era for the design of metagenomic controls starts! <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0010209">Morgan <span style="font-style: italic;">et al.</span> </a>present the benchmarking of metagenomic tools using artificial "microbial communities" mixed up in the lab.<br /><br /><span style="font-style: italic; font-weight: bold;">The Hook...</span><br />Metagenomics is a fancy name for what's actually a large and obscure toolbox of molecular biology procedures and computational algorithms that promises to help us in the understanding of whole, natural microbial communities. It is so exciting because it allows us to study organisms (bacteria and archaea specifically) that would otherwise remain unacknowledged because we cannot grow them in the lab. It also provides for the first time the opportunity to analyse whole natural communities, and not only sectors of it (like "granivorous community" or "photosynthetic guild"). The comparison of natural functional communities would help us understand a lot about how communities are assembled, how they evolve and change in time and how are they affected by external disturbances.<br /><br />Having said that, we still lack the tools to analyse such large databases and the quality standards to produce and compare metagenomes. This happens each time a new technology appears, because there has been not enough time to try and experiment with it as to accurately know its flaws. This is even worse with metagenomics since no whole community has ever been studied and so we don't really know or even suppose how our data should look like. Here's where Morgan <span style="font-style: italic;">et al</span>. come to rescue with a very neat approach.<a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S-Olgom5nhI/AAAAAAAAE-g/rXEvxvrmG90/s1600/journal.pone.0010209.g002.png"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 141px; height: 94px;" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S-Olgom5nhI/AAAAAAAAE-g/rXEvxvrmG90/s320/journal.pone.0010209.g002.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5468396352632888850" border="0" /></a><br /><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">The Setting...</span><br />Their logic is simple and clear: since we do not have any community whose composition is completely known, let's make one. So they retrieved ten different microorganisms from the culture collections whose genomes have already been sequenced, and prepared aliquots so that they would have the same number of cells from each organism. Then they mixed them up, extracted the whole community DNA with three different DNA-extraction protocols and then sequenced four metagenome databases (one was replicated with an alternative sequencing method).<br /><br /><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">The Bad...<br /></span>Surprisingly, <span style="font-weight: bold;">none of the sequenced metagenomes reflected the original composition</span> of the community mix. This can be caused for a number of reasons: the size of a genome and the number of genome copies per cell affect the probability of sequencing; differences in cell wall and matrix thickness and composition could prevent efficient DNA extraction; specific DNA segments might be harder to clone and/or sequence... When they compared between metagenomes, they found that most differences were due to the type of DNA extraction utilized. That is, the same community will result in different metagenomes when different DNA extraction methods are used. This also means that metagenomes obtained with different DNA extraction protocols should not be compared. Ever.<br /><br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S-OnYBfDj3I/AAAAAAAAE-o/bgZEXnTzXjQ/s1600/journal.pone.0010209.g003.png"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 335px; height: 93px;" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S-OnYBfDj3I/AAAAAAAAE-o/bgZEXnTzXjQ/s320/journal.pone.0010209.g003.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5468398403715305330" border="0" /></a>It still puzzles me one thing: the love for BLAST. Even when they assigned each sequence to a specific organisms by "blasting" each read from the metagenomes to the ten complete genomes of the organisms in the mix, there's a large number of sequences that could not be mapped back to the source organism. Sure, there seems to be a phage infecting some cultures that was not in the sequenced genome. But it is surprising that there was a large number of reads that actually hit a <span style="font-style: italic;">Bacillus</span>, when there were five <span style="font-style: italic;">Lactobacillus</span> strains in the mix. My point is that BLAST is a very poor algorithm to recover precise hits, and the short lenght of the sequences reduce the taxonomic resolution attainable by it, misleading the results. If we add a really biased and incomplete reference database, it ends up being almost impossible to accurately define the genomic composition of a natural community. This also calls for better and more precise methods of assigning or binning of metagenomic sequences.<br /><br /><span style="font-style: italic; font-weight: bold;">The Good...</span><br />Since "all different" is not a very hopeful result, they prepared three replicas of each DNA extraction method so to say which of them showed a lower variability and hence would be more reliable. It turned out that the DNA kit extraction protocol has a larger repeatability, most likely because there's a lower variation in reagent concentrations.<br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S-Ot1ayqdeI/AAAAAAAAE-w/fW41_Oc1NqA/s1600/journal.pone.0010209.g004.png"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 91px;" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S-Ot1ayqdeI/AAAAAAAAE-w/fW41_Oc1NqA/s320/journal.pone.0010209.g004.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5468405505794405858" border="0" /></a>And then again, although there's large variability inter- and intra- protocol, there are no radical changes in the relative abundance of each organism. That is, there is no change from the dominance of one organism to another. Although they're still not reflecting the "true" abundances.<br /><br /><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">The Ugly...</span><br />One of the samples was sequenced twice, one time with classic Sanger capillary sequencing and the other with pyrosequencing. This helped them to show that differences between extraction methods are far greater than differences between sequencing platforms. Still I sensed a bit of anti-pyrosequencing in it. Sure, pyrosequencing gives shorter reads and so a larger amount of reads will be unassignable to reference organisms (at least by BLAST standards). But I'm not sure that these results actually demonstrate that cloning-bias is not so important. It would be necessary to repeat each sample with pyrosequencing to demonstrate this. And it would be also great to replicate the same example as they did with Sanger. This would actually show how much of this variability is really attributable to DNA extraction and how much of it is attributable to cloning bias.<br /><br /><span style="font-style: italic; font-weight: bold;">The Finale...</span><br />We desperately need more research like this, that would help us not only to standarize the technology behind metagenomics but also allows to build the robust theoretical framework that metagenomics (and community ecology in general) is so in need. This kind of work should be complemented with in-silico modelations of metagenomes (like that in <a href="http://fames.jgi-psf.org/">Mavrommatis et al. 2007</a>), and also with the development of better algorithms to cluster and assign taxonomy to sequenced reads.<br />After all the metagenomic hype, we still do not know the true structure and composition of sequenced microbial communites. But we do know a lot more than before.Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-25224741734450455862010-03-18T17:53:00.010-06:002010-03-19T09:58:53.189-06:00On the Road... en un Beetle-AzulUna de las rutas de viaje más famosas es el road-trip introspectivo a través de USA que relata <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Jack_Kerouac">Jack Keourac</a> en su <span style="font-style: italic;">magnus opus</span> <a href="http://books.google.com.mx/books?id=4w1vQRkAVxYC&dq=on+the+road+keourac&pg=PP1&ots=ao2FWHEMj-&sig=cnELi2Jfpyc4UieTheu5bclTDyo&hl=es&sa=X&oi=book_result&resnum=1&ct=result#v=onepage&q=&f=false">On the Road</a> (aquí una <a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2008/07/on-road.html">entrada previa</a> sobre la obra). En realidad son tres los viajes que realiza Sal a través de notreamérica, que se muestran en el mapa de aquí abajo (el color corresponde a cada viaje):<br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://en.wikipedia.org/wiki/File:Kerouac_Map.jpg"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 280px; height: 216px;" src="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S6LJiE_WtOI/AAAAAAAAE9Y/CAVx5XpUcfU/s320/Kerouac_Map.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5450140086363927778" border="0" /></a>El mes pasado tuve la oportunidad de hacer nuestra propia versión del northamerican-roadtrip, algo así como un OnTheRoad-v.2010-Región4. Así que manejamos un VW-Beetle-Azul algo así como 3000 km. Empezar una mañana (no tan de mañana) en Nueva Tenochtitlán, salir del Valle del Anáhuac, llegar al Altiplano, conducir dos días a través del Desierto Chihuahuense y de repente entrar de lleno al American Midwest, tratar de no dormirse a través de las planicies de Kansas (famosas por... pues planas) y finalmente llegar al final del invierno a la Capital del Midwest Americano. En el mapa de aquí abajo se dibuja la trayectoria a través de USA (porque GoogleMaps no sabe manejar en México), más la trayectoria México-SnLuisPotosí-Monterrey-NuevoLaredo (de la cual no voy a hablar porque la he hecho demasiadas veces ya y no me divierte tanto-tanto). .<br /><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 166px; height: 120px;" src="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S6LZC1jgTEI/AAAAAAAAE9g/4ug1WJUcPoo/s320/P2260008.JPG" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5450157141830683714" border="0" /><br /><iframe marginheight="0" marginwidth="0" src="http://maps.google.com/maps?f=d&source=s_d&saddr=Nuevo+laredo&daddr=minneapolis&hl=es&geocode=FdhPowEd-ZYR-imPx8RBfxhhhjEc6dM-T0Rdcw%3BFf1WrgIdJOhw-im9u3eTkDOzUjEH7novhMmfkw&mra=ls&sll=31.353637,-88.154297&sspn=33.671084,84.902344&ie=UTF8&ll=33.94336,-96.767578&spn=34.693875,56.25&z=4&output=embed" width="640" frameborder="0" height="480" scrolling="no"></iframe><br /><small><a href="http://maps.google.com/maps?f=d&source=embed&saddr=Nuevo+laredo&daddr=minneapolis&hl=es&geocode=FdhPowEd-ZYR-imPx8RBfxhhhjEc6dM-T0Rdcw%3BFf1WrgIdJOhw-im9u3eTkDOzUjEH7novhMmfkw&mra=ls&sll=31.353637,-88.154297&sspn=33.671084,84.902344&ie=UTF8&ll=33.94336,-96.767578&spn=34.693875,56.25&z=4" style="color: rgb(0, 0, 255); text-align: left;">Ver mapa más grande</a><br /></small><br />Así pues, comenzaré con una serie de entradas (que ya comencé en inglés por impaciente) sobre mi experiencia On The Road a través de la parte menos interesante de USA, que según yo no está tan terrible tampoco. Simplemente no aplica para agencia de viajes. Y ya encarrerado me voy a seguir con el otro Road-Trip que hice el verano pasado de Arizona a Yellowstone, del cual no he escrito nada (y no tengo que justificarme en mi propio blog), pero junto con el cual presenta dos maneras alternativas de recorrer USA en los inicios del siglo XXI (porque un latino haciendo auto-stop sobre la I-35 en Texas no suena padre).<br /><br />Así pues, las ligas a las primeras entradas están aquí: (<a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2010/02/on-road-crossing-border-and-into-texas.html">Cruzando la Frontera</a>) y aquí: (<a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2010/02/on-road-american-plains.html">Midwest Plains</a>), que sirvan de preludio o contraportada.Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-12994466794554828972010-02-28T22:11:00.009-06:002010-02-28T23:10:44.470-06:00On the Road... american plains<div style="text-align: left;">Here are some pictures of the "everchanging" landscape across the american midwest and midsouth. As you can see, it's pretty flat. Amazingly plain. Since I come from the city between volcanoes, this landscapes are really... well.. different to me. I must confess those Kansas limitless fields and clear skies were overwhelming.</div><div><br /></div><div>I'm missing pictures from Nebraska and Missouri, but I guess you get the idea.</div><div><br /></div><div>Monterrey...<br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4s_mogCUTI/AAAAAAAAE8k/T02zv6TKqZo/s1600-h/IMG_3690.JPG"><img src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4s_mogCUTI/AAAAAAAAE8k/T02zv6TKqZo/s320/IMG_3690.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443514507546743090" style="display: block; margin-top: 0px; margin-right: auto; margin-bottom: 10px; margin-left: auto; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 240px; " /></a></div><div><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tABllCSkI/AAAAAAAAE8s/nF4U5RkTfEw/s1600-h/P2260002.JPG"><br /><span class="Apple-style-span" style="color:#000000;">Texas...</span><img src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tABllCSkI/AAAAAAAAE8s/nF4U5RkTfEw/s320/P2260002.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443514970618874434" style="display: block; margin-top: 0px; margin-right: auto; margin-bottom: 10px; margin-left: auto; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 240px; " /></a>Oklahoma...<br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tAaKesnPI/AAAAAAAAE80/STnYh7wiY7Q/s1600-h/P2260012.JPG"><img src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tAaKesnPI/AAAAAAAAE80/STnYh7wiY7Q/s320/P2260012.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443515392841260274" style="display: block; margin-top: 0px; margin-right: auto; margin-bottom: 10px; margin-left: auto; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 240px; " /></a><div></div></div><div><br /></div><div>Kansas...<a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tBItUPz2I/AAAAAAAAE88/86GDCXK2hwA/s1600-h/P2260014.JPG"><img src="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tBItUPz2I/AAAAAAAAE88/86GDCXK2hwA/s320/P2260014.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443516192466653026" style="display: block; margin-top: 0px; margin-right: auto; margin-bottom: 10px; margin-left: auto; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 240px; " /></a></div><div>Iowa...</div><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tBpJ3KK8I/AAAAAAAAE9E/E9nF5Adp7dE/s1600-h/P2270051.JPG"><img style="display:block; margin:0px auto 10px; text-align:center;cursor:pointer; cursor:hand;width: 320px; height: 240px;" src="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tBpJ3KK8I/AAAAAAAAE9E/E9nF5Adp7dE/s320/P2270051.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443516749885090754" /></a><br /><div>Minessota...</div><div><br /></div><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tMFfAlWRI/AAAAAAAAE9M/eoIBV9V0FWI/s1600-h/P2270067.JPG"><img src="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tMFfAlWRI/AAAAAAAAE9M/eoIBV9V0FWI/s320/P2270067.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443528231714380050" style="display: block; margin-top: 0px; margin-right: auto; margin-bottom: 10px; margin-left: auto; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 240px; " /></a><div><div style="text-align: center;"><br /></div><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4tMFfAlWRI/AAAAAAAAE9M/eoIBV9V0FWI/s1600-h/P2270067.JPG"></a><div><span class="Apple-style-span" style="color:#0000EE;"><u><br /></u></span></div><div><div><br /></div></div></div>Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-89900208431216490642010-02-27T23:45:00.007-06:002010-02-28T13:06:19.159-06:00On the Road... Crossing the Border and into Texas<div style="text-align: center;"><br /></div><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4qKDlKHzRI/AAAAAAAAE8U/qWJs6JLkGaI/s1600-h/P2251012.JPG"></a><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><br /></div><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4irzCcQlNI/AAAAAAAAE8E/FMPb2L5dUw4/s1600-h/IMG_3699.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="200" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4irzCcQlNI/AAAAAAAAE8E/FMPb2L5dUw4/s200/IMG_3699.JPG" width="150" /></a></div>I'm right in the middle of a huge road trip from Mexico City to St Paul, Minessota. It's about 3500 km by car and a country and a half to get there. Last summer I had the chance to cross the US from Tempe, Arizona to Yellowstone National Park, Wyoming. So I guess I'm in the 'Keourac' mood.<br /><br />I'll skip the mexican part of the trip because for the last five years I've been doing the Mexico City-Monterrey trip three to four times a year and well... there was nothing new in it. Except for the new toll highway right before Monterrey which is quite cool. And honestly, there's nothing to write about Nuevo Laredo or Laredo. It's simply horrible.<br /><br />Crossing the border was remarkably cool: no waiting queues, some shockingly kind border officers, and we even got the chance to experience crossing the border both on car and on feet: we needed some special permit for our french traveler but before we noticed we were crossing the Rio Bravo already. So we jumped out of the car right in the middle of the little bridge over the river and ran back to Mexico. We got our stamp and hasted back to that nowhere land over Rio Grande ('cause we were already on the US side of the bridge.). Crossing on car costs $24 MXN pesos, on foot we had to pay $3 USDLLS each.<br /><div class="separator" style="clear: both; text-align: center;"><a href="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4n2jRNTAgI/AAAAAAAAE8M/GJ5WjzbBWik/s1600-h/IMG_3700.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="150" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4n2jRNTAgI/AAAAAAAAE8M/GJ5WjzbBWik/s200/IMG_3700.JPG" width="200" /></a></div><br />Right on the "other side" we got to see quite a weird car pursuit: a white pickup ("coyote" style) was being chased by a border patrol. Yep. At strict 70mph. So it actually looked like the neverending chase, where te police car didn't get any closer but the pickup didn't get away. That was just the first of almost 50 all flavored police patrols (border, texas rangers, sheriffs, etc) over the first 40 miles. The highest police density across de midwest. This continued up to San Antonio, where I saw the largest, huge-est mall outlet I've ever seen. I felt a marked difference between tex-mex mexicans an me, since I find these supershoppingcomplexes disturbing.<br /><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 238); -webkit-text-decorations-in-effect: underline; "><img src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4qKDlKHzRI/AAAAAAAAE8U/qWJs6JLkGaI/s320/P2251012.JPG" border="0" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5443314893749472530" style="display: block; margin-top: 0px; margin-right: auto; margin-bottom: 10px; margin-left: auto; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 240px; " /></span><div><div style="text-align: center;"><br /></div><span class="Apple-style-span" style="-webkit-text-decorations-in-effect: underline; "></span>Finally, we stopped at Austin just for the night. I must confess I was surprised to find a quite interesting downtown area, remarkably by night. I particularly liked the Frost Bank Tower and the Capitol, and the fact that it seems to be a very musical city.<a href="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4p_j-3PXwI/AAAAAAAAE8Q/uSDTzzZt_Oo/s1600-h/P2251015.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em; "><img border="0" height="240" src="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/S4p_j-3PXwI/AAAAAAAAE8Q/uSDTzzZt_Oo/s320/P2251015.JPG" width="320" /></a></div>Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-77714314114507655222009-11-11T10:06:00.006-06:002009-11-11T17:38:08.656-06:00Por una ley de responsabilidad políticaEy... algo así como pasarles la cuenta de la campaña a los políticos...<br /><br />en breve, la política fiscal de calderón en campaña:<br /><br />1) Crear empleos<br />2) Reducir los impuestos para quienes trabajan (específicamente el Impuesto sobre la renta)<br />3) Transparencia Fiscal<br />4) Inversión "responsable" (en universidades de calidad y en un seguro médico para todos los niños que nazcan durante su sexenio, y en agua potable)<br />5) Garantizar la estabilidad económica (bajar tasas de interés)<br /><br />Así que con la eliminación de LyFC, la pérdida de al menos <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=191135&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">212 mil empleos en lo que va del 2009</a>, el aumento del <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=222636&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">2% al ISR</a> (y al <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ELFINANCIERO/PORTAL/cfpages/contentmgr.cfm?docId=222914&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">IVA e IDE</a>), el <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=219326&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">recorte de presupuesto</a> a<a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=210580&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC"> la educación</a> (<a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=219326&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">en las Universidades de calidad</a>) y la <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=227894&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">inestabilidad</a> <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=227895&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">económica</a> (con un <a href="http://www.elfinanciero.com.mx/ElFinanciero/Portal/cfpages/contentmgr.cfm?docId=148098&docTipo=1&orderby=docid&sortby=ASC">aumento específico en las tasas de interés</a>), ¿de a cómo le tocaría a calderón?<br /><br /><iframe allowfullscreen='allowfullscreen' webkitallowfullscreen='webkitallowfullscreen' mozallowfullscreen='mozallowfullscreen' width='320' height='266' src='https://www.blogger.com/video.g?token=AD6v5dwlvj-W8HsJ5Q42swNV_d_yllSElAlDCFy81uyj_tlfVyHGh0mRJmqV_WoIuITlLcdD83dFk2AnUOc' class='b-hbp-video b-uploaded' frameborder='0'></iframe><br /><br />*PD: todos los links apuntan a "El Financiero", el periódico favorito de la gente de dinero del país, por dos causas: 1) porque ya me hartó la jornada, 2) porque ya me harté de que me tiren de perredista por linkear a la jornada.Unknownnoreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-23516042190329589362009-10-14T15:06:00.005-05:002009-10-14T15:09:46.019-05:00Luz y Fuerza del Centr o y el SME. Cuando el río suena, es porque agua lleva<span style="font-style: italic;">He aquí un correo que me mandaron por mail con el título "y los medios ya the recapitularon la realidad?" que por cierto me parece bastante desafortunado. No lo escribí yo, sino que el autor es un tal azulyoro_18 cuyo mail me reservo para no meterlo en broncas. No estoy de acuerdo con todo, pero a falta de tiempo, lo pongo ahora sí para reflexión.</span><br /><br />AMIGAS Y AMIGOS:<br /><br />Vivimos tiempos de alarma ante los cuales no podemos ser indiferentes.<br /><br />Particularmente la desaparición de LUZ Y FUERZA DEL CENTRO significa la continuidad del gobierno de Calderón de desmantelar el país y rematarlo a los peores postores y a los mejores impostores.<br /><br />Calderón y su gabinete harán negocio para ellos y sus familias, no les importa el bien público, y el afectado por todos los medios serás tú.<br /><br />Quiero compartir con ustedes algunas de mis reflexiones, en especial con aquellos que consideran esta medida como “positiva”:<br /><br />• Luz y Fuerza del Centro nació en un contexto muy importante para el país. La industria eléctrica tiene una historia de 128 años (Compañía Mexicana de Gas y Luz Eléctrica y nacionalizada en 1960, cuando nace LUZ Y FUERZA); en 1881, justo cuando en el Porfiriato se buscaba un desarrollo del país.<br /><br />• El Sindicato Mexicano de Electricistas (SME) nace con la Revolución Mexicana (1914), por eso tiene un espíritu muy especial y diferente a cualquier otro; ahora, el gobierno de Calderón atentando contra la historia, los elimina y los echa a la calle.<br /><br />Las “razones” de Calderón para desparecer LyFC y al SME y otras consideraciones<br /><br />• Calderón dice que desparece LUZ Y FUERZA por sus altos costos operativos más allá de su rentabilidad, es decir por su inviabilidad según él.<br /><br /> MENTIRA. Con la luz de Luz y Fuerza del Centro se produce el 35% del PIB nacional. El asunto de que tiene más costos operativos es producto desgobierno de Fox y de Calderón.<br /><br />• Se habla de la ineficiencia, cuando en realidad los principales responsables son los directivos y su Consejo de Administración, los trabajadores no dirigen la empresa.<br /><br />• Ahora bien, si usamos el mismo argumento de Calderón y sin ánimos de que suceda lo mismo: ¿Por qué no inició con PEMEX (sindicato priísta)?, ¿sucederá lo mismo con el SNTE que dirige Elba Esther Gordillo (madre putativa de Calderón)?. OJO: NO SUGIERO QUE SUCEDA, POR EL CONTRARIO, DEBEMOS DE DEFENDER A LOS TRABAJADORES DE ESTOS GREMIOS QUE PADEZCAN LO MISMO, SÓLO SEÑALAMOS LA ENORME INCONGRUENCIA.<br /><br />• Si usamos la lógica de Calderón de ineficiencia, el primero que tendría que renunciar es él. El presidente del empleo, el presidente de no aumentar impuestos, el presidente de eliminar la tenencia, el presidente del crecimiento económico, el presidente que dijo que bajaría la luz, gasolina y diesel.<br /><br />• ¿Por qué Calderón no estableció un plan de mejoramiento de la empresa?,<br /><br /> Si hay una ineficiencia del 30%, ¿por qué no hacer un plan de mejoramiento de 1% mensual para que al paso de poco más de dos años se elimine dicha ineficiencia.<br /><br />• Por otro lado, no debemos caer en el falso argumento de que las prestaciones de los trabajadores del SME son exorbitantes, esto es mentira, son trabajadores como tú, que aunque en ciertos términos puedan ser cuestionables dichas prestaciones, al final, son logros alcanzados por la lucha sindical, que en realidad debieras tenerlos tú también.<br /><br />• No seas presa del egoísmo de que porque ellos tienen ciertas prestaciones y tú no, a ellos se les debe cancelar, luchemos para que tu patrón también te las otorgue a ti.<br /><br />• Llama la atención la cobardía de Calderón de no anunciar él mismo la decisión el sábado por la noche y hacerlo hasta el domingo. Prefirió enviar a su vocero López Dóriga (¡increíble que alguien con esa dicción sea comunicador! Y aparte le digan teacher).<br /><br />• Finalmente más allá del punto anterior, el SME siempre ha abogado por las causas justas, eso es más que suficiente para desaparecerlo según Felipe el Breve.<br /><br />• ¡Ah! y sólo por informar, Los Pinos no pagan luz.<br /><br /><br /><br /><br />¿Qué sigue?<br /><br />• Lo mismo se dijo de la banca comercial, que era ineficiente, y hoy tenemos la banca más cara del mundo. Lo mismo pasará con la luz.<br /><br />• Apagones constantes. porque los empleados de la CFE no cuentan con el grado de especialización eléctrica como los del SME.<br /><br />• Despido potencial miles de empleados más. IMAGÍNENSE, SI SE ESTÁ ECHANDO A LA CALLE A MÁS DE 42,000 EMPLEADOS DE UN SINDICATO, siendo esto así, ¿qué suerte correrán los empleados de la iniciativa privada cuando sus patrones vean estos ejemplos del mismo gobierno?.<br /><br />• Recuérdenlo, el Presidente del empleo está mandando a la calle a más de 42,000 obreros, mismos que saldrán a la calle a disputar tu puesto.<br /><br />• Indiscutiblemente, el ingreso de compañías privadas extranjera en la administración y generación de la energía. Calma, si ahora no haces nada, mañana lo pagarás en tu recibo de electricidad.<br /><br />¿Qué hacer ahora?<br /><br />• PARTICIPAR EN LAS MOVILIZACIONES DEL SINDICATO MEXICANO DE ELECTRICISTAS, NO SEAS EGOÍSTA, ESTO SI TIENE CARÁCTER NACIONAL Y PATRIOTA; Y NO LOS 11 PARES DE BOTINES ANALFABETAS DE LA SELECCIÓN DE FÚTBOL, LOS CUALES SÍ GANAN MILLONES DE PESOS POR UN TRABAJO QUE EN NADA FAVORECE AL PAÍS O, ¿TÚ QUE GANAS CON QUE MÉXICO VAYA AL MUNDIAL?, ¿ERES ACCIONISTA DE ALGÚN CLUB?. SIN EMBARGO, ¿QUÉ PIERDES SI SE PRIVATIZA LA ENERGÍA ELÉCTRICA?.........NO BUSQUES LA EVASIÓN A TUS PROPIAS FRUSTACIONES EN EL FUTBOL, ÉSTE ES SÓLO UN ENTRETENIMIENTO. PARTICIPA Y AYUDA EN LO QUE SI TE AFECTA A TI Y A TU PUEBLO.<br /><br />• Exigir por todos los medios la renuncia de Calderón. Es un apátrida y amátrida, debe abandonar el puesto de presidente y es necesario también que Carstens se deje de comer media vaca diaria y se largue con todo el demás gabinete.<br /><br />• Discutir, comunicar estas y más ideas con amigos, familiares y vecinos.<br /><br />• El ahorro liquidando al SME y Aluz Y FUERZA DEL CENTRO será de 18,000 millones de pesos, conforme lo ha dicho el gordo Carstens.<br /><br /> Sin embargo, y según mis cálculos lo que le pagamos anualmente al FOBAPROA-IPAB sólo por intereses asciende a más o menos el doble: 40,000 millones de pesos. ¿Por qué carajos Calderón no ha renegociado esta deuda en lugar de mandar a la calle a miles de obreros?..........<br /><br /> Porque al final de cuentas él la promovió en 1998.<br /><br /><br />Saludos a todos.Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-90378423517408066542009-10-11T17:33:00.003-05:002009-10-11T18:13:00.511-05:00Descanse en Paz LyFC y con ella la nacionalización de la energía eléctricaEl Sindicato Mexicano de Electricistas (SME) nació a principios del siglo pasado (siglo XX pues), con dos huelgas exitosas en 1914 y 1936 que culminaron con la firma de un contrato colectivo ejemplar, con la fundación de la Comisión Federal de Electricidad (CFE) y con el proyecto de nacionalización de la industria eléctrica.<br /><br />En los '60s, el gobierno de Manuel Ávila Camacho terminó el largo proceso de nacionalización de la industria eléctrica, adquiriendo la empresa <span class="arnegro14"><em>The Mexican Light and Power Co</em></span>, y con ello creando el antecesor directo de la Compañía de Luz y Fuerza del Centro (LyFC). A mediados de los '80s una gran región que controlaba LyFC fue transferida a la CFE. Anoche, en un sabadazo perfecto tras el autogol salvadoreño que mantenía drogada a la sociedad mexicana, el gobierno panista "exterminó" LyFC, y con ella un primer símbolo de la nacionalización de la energía eléctrica.<br /><br />Vamos pues, yo no digo que el servicio de LyFC no se encuentre dentro de los peores servicios públicos (y peores tratos al cliente) en México (que ya es un decir). Yo no digo que la empresa no esté anquilosada (y cómo no con tanto recorte presupuestal). Pero si de repente a FeCal le hubiera dado por poner en orden a los sindicatos (si si, ya se que es injerencia, pero es pa' darle continuidad a mi idea), ¿porqué no comenzar por el de PEMEX... o por el SNTE? Pues porque esos son sindicatos que se ven con buenos ojos, financiando campañas electorales y poniendo al servicio del gobierno a las bases de trabajadores de la industria petrolera o a los maestros. No le hace que con ellos se ganen votaciones amañadas en las cámaras o que se envuelvan en escándalos de corrupción que con un enorme cinismo terminan ignorándose. No le hace que estén llenos de Gordillos y de Romero-Deschamps... pero la LyFC!!!!<br /><br />No se que me da má tristeza:<br /><br />1.- Escuchar y leer una cantidad de pendejadas de la gente de a pie sobre lo positivo que es eliminar ese obscuro bastión de la corrupción que frena el progreso que nos merecemos los mexicanos (con minúscula porque lo dice un panista). La comunidad mediática debe estar festejando junto con los panistas. En sólo una semana se aventaron a dictar en piedra lla opinión pública respecto a LyFC y ahora todo el mundo está de acuerdo.<br /><br />2.- Ver que el proyecto de nación que me hacía decir con orgullo "soy Mexicano" (nótese: con mayúsculas) está siendo desmantelado sin ninguna verguenza por la clase política en control del gobierno pero apoyado por la base social apendejada<br /><br />3.- Que no hay gente en las calles.<br /><br />Si los mexicanos no salen a las calles a defender la administración nacional de los recursos naturales mexicanos, pues entonces empezaré a escribir México en minúsculas. Y que se queden con el gobierno que se merecen.Unknownnoreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-79516692228027095122009-09-15T13:16:00.009-05:002010-06-01T23:57:31.866-05:00Baños de pureza... y micobacterias<span style="font-style: italic;">Thanks to Kim Ross from Pace's Lab for pointing this paper out.<br /><br /></span><span style="padding: 5px; float: left;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none ;" /></a></span><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America&rft_id=info%3Apmid%2F19805310&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Opportunistic+pathogens+enriched+in+showerhead+biofilms.&rft.issn=0027-8424&rft.date=2009&rft.volume=106&rft.issue=38&rft.spage=16393&rft.epage=9&rft.artnum=&rft.au=Feazel+LM&rft.au=Baumgartner+LK&rft.au=Peterson+KL&rft.au=Frank+DN&rft.au=Harris+JK&rft.au=Pace+NR&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Feazel LM, Baumgartner LK, Peterson KL, Frank DN, Harris JK, & Pace NR (2009). Opportunistic pathogens enriched in showerhead biofilms. <span style="font-style: italic;">Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106</span> (38), 16393-9 PMID: <a rev="review" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19805310">19805310</a></span><br /><br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sq_jRhr4tXI/AAAAAAAAE6c/6ajI2nmaxTk/s1600-h/Mycobacterium_avium-intracellulare.jpg"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 400px; height: 278px;" src="http://4.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sq_jRhr4tXI/AAAAAAAAE6c/6ajI2nmaxTk/s400/Mycobacterium_avium-intracellulare.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5381769969970754930" border="0" /></a>"<a href="http://www.youtube.com/watch?v=TiwuDAtxYRY">Cantando en el baño, me acuerdo mucho de tí...</a>" decía Tintán.<br /><br />Y desde ahora también de <a href="http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Mycobacterium_avium_complex"><span style="font-style: italic;">Mycobacterium avium</span></a> (<a href="http://www.seimc.org/control/revi_Micobac/mac1.htm">link en español</a>), un grupo de bacterias pertenecientes al grupo de las Actinobacteria. Éstos están caracterizados por tener una compleja pared celular repleta de ácidos micólicos conocida como ácido-resistente [totalmente diferente de las Gram(+) y Gram(-)]. Ésta gruesa pero flexible pared disminuye el tráfico de compuestos entre la célula y su entorno, aumentando la capacidad de retención de agua dentro de la célula y evitando la incorporación de compuestos tóxicos, como por ejemplo antibióticos y antibacteriales, lo que hace de éste organismo una bacteria sumamente resistente.<br /><div style="text-align: center;"><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://en.wikipedia.org/wiki/Mycobacterium"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 400px; height: 300px;" src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sq_jQ4RZaKI/AAAAAAAAE6U/waIIiUe6hr8/s400/Mycobacterial_cell_wall_diagram.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5381769958853798050" border="0" /></a><span style="font-weight: bold;font-size:78%;" >Pared celular de las mycobacteria</span><br /><br /></div><span style="font-style: italic;">M. avium </span>es lo que se conoce como un patógeno oportunista, es decir que puede infectar humanitos pero sólo cuando éstos se encuentran inmunodeprimidos (con fibrosis cística, VIH, y según algunos doctores, !con depresión!). Tan excéntrico es éste personaje que disfruta de infectar las células fagocíticas (que se comen agentes externos), dejándose "comer" por el fagocito y sobreviviendo con agrado dentro de las vesículas formadas en el interior del fagocito, a pesar del coctél de enzimas vertidas en la misma vesícula con la intención de deshacer al agente infeccioso.<br /><br /><div style="text-align: center;"><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://www.microbelibrary.org/Laboratory%20Diagnostics/details.asp?id=1404&Lang="><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 400px; height: 261px;" src="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sq_jS8264jI/AAAAAAAAE6k/8Lno9nw4YjA/s400/Mycobacterium+avium+fig1.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5381769994444661298" border="0" /></a><span style="font-weight: bold;font-size:78%;" >Colonias de <span style="font-style: italic;">Mycobacterium avium</span></span><br /><br /></div>El chiste de ésta entrada es que recientemente anda dando <a href="http://news.bbc.co.uk/2/hi/health/8254206.stm">vueltas por toda la media</a> la siguiente noticia: el grupo del <a href="http://pacelab.colorado.edu/"> </a><a href="http://pacelab.colorado.edu/">Dr. Norman Pace</a><a href="http://pacelab.colorado.edu/"> </a>, de la <a href="http://pacelab.colorado.edu/">Universidad de Colorado, Boulde</a>r, USA (quien también fundó la microbiología ambiental), publicó recientemente en PNAS un<a href="http://www.pnas.org/content/early/2009/09/11/0908446106"> artículo en donde reporta un análisis de la diversidad microbiana encontrada en las cabezas de las regaderas</a> de Denver y NewYork, y resulta que el grupo de <span style="font-style: italic;">M. avium </span>y sus parientes es uno de los mejores representados. El problema con <span style="font-style: italic;">M. avium </span>es que generalmente se transmite por aerosoles (es decir, gotitas microscópicas de baba que salen expulsadas al estornudar o toser) que son fácilmente inhalados. Y pues resulta también que la mayoría de las regaderas producen aerosoles al atomizar el agua.<br /><br />¡Pero que no cunda el pánico!: antes de correr y bañarse con tapabocas o lavar con geles "antiinfluenza" el interior de las regaderas... hay una serie de <a href="http://pacelab.colorado.edu/Showerhead%20FAQ.pdf">FAQ's que el laboratorio del Dr. Pace publica en su página</a>, y en resumen dice que no hay que paniquarse, que esto sólo representa un peligro moderado para personas inmunodeprimidas y que simplemente basta con cambiar un par de veces al año la cabecera de la regadera (ojo: las mycobacteriae son generalmente resistentes a los lavados con cloro)... y en caso de que sean súper paranoicos pues tratar de substituír los componentes de plástico por componentes de metal (si claro... unos empaques de hierro son la onda).<br /><img src="file:///C:/DOCUME%7E1/Fenris/CONFIG%7E1/Temp/moz-screenshot-1.jpg" alt="" /><img src="file:///C:/DOCUME%7E1/Fenris/CONFIG%7E1/Temp/moz-screenshot-2.jpg" alt="" /><br />En fin... es bonito saber que no sabemos nada y que no tenemos nada sanitizado a pesar de la necesidad de control de ciertas personas que hablan inglés y dominan al mundo.<br /><br />regadera: <span style="font-style: italic;">dícese de la ducha... para los que no hablan mexica... </span><br /><br />y les dejo un video de la noticia en gringolandia:<br /><a href="http://cbs2chicago.com/video/?id=62649@wbbm.dayport.com">http://cbs2chicago.com/video/?id=62649@wbbm.dayport.com<br /></a>Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-91712882026149883572009-09-09T14:13:00.005-05:002010-05-13T00:35:13.328-05:00Data Sharing... means making your data understandable and usable for othersJust wanted to point this article on data preservation, sharing and organization that (ironically) came out on this week's Nature...<br /><br /><span style="padding: 5px; float: left;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none ;" /></a></span><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Nature&rft_id=info%3Adoi%2F10.1038%2F461160a&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Data+sharing%3A+Empty+archives&rft.issn=0028-0836&rft.date=2009&rft.volume=461&rft.issue=7261&rft.spage=160&rft.epage=163&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fdoifinder%2F10.1038%2F461160a&rft.au=Nelson%2C+B.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Nelson, B. (2009). Data sharing: Empty archives <span style="font-style: italic;">Nature, 461</span> (7261), 160-163 DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.1038/461160a">10.1038/461160a</a></span><br /><br /><br /><br /><br />...and a section on Prepublication data sharing by the "Toronto International Data Release Workshop Authors"...<br /><br /><span style="padding: 5px; float: left;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none ;" /></a></span><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Nature&rft_id=info%3Adoi%2F10.1038%2F461168a&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Prepublication+data+sharing&rft.issn=0028-0836&rft.date=2009&rft.volume=461&rft.issue=7261&rft.spage=168&rft.epage=170&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fdoifinder%2F10.1038%2F461168a&rft.au=Toronto+International+Data+Release+Workshop+Authors&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Toronto International Data Release Workshop Authors (2009). Prepublication data sharing <span style="font-style: italic;">Nature, 461</span> (7261), 168-170 DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.1038/461168a">10.1038/461168a</a></span><br /><br /><br /><br />...and on Postpublication data and tool sharing by a huge group of people leaded by Paul Schofield.<br /><br /><span style="padding: 5px; float: left;"><a href="http://www.researchblogging.org/"><img alt="ResearchBlogging.org" src="http://www.researchblogging.org/public/citation_icons/rb2_large_gray.png" style="border: 0pt none ;" /></a></span><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.jtitle=Nature&rft_id=info%3Adoi%2F10.1038%2F461171a&rfr_id=info%3Asid%2Fresearchblogging.org&rft.atitle=Post-publication+sharing+of+data+and+tools&rft.issn=0028-0836&rft.date=2009&rft.volume=461&rft.issue=7261&rft.spage=171&rft.epage=173&rft.artnum=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fdoifinder%2F10.1038%2F461171a&rft.au=Schofield%2C+P.&rft.au=Bubela%2C+T.&rft.au=Weaver%2C+T.&rft.au=Portilla%2C+L.&rft.au=Brown%2C+S.&rft.au=Hancock%2C+J.&rft.au=Einhorn%2C+D.&rft.au=Tocchini-Valentini%2C+G.&rft.au=Hrabe+de+Angelis%2C+M.&rft.au=Rosenthal%2C+N.&rfe_dat=bpr3.included=1;bpr3.tags=Biology%2CBioinformatics%2C+Microbiology%2C+Molecular+Biology%2C+Ecology%2C+Evolutionary+Biology%2C+Systems+Biology">Schofield, P., Bubela, T., Weaver, T., Portilla, L., Brown, S., Hancock, J., Einhorn, D., Tocchini-Valentini, G., Hrabe de Angelis, M., & Rosenthal, N. (2009). Post-publication sharing of data and tools <span style="font-style: italic;">Nature, 461</span> (7261), 171-173 DOI: <a rev="review" href="http://dx.doi.org/10.1038/461171a">10.1038/461171a</a></span>Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-88856672645158540872009-07-04T14:14:00.002-05:002009-07-06T10:51:53.164-05:00Sala de Emergencias Homeopática<object width="560" height="340"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/HMGIbOGu8q0&hl=es&fs=1&"></param><param name="allowFullScreen" value="true"></param><param name="allowscriptaccess" value="always"></param><embed src="http://www.youtube.com/v/HMGIbOGu8q0&hl=es&fs=1&" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="340" height="230"></embed></object>Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-29003101341808808312009-05-17T21:50:00.002-05:002009-05-17T21:54:29.157-05:00Muere Mario BenedettiYo no esperaba superar las 100 entradas del blog. Y cuando ví que me acercaba, pensé en un post revelador o provocativo para celebrarlo. Pero ni modo, no me queda sino un post conmemorativo al escritor uruguayo de 88 años. El que vive por las tripas, por las tripas ha de morir...<br /><br /><span style="font-style:italic;"><span style="font-weight:bold;">NO TE SALVES</span><br /><br />No te quedes inmóvil<br />al borde del camino<br />no congeles el júbilo<br />no quieras con desgana<br />no te salves ahora<br />ni nunca<br /> no te salves<br />no te llenes de calma<br /><br />no reserves del mundo<br />sólo un rincón tranquilo<br />no dejes caer los párpados<br />pesados como juicios<br /><br />no te quedes sin labios<br />no te duermas sin sueño<br />no te pienses sin sangre<br />no te juzgues sin tiempo<br /><br />pero si<br /> pese a todo<br />no puedes evitarlo<br />y congelas el júbilo<br />y quieres con desgana<br /><br />y te salvas ahora<br />y te llenas de calma<br />y reservas del mundo<br />sólo un rincón tranquilo<br />y dejas caer los párpados<br />pesados como juicios<br />y te secas sin labios<br />y te duermes sin sueño<br />y te piensas sin sangre<br />y te juzgas sin tiempo<br />y te quedas inmóvil<br />al borde del camino<br />y te salvas<br /> entonces<br />no te quedes conmigo</span>Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-91809087499266364952009-05-12T22:38:00.002-05:002009-05-12T23:04:28.892-05:00Más sobre la Influenza...Un par de datos más sobre la influenza:<br /><br />Un reporte de un ensamble de investigadores de la UNAM haciendo difusión sobre algunos datos duros del virus de la influenza (chequen el reporte en PDF):<br /><br /><a href="http://literaturainfluenza.blogspot.com/">http://literaturainfluenza.blogspot.com/</a><br /><br />Un reporte que acaba de salir en la revista Science con investigadores del InDRE:<br /><br /><a href="http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1176062">http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1176062</a><br /><br />(éste no lo van a poder ver a menos que tengan una subscripción a Science, ya ven... las desventajas de no publicar en OpenAccess)<br /><br />Un par de cosas me desconciertan todavía: <br /><br />1) El artículo de Science es el primer publicado a la fecha (y en una velocidad impresionante). Lleva 27 autores (lo que es mucho para un artículo) y es preeliminar. Ni el primer autor ni el último (el "senior") es mexicano. Los mexicanos son del INdRE y de la SSA. ¿No deberían de estar éstos datos a disposición del público mexicano que es, hasta ahorita, el principal afectado y cuyos impuestos pagan dichas investigaciones?<br /><br />2) ¿¿¿¿¿DÓNDE ESTÁN LAS SECUENCIAS MEXICANAS?????? (que por cierto también pagamos con impuestos)Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-9032172576396763442009-05-05T21:48:00.003-05:002009-05-09T12:55:08.020-05:00Un Cuento de dos Cerdos<meta equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 10"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 10"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CFenris%5CCONFIG%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><!--[if gte mso 9]><xml> <w:worddocument> <w:view>Normal</w:View> <w:zoom>0</w:Zoom> <w:hyphenationzone>21</w:HyphenationZone> <w:compatibility> <w:breakwrappedtables/> <w:snaptogridincell/> <w:wraptextwithpunct/> <w:useasianbreakrules/> </w:Compatibility> <w:browserlevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel> </w:WordDocument> </xml><![endif]--><style> <!-- /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";} @page Section1 {size:595.3pt 841.9pt; margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt; mso-header-margin:35.4pt; mso-footer-margin:35.4pt; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> </style><!--[if gte mso 10]> <style> /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Tabla normal"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin:0cm; mso-para-margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman";} </style> <![endif]--> <p class="MsoNormal"><o:p></o:p><span style="font-style: italic;">Esperando terminar con las entradas sobre la influenza, les presento aquí la traducción al español de la entrada <span style="font-weight: bold;"><a href="http://genome.fieldofscience.com/2009/04/swine-flu-update.html">A Tale of Two Pigs</a> </span>en el blog de<span style="font-weight: bold;"> <a href="http://www.cbcb.umd.edu/%7Esalzberg/">Steven Salzberg</a></span> (no es plagio, es una traducción con autorización del autor), que me parece pertinente primero porque el sí es uno de los bioinformáticos involucrados en el análisis de los genomas de influenza secuenciados con anterioirdad y por sus notas sobre liberación pública de datos. Aunque aquí no lo menciona, otro de los puntos por los cuales TODAS las secuencias mexicanas deberían ser liberadas es porque su secuenciación y análisis se paga con los impuestos del pueblo mexicano y por lo tanto debería de estar disponible al mismo pueblo. Enjoy. </span>
<br /></p><p class="MsoNormal">
<br /></p><p class="MsoNormal">Normalmente no mezclo mi trabajo con éste blog, pero con la influenza haré una excepción. Como todo el mundo sabe (si están despiertos y conscientes), hay un brote enorme de influenza porcina que comenzó hace algunas semanas en México y que se ha dispersado a EU, Europa, Nueva Zelanda y otros sitios. Pueden leer sobre ello en las noticias, así que me enfocaré en un par de cosas que podrían no encontrar en otros sitios.</p> <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p> <p class="MsoNormal">Primero, se ha reportado que la influenza porcina es una mezcla de virus de influenza humanos, aviares y porcinos. Aunque la fuente de estos reportes es el CDC, ésta no es una imagen adecuada. Hoy leí en The Washington Post que ésta epidemia comenzó cuando un sólo puerco fue infectado simultáneamente por virus de cerdos, de aves y de humanos. Ésta es una inferencia razonable para los reportes de los medios de comunación, pero no es precisa. </p> <p class="MsoNormal">
<br />De hecho, y de acuerdo a lo descubierto por un buen número de investigadores, la nueva influenza porcina es una mezcla de dos variantes diferentes de virus de influenza porcina. Es definitivamente una nueva variante, pero es claramente una mezcla de dos variantes porcinas que ya habían estado circulando. Ésto suena menos exótico que la teoría del "cerdo-humano-ave". La verdadera razón detrás de la historia de la "triple recombinante" es un poco más compleja, pero simplificando un poco: la historia de una de las dos variantes parentales de influenza porcina indica que parte de ésta variante se originó en las aves have poco más de una década. Ésa variante es llamada a veces "similar a la aviar", pero no es una variante aviar hoy día. En segundo lugar, la historia de la otra variante incluye un pequeño segmento (un gen) que parece haberse originado en los humanos - hace más de 15 años. Otra vez, hoy la variante es de influenza porcina, pero una parte de ella parece venir de los humanos. El evento que creó hoy la influenza porcina - la que nos está preocupando hoy - es una combinación (un "rearreglo" o "recombinación") entre dos variantes porcinas simples.
<br /></p><p class="MsoNormal">El otro punto que quiero abordar es sobre compartir datos. Las secuencias de los aislados de USA han sido depositadas inmediatamente en GenBank - la base de datos pública de DNA -, y ésto permite que gente como yo comienze los análisis inmediatamente y sin mayor retraso. Muchos de nosotros hemos discutido durante años lo importante que es liberar los datos a la comunidad rápidamente para acelerar la velocidad de descibrimientos científicos. Sin embargo, los aislados de México NO han sido liberados en GenBank, incluso cuando éstas secuencias pasaron primero por el CDC. En lugar de ello, fueron enviadas a una base de datos conocida como GISAID, que fue originalmente construída para facilitar la compartición de datos sobre la influenza aviar. Desgraciadamente, GISAID cambió su política sobre liberación de datos hace seis meses, y no hay garantía de que las secuencias depositadas ahí lleguen a ser públicas algún día.
<br /></p><p class="MsoNormal">
<br /></p><p class="MsoNormal">El CDC ha depositado las secuencias de influenza en GISAID como si ésto fuera equivalente a hacerlas públicas. Pero no lo es y no se debe pretender que lo sea. El CDC no siempre ha apoyado la liberación de los datos de influenza al público - de hecho, durante años depositaron sus secuencias en bases de datos privadas. Recientemente han hecho declaraciones públicas sobre su compromiso con la liberación al público de las secuencias de influenza, pero parece que no están siguiendo el mismo camino con todas las secuencias del brote de influenza porcina. (No me malinterpreten: el CDC está haciendo un trabajo fantástico al tratar de entender éste brote, y su trabajo es increíblemente importante para la salud pública, especialmente en lo que concierne a la influenza. Simplemente me gustaría que fueran más abiertos con sus datos).
<br /></p><p class="MsoNormal">
<br /></p><p class="MsoNormal">Una última nota técnica. Ya he visto las secuencias Mexicanas (tengo una cuenta en GISAID) y las secuencias de California, y son virtualmente idénticas. Así que parecería que cualquier diferencia en virulencia son debidas a las diferencias entre las personas que fueron infectadas, no por los virus. Al menos es lo que parece hasta ahora - aunque la situación cambia rápidamente.
<br /></p> Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-71685100078788419622009-05-05T16:51:00.002-05:002009-05-05T17:30:30.132-05:00Diversidad nucelotídica del virus de Influenza A H1N1 / Nucleotide Diversity of Influenza A H1N1<span style="font-style: italic;">Nucleotide diversity comparison between the dataset of "swine" influenza A/H1N1 2009 and the 90's NewYork A/H3N2 human influenza outbreak. First column is the set with the uncut, complete sequences. Second column is the set with only the region shared by all sequences. The 2009 sequences are much less diverse, and no sites under selection are found. Data available below. </span><br /><br />Insisto de nuevo que no soy virólogo. Soy biólogo y me dedico a la evolución y ecología molecular de comunidades bacterianas. Pero eso no quita que podamos analizar las secuencias disponibles en caso de una emergencia sanitaria. Así pues, y mientras califico los ~40 exámenes de los alumnos de Evolución Molecular, me puse a sacar los parámetros clásicos de diversidad para los tres segmentos de la influenza A H1N1 (HA, NA y MP) más abundantes en el GenBank hasta hoy. Se los dejo en la tabla de aquí. Las dos primeras columnas corresponden al juego de datos completo pero sin secuencias fragmentadas (long) y al juego de datos recortado para las regiones compartidas por todas las secuencias.<br /><br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/SgC1CaY-ifI/AAAAAAAAEow/luW-tBHb1F4/s1600-h/GenPop.jpg"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 349px; height: 400px;" src="http://2.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/SgC1CaY-ifI/AAAAAAAAEow/luW-tBHb1F4/s400/GenPop.jpg" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5332461011855116786" border="0" /></a>En la última columna los comparo con un juego de secuencias disponibles tras la epidemia de influenza en Nueva York en los 90's. El virus es otra variante (A/H3N2), pero es el único reciente que infecta a humanos y que hay muchas secuencias disponibles (o no se buscar secuencias de virus, que también es posible). Lo que dice la tabla es que las secuencias de A/H1N1 con las que contamos son menos diversas (Pi y Theta) que las secuencias de NuevaYork, aunque eso puede deberse a que 1) la muestra sigue siendo muy pequeña o 2) las secuencias de NewYork comprenden toda la temporada (uno o dos años), y las de A/H1N1 sólo las últimas 3 semanas. Por otra parte, la D de Tajima no es significativa en ninguno de los casos, lo que sugiere que se explica por un modelo neutral. El análisis por ventanas no revela sitios bajo selección. Si tengo tiempo, ampliaré ésta discusión y la existencia de las cuasiespecies virales. Las alineaciones disponibles aquí:<br /><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/050409.zip">SecuenciasFASTA/FASTAsequences.zip</a>Unknownnoreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-62636925616541000792009-05-05T15:50:00.006-05:002009-05-05T16:51:42.645-05:00Influenza A H1N1 y acceso a la información / Influenza A H1N1 and data sharing<span style="font-style: italic;">Thanks Dr. Jiming Chen from </span><a style="font-style: italic;" href="http://aqi.epizoo.org/english/naqi_outline.htm">China Animal Health and Epidemiology Center</a><span style="font-style: italic;"> at Qingdao for sharing sequence alignments and trees from his recent paper on <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022">Influenza A Phylogeny and Diversity</a>, with the novel California A/H1N1 sequences included. Please cite his paper (and <a href="http://www.plosone.org/user/secure/secureRedirect.action?goTo=%2Farticle%2Finfo%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022">rate it at PLoS ONE</a>) and acknowledge him if these data is useful to you. </span><br /><br />El Dr. Jiming Chen, investigador de influenza animal en el <a href="http://aqi.epizoo.org/english/naqi_outline.htm">China Animal Health and Epidemiology Center</a> en <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Qingdao">Quindao (青岛)</a>, es el autor del artículo sobre el P<a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022">anorama de la Influenza A de acuerdo a la filogenia se cada uno de sus segmentos</a>, publicado en <a href="http://www.plosone.org/home.action;jsessionid=090D6B3E2CCC559B0ED52C1C3B3D3163">PLoS ONE</a> y que referí en una <a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2009/04/la-naturaleza-y-posibles-origenes-de-la.html">entrada anterior</a>. Hace un par de días le pedí sus datos (secuencias, alineaciones y árboles) para compararlo con nuestro mexicanísimo A/H1N1. El Dr. Chen aceptó con gusto, con la condición de que e<a href="http://www.plosone.org/user/secure/secureRedirect.action?goTo=%2Farticle%2Finfo%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022">valuáramos su artículo en PLoS ONE</a> (así que si pueden <a href="http://www.plosone.org/user/secure/secureRedirect.action?goTo=%2Farticle%2Finfo%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022">vayan y evalúenlo</a> por favor) y que los datos fueran colocados en una página donde otros investigadores pudieran tener libre acceso a ellos (pueden revisar la opinión de <a href="http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2674578">Steven Salzberg sobre el caso de los genomas de influenza aquí</a>). Así pues, aquí están los datos para quien los necesite, por favor noten que el Dr. Chen ya incluyó las secuencias de California y circulen las ligas a quien creen que pudiera dar buen uso de éstos datos. Como siempre, debe reconocerse al Dr. Chen como autor de los datos y <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022">citar su artículo</a>.<br /><br />Secuencias en formato FASTA:<br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/H1jc.fas">hemaglutinina (HA)</a>, <a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/N1jc.fas">neuraminidasa (NA)</a><br />Set de datos en formato MEGA:<br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/H1jc.meg">hemaglutinina (HA)</a>, <a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/N1jc.meg">neuraminidasa (NA)</a><br />Arbolitos Filogenéticos en formato MEGA (.mts):<br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/H1jc.mts">hemaglutinina (HA)</a>, <a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/N1jc.mts">neuraminidasa (NA)</a><br /><br />Ahora pues la pregunta sigue.... ¿dónde demonios están las secuencias con acceso libre de las variantes secuenciadas en México que infectaron además a los pacientes mexicanos? ¿A qué demonios juega la Secretaría de Salud? Primero considera que los investigadores mexicanos no pueden hacer los análisis de caracterización de las cepas y las manda fuera de México, ¡y ahora evita que los investigadores mexicanos puedan trabajar con ellas! El gremio de biólogos que estamos en el área de genómica aprendimos hace mucho que el conocimiento avanza mucho más rápido, y por lo tanto nos beneficiamos todos más, si las secuencias de los genomas están liberadas con acceso irrestricto para que grupos de trabajo con habilidades e intereses diversos aborden problemáticas diferentes pero complementarias con el mismo juego de datos. ¿Porqué la Secretaría de Salud no ha puesto a disposición del público las secuencias?Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-40131369539299912952009-05-02T14:55:00.004-05:002009-05-02T17:15:29.847-05:00Sobre la conspiración de la Influenza: Calderón, Sarkozy, Obama, la OMS y las Granjas en VeracruzEn las primeras entradas que escribí sobre la influenza intenté ser objetivo (releer con énfasis: <span style="font-weight: bold;">intenté</span>), dándole preferencia a la información que era necesario transmitir. Dado la cantidad de correos, mensajes y comentarios que circulan en la red, me pareció pertinente escribir otra pero de opinión personal. Recalco ésto porque parece que en todo el mundo (y princialmente en México) se ha perdido la capacidad de juicio sobre la información y todo juicio de valor se asume cierto. En otro momento discutiré cómo esto es un efecto cómo el pancapitalismo engulle la libertad de expresión, evidenciado por la pseudociencia (y remito al <a href="http://lab-journal.blogspot.com/">blog antipseudocientífico de LabJournal</a>). Pero a la gente se le olvidó preguntar "¿quién dijo? ¿cuándo dijo? ¿en qué contexto?" y se queda exclusivamente con el "ya dijeron". Me da remordimiento que la frase que elegí para la primera página de mi tesis de licenciatura fuese "Nothing is true, everything is permitted" de Hassan en Sabbah/Burroughs.<br /><br />Así pues, se postula la existencia de una conspiración transpanacional entre Calderón (o el secretario de Salud), la OMS (o su presidenta Chan), Obama, Sarkozy y Sanofi-Aventis y/o Novartis, en donde utilizarán la pandemia (creada en un laboratorio o regalo de una transespacial de OVNIS neoliberales) como terapia de shock para reactivar la economía [<a href="http://www.pijamasurf.com/2009/05/1211/">una recopilación de teorías de la conspiración en éste blog</a>]. así que:<br /><br /><span style="font-weight: bold;">1) Fabricar una variante de influenza A H1N1 no es como hacer chilaquiles.</span> Tampoco es que sea tan tan difícil, pero elegir justo las variantes donadoras de DNA, probarlas y predecir su efectividad (es decir, predecir que será capaz de transmitirse rápida y efectivamente y no mutará hacia hacerse menos efectiva o desaparecerá), es un trabajo de tal magnitud, que requeriría un trabajo interdisciplinario tan grande y comunicación entre tanta gente y tanto dinero, que es ridículo pensarlo.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">2) La "naturaleza" solita puede "crear" variantes como la A/H1N1 sin necesidad del hombre. </span>Yo se que ésto es lo más difícil de entender en la sociedad posmoderna que, aunque sin alma, se mantiene montada en el antropocentrismo absoluto y su único dogma de fe es el <span style="font-style: italic;">establishment</span>. <span style="font-style: italic; color: rgb(102, 255, 255);">Eppur si muove</span>. La variante ancestral porcina de nuestra A/H1N1-2009 ya <a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2009/05/de-donde-viene-la-nueva-variante-de.html">había sorprendido a los virólogos del mundo</a> (y nadie creía que la habían hecho los de la CIA). Lo que es más, la "naturaleza" (entre comillas porque la invoco a manera de metáfora y no a manera de principio creador unviersal) es capaz de crear humanos, cosa que el hombre no ha podido (bueno, no desde el inicio).<br /><br /><span style="font-weight: bold;">3) Reto a todo imbécil que diga que el virus no existe a que le de una chupada al respirador de un enfermo entubado hospitalizado en el INER</span>. Era de esperarse. Si ya algún estúpido con credenciales de reportero (que le otorga superpoderes de facto en nuesta idiotizada sociedad) se le había ocurrido decir que el VIH no existe rompiendo expectativas de rating, ¿por qué no reproducir la fórmula? A todos los que dicen que no hay entrevistas con enfermos (ni con los muertos, !válgame!), los invito a que con un notario y un doctor (de a de veras, no de la Anáhuac o algo así) entren al pabellón, laman el respirador de un enfermo y se queden en observación una semana. Todo filmado y subido a YouTube para que su descalificación tenga algún peso. El problema del siglo XXI ya no es la falta de información como en los 60's/70's... es la desinformación y la malinformación transmitida por todo gracioso que quiere tener más visitas en su página o que le suba el rating en Yahoo! Questions.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">4) Una posible pandemia de una variante del virus de la influenza A ya había sido predicha</span> desde hace tiempo tanto en las esferas científicas como en la OMS. De hecho, tras el brote de influenza aviar de 2004 la OMS formó un <a href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/mission/en/">Programa Global de Influenza</a> (checar el <a href="http://www.who.int/csr/resources/publications/influenza/GIP_2005_5Eweb.pdf">plan de emergencia aquí</a>, y por favor noten que la fecha es de 2005). Ésto se debe a que los virólogos y epidemiólogos de a de veras (que hacen ciencia sin verdades absolutas a diferencia de los pseudocientíficos) ya habían notado que los virus de la familia A de influenza tenia las siguientes características: (1) son prevalentes en la población a lo largo del año, (2) infectan humanos con regularidad, con algunos casos mortales, (3) tienen parientes que infectan animales domésticos de manera regular, (4) cambian sorprendentemente rápido y no hemos podido combatirlos eficazmente, (5) existen variantes mortíferas en humanos y en animales, (6) se dispersan rápida y fácilmente, (7) han causado pandemias con anterioridad, (8) intercambian material genético que puede darles la capacidad de infectar nuevas especies o ser más letales... todo ésto se notó desde hace más de diez años.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">5) </span><a style="font-weight: bold;" href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/mission/en/">El Plan de Preparación contra la Influenza </a><span style="font-weight: bold;">contempla la institución de plantas de producción de vacunas</span> en países potencialmente vulnerables (como México, que antes de 2004 ni siquiera podíamos identificar brotes de influenza), y ésto incluye el acuerdo Sanofi-Aventis con Birmex.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">6) La pérdida económica por una pandemia de influenza </span>es estimada por el mismo Centro de Nacional de Prevención Epidemiológica de la Secretaría de Salud del Gobierno de México es estimada en 2008 en 9 mil millones de pesos en costos directos y 151 mil millones de pesos en costos indirectos en un <a href="http://www.cenavece.salud.gob.mx/emergencias/descargas/presentaciones/pandemia_de_influenza_riesgo_actual.pdf">informe </a>que realizaron en el 2008. Si a esto le sumamos los costos por días no laborados y las pérdidas gigantescas por turismo e industrias restauranteras (y muchas otras más), pues no parece una reactivación económica muy efectiva.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">7) Las ventas de ROCHE por el antiviral Tamiflu cayeron estrepitosamente en el 2008 </span>porque las variantes prevalentes durante el invierno (es decir, la influenza humana estacional común A/H3N2, no la nueva variante humana-de-origen-porcino-y-aviar H1N1) presentaron resistencia al antiviral.<br /><br />todo esto no quiere decir que yo no piense (opine, crea o como quieran, pero nunca nada relacionado con SABER porque no tengo ni información ni análisis de datos) lo siguiente:<br /><br /><span style="font-weight: bold;">A) Las farmacéuticas transnacionales son uno de los grupos de poder más temibles</span> en el mundo globalizado del siglo XXI, capaces de hacer cosas terribles e inhumanas como retener medicamentos eficaces contra enfermedades mortales o degenerativas hasta que exista un mejor clima en el mercado. De acuerdo con <a href="http://www.who.int/csr/resources/publications/influenza/CDS_EPR_GIP_2006_1.pdf">el informe de la OMS</a>, la demanda de vacunas crecerá a 560 millones de dosis anuales en países que ya cuentan con planes de vacunación estacional (como México) sin considerar países pobres y <span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">sin </span></span>escenarios de pandemia. El costo por dosis más bajo es de $3 USDLL. Eso quiere decir que las ganancias estimadas en el mercado de vacunas contra la influenza es de al menos 1680 millones de dólares anuales. <span style="font-weight: bold; font-style: italic;">Sin </span>pandemia. Como siempre, el costo de entre 3 y 10 mil millones de dólares que se necesitan para echar andar ésta protección será cubierto por los gobiernos de los países (que luego tendrán que comprar la vacuna).<br /><br /><span style="font-weight: bold;">B) El caso de Sanofi-Aventis / Sanofi-Pasteur y Birmex / Gobierno Mexicano</span>. Según el estimado del mercado señalado en el punto anterior, resulta pues curioso que la inversión en México de la que se siente tan benevolente Sanofi-Aventis (127 millones de dólares) resulta ser un orden de magnitud menor que el estimado de recuperación. Yo únicamente señalo que éste es un negocio, nadie nos está salvando la vida ni se está postulando para el premio Nóbel de la paz por sus acciones filantrópicas. Y también señalo que el facilitador del negocio es el gobierno panista mexicano. Lo que es más, la farmacéutica, en su necesidad de disfrazar sus acciones de filantropía y ayuda, <a href="http://www.elsemanario.com.mx/news/news_display.php?story_id=19239">donó 236000 dosis de vacunas contra la influenza estaciona</a>l (es decir la que ya se demostró que fue poco efectiva durante el 2008 y la cual parece ser absolutamente inútil contra nuestra variante porcina-aviar-humana H1N1).<br /><br /><span style="font-weight: bold;">C) Sobre la política del gobierno mexicano ante el sector salud.</span> Me sorprende la lenta reacción del gobierno mexicano ante la inminente pandemia. Mejor pidieron los españoles los antivirales a la OMS antes que México. Parte de la lentitud es construir una postura oficial al respecto, pues aún cuando la O<a href="http://www.elmanana.com.mx/notas.asp?id=118762">MS había sugerido desde 1999 </a>la construcción de una fábrica de vacunas, apenas comenzó a construirla con el acuerdo jugoso referido en el punto anterior. Pero más aún es que viene en un momento en el que México debería aceptar la invitación a unirse al bloque de países en desarrollo que están demandando la liberación de las patentes sobre medicamentos y vacunas de importancia global, como lo son algunos<a href="http://ipsnoticias.net/nota.asp?idnews=39992"> medicamentos contra el cáncer en India</a> y los <a href="http://news.bbc.co.uk/2/hi/health/4059147.stm">antivirales contra el VIH en Brazil</a>. Claro que un gobierno empresarial como la burla de gobierno que tenemos no ve con buenos ojos liberar patentes aunque ésto se traduzca inmediatamente en el bienestar de grandes sectores de la población.<br /><br />Lo que es más, los gobiernos tecnócratas mexicanos se han dedicado a desmantelar las instituciones sociales del país, y los gobiernos panistas le han agarrado una tirria particular al sistema de salud y seguridad social, pues aunque aún es efectiva (a pesar de la quiebra económica en la que la han metido, reproduciendo el esquema aplicado al sector agrario) no es el jugoso negocio que podría ser si la comparamos con el inútil e ineficaz pero económicamente productivo sistema de seguridad social norteamericano. Entre las bajas se encuentra el Instituto Nacional de Higiene, que producía vacunas de gran calidad antes de su desmantelamiento (no lo digo yo, <a href="http://www.elmanana.com.mx/notas.asp?id=118762">lo dice el Dr. Alagón</a>) y transformación en la paraestatal BIRMEX que produce <a href="http://201.116.35.20/index.php?option=com_content&task=view&id=67">tan solo 2 de las 12 vacunas incluídas en el esquema básico de vacunación</a>, pero que se enorgullece de <a href="http://201.116.35.20/index.php?option=com_content&task=view&id=67">comercializar otros 14</a> y de tener como "<a href="http://201.116.35.20/index.php?option=com_content&view=article&catid=39%3AComercializacion&id=63%3Aclientes&Itemid=81">clientes" a las instituciones gubernamentales </a>IMSS, ISSSTE, y SEDENA entre otros.<br /><br />Finalmente, escapa a mi comprensión porqué gobiernos como el del <a href="http://portal.saude.gov.br/portal/arquivos/pdf/plano_flu_english.pdf">Brasil tienen desde 2003 un plan de monitoreo y prevención</a> de brotes epidémicos de influenza, previniendo la necesidad de independizarse de las farmacéuticas transnacionales en caso de epidemias severas de influenza.Unknownnoreply@blogger.com9tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-87499022663435462322009-05-02T13:36:00.006-05:002009-05-02T14:54:50.467-05:00¿De dónde viene la nueva variante de influenza A H1N1?Como suele suceder en situaciones de pánico, todos los ociosos en cuarentena con necesidad de protagonismo se han dedicado a apuntar el dedo acusador a quien se les antoje hoy. Ésto se alimenta de la extraña mezcla que surge entre una población mundial asustada y malinformada y gobiernos incompetentes preocupados por los ratings de aceptación más que en la seguridad de la población y los medios que aprovechan la búsqueda de información para aumentar su propio rating (éste blog tuvo 2000 visitantes el viernes, casi 500 veces más que sus visitas habituales). Así que:<br /><br />La nueva variante parece ser producto de una mezcla triple de tres variantes de influenza porcina (que a su vez vienen de otras variantes de origen porcino, aviar y humano) que circulan desde hace tiempo en el mundo. Los primeros casos se reportaron en México y por lo tanto todos piensan que la nueva variante A/H1N1 surgió aquí. Éste tipo de pensamientos ha generado diferentes tipos de aversión en contra de los paisanos mexicanos, que van desde el gobierno <a href="http://www.clarin.com/diario/2009/04/30/um/m-01909106.htm">Francés solicitando a la Unión Europea cancelar los vuelos provenientes de México</a> hasta <a href="http://www.eluniversal.com.mx/notas/595340.html">arrestos domiciliarios de los huéspedes del Hotel Metropark que estuvieron en contacto con mexicanos en China</a><a href="http://www.eluniversal.com.mx/notas/595340.html"> </a>por temor a la difusión de la influenza, pasando por <a href="http://negociosempresa.com/swine-flu-blame-the-mexican-immigrants-paranoia-pandemic.html">acusaciones al pueblo mexicano y sus migrantes</a>.<br /><br />Pero dada la capacidad de transmisión del virus, ninguna medida de cierre de fronteras tendrá nungún sentido, que es exactamente lo que indica una fase 5 de alerta pandémica de la OMS: pandemia inminente. Es decir, tanto la <a href="http://www.time.com/time/health/article/0,8599,1894786,00.html">OMS, el CDC y epidemiólogos de la academia</a> reconocen que las medidas de cierre de fronteras no pueden contener un virus como al que nos enfrentamos.<br /><br />Nada quiere decir que los primeros casos se registrasen en México, sino simplemente que aquí nos pegó fuerte primero. <a href="http://noticias.aol.com/articulos/_a/influenza-humana/20090424075609990001">Según médicos del CDC</a>, el virus puede tener más de un mes circulando en la ciudad, por lo tanto los casos estudiados no resultan ser tampoco los primeros casos de infección. Lo que es más, si buscamos la historia evolutiva de los segmentos de la nueva variante A/H1N1, encontraremos que sus parientes más cercanos están en la <a href="http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T32-4C7DGH7-3&_user=10&_coverDate=07%2F31%2F2004&_rdoc=15&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info%28%23toc%234934%232004%23998969998%23503334%23FLA%23display%23Volume%29&_cdi=4934&_sort=d&_docanchor=&_ct=35&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=35bdcca859af06a1ced9b8c9ccf36e17">epidemia de influenza porcina</a> (es decir que puercos de a de veras, no de humanos) de 1998 en USA, y que de hecho algunos virólogos ya han rastreado a<span style="text-decoration: underline;"> </span><a href="http://www.wired.com/wiredscience/2009/05/swineflufarm/">los ancestros del recombinante en algunas granjas de cerdos en USA</a>. El orígen norteamericano de la variante parece ser apoyado por los análisis preeliminares de las secuencias <a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/wiki/d58a8/Phylogeography.html">que favorecen un origen en los aislados de California sobre los Mexicanos</a>. Otras partes del virus pueden identificarse en los virus eurasiáticos de la influenza aviar y otros más en la variante estacional humana H1N1 (es decir, una influenza común prevalente en todo el mundo). [<a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/">revisen las relacione evolutivas del virus en ésta liga</a>]. Lo más probable es que no logremos identificar nunca con precisión el origen de ésta variante, pues casi todas las filogenias hasta ahora muestran a ésta variante como una rama sola, lo que quiere decir o que es totalmente nueva en la naturaleza o que nos falta muestrear más variantes porcinas y humanas relacionadas, y por lo tanto que se parezca lejanamente a una variante de Ohio o California sólo indicará un parecido distante. Es más, en México no se realizan búsquedas sistemáticas de influenza porcina y por lo tanto no sabremos qué tan relacionado estaba nuesta variante con la porcina mexicana.<br /><br />¿Y qué con eso? ¿eso nos permite decidir a quién vamos a señalar con el índice acusador como culpable de la aparición de una nueva variante viral? ¿podemos culpar a los norteamericanos? ¿o a su gobierno? ¿o a los republicanos? ¿a Sarkozy y a Obama que vinieron "sospechosamente" antes del brote? o mejor aún... ¿a los cerdos? Sin la intención de defender al inepto secretario de salud, ¿podemos culpar al gobierno panista? ¿o al "presidente legítimo" que anda repartiendo virus en Cananea? ¿o de una vez Salinas?<br /><br />Espero que por la ironía se entienda que buscar un culpable me parece ridículo. Es una respuesta natural (y absolutamente irracional) al miedo. A que de repente nos damos cuenta de que nuestro cuidadísimo esquema neoliberal es incapaz de mantener nuestro comodísimo <span style="font-style: italic;">status quo</span>. Por favor, dejemos de buscar culpables y detengamos el abuso que se avecina en contra de nuestros connacionales en el extranjero.<br /><br /><span style="font-weight: bold; color: rgb(255, 255, 0); font-style: italic;">update: </span>checar ésta <a href="http://blogs.sciencemag.org/scienceinsider/2009/04/exclusive-cdc-h.html">entrevista a Ruben Donis del CDC</a>.Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-22411061140962012692009-05-02T10:37:00.002-05:002010-06-01T23:57:31.866-05:00Filogenética de Influenza / Influenza PhylogeneticsSome links to the trees and data on the new H1N1 variant I worked on while we're on quarantine in Mexico City, on behalf on data sharing and open access. There's a<a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza"> much better site with analysis of real virologist here</a>. Follow the links below.<br /><br />La cuarentena citadina nos ha quitado las opciones del ocio (cines, teatros, museos, cafés y restaurantes) y la paranoia masiva nos quita opciones para socializar. Así que, aunque no soy virólogo y teniendo sólo el internet para conectarme con el mundo, me dediqué a jugar con las secuencias liberadas del virus de la influenza. Hice las filogenias de 3 segmentos antes de que ldalcaraz me indicara que un grupo de virólogos inglés hizo lo mismo que yo pero bien y sabiendo cómo se hace. Así que les dejo el link de los virólogos ingleses (<a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/">http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/</a>) y los links a mis datos analizados. En mi filogenia incluí los segmentos de la variantes utilizadas para las vacunas del 2007 y 2008 y en donde pude las variantes de la gripe española de 1918 y la aviar del 2004. La nueva variante es pues nueva y diferente. Dado que la variante de la vacuna del 2007 no es efectiva contra la del 2008 y que la distancia entre éstas es mucho menor que la distancia entre éstas y la nueva variante 2009, es muy poco probable que la vacuna sirva de nada (lástima con la<a href="http://www.elsemanario.com.mx/news/news_display.php?story_id=19239"> donación de vacunas de sanofi</a>). Los tres segmentos analizados tienen orígenes distintos: HA viene de la influenza porcina clásica H1N2; NA viene de la influenza porcina de norteamérica pero éste virus a su vez viene de la influenza aviar eurasiática; y finalmente PB1 viene de influenzas porcinas (H3N2/H1N2) que a su vez eran originalmente de humano (H3N2) [Todos los árboles están en los links de abajo]. O sea que también les pasamos nosotros nuestros virus a los pobres puercos. En fin, creo que es de suma importancia darle seguimiento a todo ésto y para ello la liberación de secuencias, análisis e información es vital.<br /><br /><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/">Sitio de Filogenias de Andrew Rambaut sobre la nueva variante H1N1<br />Andrew Rambaut's Human/Swine/H1N1 influenza A Phylogenetics site</a><br /><br /><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html">Sitio del NCBI con todas las secuencias liberadas de la nueva variante<br />NCBI's flu site with all H1N1 public sequences </a><br /><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/HA.fas">Alineación de HA en FASTA / HA alignment in FASTA</a><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/NA.fas">Alineación de NA en FASTA / NA alignment in FASTA</a><br /> <a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/PB1.fas">Alineación de PB1 en FASTA / PB1 alignment in FASTA<br /></a> <br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/HA.pdf">Árbol de HA en PDF / PDF of HA phylogenetic tree</a><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/NA.pdf">Árbol de NA en PDF / PDF of NA phylogenetic tree</a><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/PB1.pdf">Árbol de PB1 en PDF / PDF of PB1 phylogenetic tree</a><br /><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/HA010409nuc.mts">Árbol de HA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) HA tree</a><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/NA010409nuc.mts">Árbol de NA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) NA tree</a><br /><a href="http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/evolucionmolecular/images/file/ClaseEvolmolec/German/flu/PB1010409.mts">Árbol de PB1 editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) PB1 tree</a>Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-90432280147700352892009-04-29T15:35:00.003-05:002009-04-29T15:43:52.585-05:00Influenza: Información de la OMSTanto se discute de a quién se le debe hacer caso...<br /><br />Aquí están los links a las declaraciones del Dr. Keiji Fukuda de la OMS, y me parece que es lo más honesto que he escuchado hasta ahorita, y me parece loable que un médico/científico tenga el valor y la ética de decir "no sé / no estamos en condiciones de saber / no tenemos manera de saber" ante una audiencia mundial<br /><br />Archivos de Audio [<a href="http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/en/index.html">en Inglés</a>] :<br />http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/en/index.html<br /><br />Transcripción [<a href="http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/es/index.html">en Español</a>]:<br />http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/es/index.html<br /><br /><span style="font-style: italic; font-weight: bold; color: rgb(255, 255, 153);">update</span>: El link en español parece que no sirve, así que pongo el <a href="http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflu_presstranscript_2009_04_28.pdf">pdf del transcrito en inglés aquí</a>.Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-29526066891340303912009-04-28T14:32:00.007-05:002009-04-28T16:54:28.128-05:00La naturaleza y posibles orígenes de la Influenza PandémicaResúmenes nanométricos de los publicado sobre influenza y pandemias recientemente:<br /><br /><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">1)</span></span> <span style="font-weight: bold;font-size:130%;" >Los Genomas de la Influenza</span>: Desde el 2004 existe el <a href="http://www3.niaid.nih.gov/LabsAndResources/resources/mscs/Influenza/">Proyecto de Secuenciación de Genomas de Influenza</a>, que junto con el <a href="http://msc.jcvi.org/influenza/index.shtml">JC Venter Institute </a>han secuenciado los genomas virales de más de 3,000 variantes de influenza, con la intención de obtener mayor información sobre la evolución, dispersión y contención de la influenza. Lo más importante es que el acuerdo contempla la <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.html">liberación de las secuencias al público por medio del NCBI</a>, pues el acceso inmediato y gratuito a éstas secuencias permite que científicos de todo el mundo las estudien con aproximaciones diferentes (un comentario de <a href="http://www.cbcb.umd.edu/%7Esalzberg/">Steve Salzberg</a> sobre la importancia del <a href="http://cbcb.umd.edu/papers/FluCommentary-2008-Salzberg-reprint.pdf">acceso libre e influenza aquí</a>).<br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/SfdiWP-piRI/AAAAAAAAEoY/fW4v56W1uQI/s1600-h/400px-Virus_Replication.svg.png"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 200px; height: 184px;" src="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/SfdiWP-piRI/AAAAAAAAEoY/fW4v56W1uQI/s200/400px-Virus_Replication.svg.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5329836818402216210" border="0" /></a><br /><span style="font-weight: bold;font-size:130%;" ></span> Los genomas de los virus de la influenza A consisten de ocho moléculas de RNA de una sóla hebra de entre 890 y 2341 nucleótidos, comprendiendo en total alrededor de 13.5 Kb. Codifican para 11 proteínas, de las cuales sólo dos han sido extensivamente estudiadas porque se sospecha que son la fuente de la mayor parte de la variación antigénica (es decir lo más cambiante y que dificulta su detección por el sistema inmune) y por lo tanto la mayoría de las entradas en el GenBank corresponden a fragmentos de éstas. Las proteínas corresponden a las proteínas capsulares<a href="http://biology.kenyon.edu/BMB/Chime2/2005/Cerchiara-Holsberry/FRAMES/start.htm"> hemaglutinina (HA)</a>, que se une a receptores en la membrana hospedera y or lo tanto le permite al virus entrar a la célula que va a infectar, y la <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Viral_neuraminidase">neuraminidasa (NA)</a> que permite que las partículas virales dentro de la célula sean liberadas para infectar otras células. Actualmente, las variantes/cepas/subtipos virales de influenza se caracterizan de acuerdo a la combinación de éstos dos genes. Es decir, la variante A(H1N1) es un virus de la influenza A con la hemaglutinina 1 y la neruaminidasa 1, a diferencia de la variante A(H3N2) que tiene la hemaglutinina 4 y la neuraminidasa 2. [<a href="http://www.cbcb.umd.edu/%7Esalzberg/docs/NatureFluGenomeProjectReprint.pdf">Fuente: Ghedin Et al., 2005</a>]<br /><br /><span style="font-weight: bold;font-size:130%;" >2) La Aparición de Nuevas Variantes: </span>La relación entre los virus de la influenza y sus hospederos (o sus "víctimas") es igual que una carrera armamentista estilo la peor película de la guerra fría: el sistema inmunológico desarolla métodos de detección de las proteínas HA y NA de la cápsula del virus, pero entonces surgen nuevas variantes en el virus que no pueden ser detectadas por el sistema inmune y aparece un nuevo brote de influenza, al final del cual el sistema inmune ya puede detectarlo y así en círculos, cuento de nunca acabar.<br /><br />Las nuevas variantes pueden aparecer por dos mecanismos diferentes [<a href="http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0040050">Nicholls,2006</a>]:<br /><span style="font-weight: bold;">(a) Mutación:</span> cambios de un sólo aminoácido en las secuencias de éstos genes causan pequeñas variantes en las proteínas capsulares que impiden su detección por el sistema inmune. Dado que los virus se replican muy rápidamente y sin mecanismos de reparación, la velocidad a la que éstos cambios son insertados es muy alta. Una nueva variante que surge por éste mecanismo se conoce como <span style="font-style: italic; font-weight: bold;">variante mutante</span>.<br /><br /><span style="font-weight: bold;">(b) Recombinación</span>: cuando dos variantes distintas [p.ej. A(H1N1) y A(H3N3)] intercambian segmentos completos de genes entre ellas. Una nueva variante que surge por éste mecanismo se conoce como una<span style="font-weight: bold;"> </span><span style="font-style: italic; font-weight: bold;">variante recombinante</span>. Aunque no se sabe exactamente como surgen los recombinantes, se piensa que ocurren cuando dos o más variantes distintas infectan un mismo hospedero, los segmentos dentro de las células infectadas se mezclan y las nuevas partículas virales se ensamblan con partes de diferentes variantes. Aparentemente, <a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2009/04/influenza-informacion-y-teoria-de-la.html">la nueva variante de influenza A(H1N1) en México </a>es una recombinante.<br /><br />Los primeros análisis de genomas virales demuestran que ambos fenómenos ocurren constantemente, pero que la aparición de nuevos recombinantes es mucho más frecuente y de mayor importancia epidemiológica de lo que se tenía contemplado, pues ocurre tanto entre un mismo subtipo [A(H3N2), <a href="http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0030300#JOURNAL-PBIO-0030300-B30">Holmes et al., 2005</a>] como entre distintas variantes [entre A(H3N2) y A(H1N1), <a href="http://www.cbcb.umd.edu/%7Esalzberg/docs/NatureFluGenomeProjectReprint.pdf">Ghedin Et al., 2005</a>]. Esto quiere decir que los virus no necesitan inventar nuevas versiones de sus proteínas para escapar la detección del sistema inmune, sino que les basta con intercambiarlas con otras variantes de manera que la <span style="font-weight: bold;">nueva combinación </span>de proteínas preexistentes no es detectable por el sistema inmine.<br /><br /><span style="font-weight: bold;font-size:130%;" >3) Las Pandemias y la Genómica:</span>Aparentemente, los brotes epidémicos de 1957 y 1968 fueron el resultado de procesos de recombinación entre variantes ya conocidas [<a href="http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0040050">Nicholls,2006</a>]. En 1957, la variante de influenza A humana común intercambió tres segmentos con con una variante de influenza A aviar (que no infectaba humanos). Éstas nuevas variantes tienen una gran capacidad de infección porque son innovaciones a las que el sistema inmune de toda la población humana no ha sido jamás expuesta, como si el sistema inmune se quedara buscando con videocaseteras VHS y el virus se dispersara con DVDs.<br /><br />En 2005, se publicó el resultado de la s<a href="http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7060/full/nature04230.html">ecuenciación del genoma</a> viral original de la variante A(H1N1) que causó la pandemia de <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/1918_flu_pandemic">gripe española en 1918</a>, recuperado del cadáver de un soldado en Alaska. El análisis del genoma revela que ésta variante no surgió por recombinación, sino que es sorpresivamente similar a una variante de influenza aviar (que no infecta a humanos) pero con algunas mutaciones que le permitieron saltar la barrera específica e infectar a humanos. [<a href="http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7060/full/nature04230.html">Taubenberg et al., 2005</a>]. Es decir que aunque la variante de la gripe española y la variante actual de la influenza en México pertenecen al mismo subtipo (o linaje o familia pues), tienen un origen distinto. Desde el 2005 se continúa el análisis del patrón de mutaciones para identificar aquellas mutaciones que podrían permitir la infección a humanos y por lo tanto tomar medidas preventivas ante la detección de la aparición de éstas mutaciones en las poblaciones virales que infectan animales.<br /><br /><span style="font-size:130%;"><span style="font-weight: bold;">4) La Transmisión del Virus</span></span> En un experimento con cobayos infectados con influenza A(H3N2), se detectó que la transimisión del virus por aerosoles (gotitas de babas producidas al estornudar y toser) es favorecida por bajas temperaturas (5°C) y humedad relativa (20-35%), mientras que a altas temperatura (30°C) y humedad relativa(80%), la transmisión es totalmente bloqueada. [<a href="http://www.plospathogens.org/article/info:doi/10.1371/journal.ppat.0030151">Lowen et al., 2007</a>). La temperatura reportada por el <a href="http://smn.cna.gob.mx/">SMN en la Ciudad de México</a> es entre 12°C(min) y 29°C(max)., y la humedad relativa en ésta semana se reporta entre 26-46% según <a href="http://tiempoyhora.com/Am%C3%A9rica-del-Norte/M%C3%A9xico-2/Districto-Federal-M%C3%A9xico/Ciudad-de-M%C3%A9xico">ésta página que no conozco</a>.<br /><br /><span style="font-weight: bold;"><span style="font-size:130%;">5) Qué Sabemos de la Variabilidad</span></span>: Los subtipos de influenza actualmente se caracterizan de acuerdo a la combinación de 16 hemaglutininas (HA) y 6 neuraminidasas (NA) conocidas. Sin embargo, tanto la secuenciación de genomas virales como los análisis de las secuencias de éstas proteínas HA y NA y la aparición de subvariantes infecciosas sugieren que hay una diversidad mucho más grande de variantes virales, y que la clasificación de los virus centrándose en HA y NA no logra abarcar todas éstas diferencias (incluso se sugiere el uso de los otros 9 segmentos del genoma de RNA del virus para su caracterización). En la imagen se presenta el análisis de<a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022"> Liu et al., 2009</a> sobre las proteínas HA de alrededor de 23,000 variantes, la representación en árbol se lee como un árbol genealógico: las ramas que están cercanas están más cercanamente emparentadas que las lejanas, y el largo de las ramas representa la cantidad de diferencias entre una secuencia y otra. Nótese que dentro de un mismo linaje (separados por colores rojo y negro) hay muchas variantes (terminaciones de ramas) ligeramente diferenciadas (longitudes cortas entre las ramas).<br /><a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005022"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 367px; height: 400px;" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sfd3CqFpSnI/AAAAAAAAEog/tZG9_IMhSjo/s400/journal.pone.0005022.g001.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5329859571557681778" border="0" /></a><br /><span style="font-weight: bold;"><span style="font-size:130%;">6) Dineros y Mercado: </span></span><span><span style="font-size:130%;"><span style="font-size:100%;">Se estima que la Ciudad de México </span></span></span>pierde 50 millones de dólares por cada día que tenemos todo cerrado... contrastando con 1,680,000,000 de dólares que se espera embolsar la farmacéutica que desarrolle la nueva vacuna (suponiendo que cuesta 3 US DLLS cada dosis y de acuerdo <a href="http://rudimenthos.blogspot.com/2009/04/influenza-informacion-y-teoria-de-la.html">a lo presentado en la entrada anterior</a>).Unknownnoreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-62846698881010264662009-04-28T13:35:00.005-05:002009-04-29T14:30:23.865-05:00Otros links sobre influenzaLes dejo algunos links a otras páginas de diverso interés:<br /><br /><a href="http://phylogenomics.blogspot.com/2009/04/open-access-flu.html">TreeOfLife</a>: una excelente recopilación de publicaciones científicas de acceso libre (es decir, no hay que pagar para leerlas) realizada por el Dr. Jonathan Eisen [en inglés]<br /><br />Un mapa ede los casos de <a href="http://ldalcaraz.blogspot.com/2009/04/h1n1-2009-influenza-map.html">Influenza Porcina en México</a>, y otro <a href="http://ldalcaraz.blogspot.com/2009/04/h1n1-2009-influenza-map.html">en USA</a>.<br /><br /><a href="http://gripeporcina.blogspot.com/">Blog Gripe Porcina</a>: Un blog de unos tíos españoles que están dando seguimiento a las noticias de todos lados.<br /><br />La liga al portal con las <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html">secuencias obtenidas de los genomas virales</a> aislados de los pacientes de California, depositado en el GenBank [gracias a ldalcaraz por el link]<br /><br />La página del brote de <a href="http://www.who.int/es/">Influenza Porcina de la Organización Mundial de la Salud </a>(OMS).<br /><br />La página del <a href="http://www.cdc.gov/swineflu/?s_cid=swineFlu_outbreak_internal_001">Centro para la Prevención y Control de Enfermedades </a>de USA (CDC).<br /><br /><span style="font-weight: bold; font-style: italic; color: rgb(255, 255, 153);">update</span>: Una entrada del blog de ldalcaraz sobre <a href="http://ldalcaraz.blogspot.com/2009/04/modelacion-de-la-propagacion-de-la.html">transparencia de información y dispersión</a>.<br /><br /><span style="font-weight: bold; font-style: italic; color: rgb(255, 255, 153);">update</span>:El portal sobre la <a href="http://influenza.unam.mx/">influenza de la UNAM</a>.<br /><br />Un link que agrupará t<a href="http://rudimenthos.blogspot.com/search/label/Influenza">odas las entradas en este blog que tengan que ver con influenza</a> (también está en la barra lateral).Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-77176709411690767442009-04-27T13:57:00.001-05:002009-04-28T17:02:55.852-05:00Influenza, información y teoría de la conspiración: Lo que sí se sabe, lo que no se sabe, lo que no se sabe si se sabe y lo que se miente<span style="font-size:100%;">1.- La influenza, o más bien las influenzas, son causadas por toda una familia de virus diferentes, y se clasifican en tres subfamilias: A, B y C. Dentro de cada subfamilia hay diferentes "subtipos", "variantes" o "serotipos", y cada una de estas causa influenzas ligeramente diferentes o en especies diferentes. Cada año tenemos brotes estacionales de influenza humana durante los meses más fríos del año en cada hemisferio. Usualmente la influenza estacional se presenta como un cuadro gripal severo que puede ser mortal (<a href="http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs211/en/index.html">250,000-500,000 muertes anuales en todo el mundo</a>) aunque en general se cura sin intervención médica tras una semana. La naturleza de los virus les permite hacer pequeños cambios muy rápidamente en su estructura genética, dificultando enormemente su detección. Es por eso que cada año es necesario reformular la vacuna de la influenza para que sea efectiva con la variante de cada año.
<br />
<br />2.- La familia de la influenza "A" está formada por el grupo de Orthomyxoviridae y contiene las variantes más virulentas, entre las que se encuentran la gripe aviar, la española y otras muchas. Muchas de éstas variantes son específicas de una sóla especie, es decir que sólo infectan aves o perros o caballos o cerdos o humanos. Pero de vez en cuando aparece una nueva variante que se saltan la barrera específica y comienzan a infectar humanos, especialmente en las especies domésticas como las aves y los puercos. Las variantes se clasifican como en la imágen, de acuerdo al tipo de virus, el lugar geográfico donde se detectó, la cepa, el año y el subtipo, variante o serotipo. Este se determina de acuerdo a dos proteínas que el virus presenta en su cápsula y que el sistema inmunológico usa para detectarlos, y por lo tanto se conocen como los antígenos hemaglutinina y neuraminidasa (H y N). <a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/SfYHNysn5rI/AAAAAAAAEoQ/AYvVSYo7vcw/s1600-h/590px-Influenza_nomenclature.svg.png"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 320px; height: 206px;" src="http://3.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/SfYHNysn5rI/AAAAAAAAEoQ/AYvVSYo7vcw/s320/590px-Influenza_nomenclature.svg.png" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5329455142568191666" border="0" /></a>
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<br />3.- Dada su naturaleza rápidamente cambiante y su alta tasa de transmisión, algunas veces los brotes de nuevas variantes virales pueden dispersarse rápidamente y sorprender poblaciones enteras cuyo sistema inmunológico no está preparado para la detección y el combate de estas nuevas variantes, generando de manera natural epidemias y pandemias. Las variantes más importantes en la historia reciente son:
<br />
<br /></span><span style="font-weight: bold;font-size:100%;" >A(H1N1):</span><span style="font-size:100%;"> la variante que en 1918 generó la pandemia de gripe española, que se difundió a lugares tan remotos como Alaska y las islas de Samoa y cobró la muerte de entre 50 y 100 millones de personas en todo el mundo. En verano de 1919, la epidemia, así como vino, se fue.
<br />
<br /></span><span style="font-weight: bold;font-size:100%;" >A(H3N2):</span><span style="font-size:100%;"> la variante que en 1968 generó una pandemia mundial con 15% de la población total infectada pero una tasa de mortalidad relativamente baja, cobrando 1 millón de muertes.
<br />
<br /></span><span style="font-weight: bold;font-size:100%;" >A(H5N1):</span><span style="font-size:100%;"> conocida como la gripe aviar (bird/avian flu) la variante más reciente que saltó la barrera específica de aves de corral a humanos, ha causado la muerte de varios millones de aves de corral en Asia, África y Europa, cobrando la muerte de <a href="http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/country/cases_table_2009_04_23/en/index.html">250 humanos</a>.
<br />
<br />4.- Hay un brote de influenza "A" en México (principalmente en la Cd. de México y San Luis Potosí) y el sur de USA (California).
<br />
<br /></span><meta equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 10"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 10"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CFenris%5CCONFIG%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><!--[if gte mso 9]><xml> <w:worddocument> <w:view>Normal</w:View> <w:zoom>0</w:Zoom> <w:hyphenationzone>21</w:HyphenationZone> <w:compatibility> <w:breakwrappedtables/> <w:snaptogridincell/> <w:wraptextwithpunct/> <w:useasianbreakrules/> </w:Compatibility> <w:browserlevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel> </w:WordDocument> </xml><![endif]--><style> <!-- /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";} @page Section1 {size:612.0pt 792.0pt; margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt; mso-header-margin:35.4pt; mso-footer-margin:35.4pt; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> </style><!--[if gte mso 10]> <style> /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Tabla normal"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin:0cm; mso-para-margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman";} </style> <![endif]--><span style=";font-family:";font-size:100%;" >5.- El virus causante del brote está relacionado (es primo hermano pues) con el virus de la influenza A(H1N1), conocido vulgarmente como de la influenza porcina (swine flu) porque se manifiesta principalmente en puercos. El virus normalmente tiene alta morbilidad (una alta tasa de incidencia, es decir que se transmite fácil y rápido en la población) y una muy baja tasa de mortalidad (es decir pocas muertes entre los infectados) [<a href="http://www.who.int/csr/swine_flu/swine_flu_faq.pdf">con datos de la OMS</a>]. Se transmite por aerosoles (es decir las gotitas de babas que se producen al estornudar y toser), y contactos directos e indirectos. Éste virus ya había cruzado la barrera específica con anterioridad, con casos en España y USA desde 2007. </span><span style="font-size:100%;">
<br />
<br />6.- El A(H1N1) de México fue identificado inicialmente con la ayuda del Laboratorio Nacional de Microbiología en Winnipeg, Canadá, quienes <a href="http://www.cbc.ca/world/story/2009/04/24/health-flu-mexico090424.html">confirmaron su presencia</a> en 16 de las 51 muestras de posibles infectados. Ésta variante resulta ser un recombinante totalmente nuevo, es decir, un tipo de <a href="http://www.cdc.gov/media/transcripts/2009/t090423.htm">virus que combina en su genoma</a> segmentos de la variante conocida que infecta a puercos en USA, segmentos de la variante de influenza aviar de USA, segmentos del virus de influenza humana y segmentos de la variante de influenza porcina en eurasia. Es decir, es un virus con un genoma "mosaico" de diferentes variantes que no había sido identificado con anterioridad. Aún no se sabe por medio de qué mecanismo se formó éste virus.
<br />
<br />7.- A la fecha, los laboratorios han confirmado 26 casos en México, <a href="http://www.cdc.gov/swineflu/">40 en USA</a>, 1 en Canadá y 1 en España (<a href="http://www.who.int/csr/don/2009_04_27/en/index.html">según el último reporte de la OMS</a>). Estos número contrastan con los manejados en los medios de comunicación porque SON LOS ÚNICOS CONFIRMADOS. De acuerdo con la <a href="http://www.who.int/csr/disease/swineflu/WHO_case_definitions.pdf">OMS, se consideran</a>:
<br />
<br /></span><span style="font-weight: bold;font-size:100%;" >casos confirmados</span><span style="font-size:100%;">: aquellos en donde se detectó la presencia del virus en el paciente por medio de alguna de las siguientes pruebas:
<br />
<br />PCR-tiempo real
<br />cultivo viral
<br />aumento 4x de la presencia de anticuerpos específicos para A(H1N1) variante local.
<br />
<br />Sin embargo, la <a href="http://www.who.int/csr/disease/swineflu/swineflu_guidance_labs_20090427.pdf">OMS también reporta que la única forma confiable de confirmar un caso</a> es mediante el aislamiento del virus y la secuenciación parcial de su genoma, dado que por su novedad no es posible establecer la confiabilidad de todos los demás métodos de detección.
<br />
<br /></span><span style="font-weight: bold;font-size:100%;" >casos probables</span><span style="font-size:100%;">: aquellos en donde un individuo dio positivo a la prueba general de influenza A (que no especifica la variante) pero no ha podido definirse su variante con las pruebas aplicadas Ó aquellos individuos con cuadros clínicos similares a la variante o que haya muerto de enfermedades respiratorias agunas inexplicables y que en ambos casos puedan ligarse epidemiológicamente con casos comprobados (es decir, que estuvieron en contacto directo o indirecto con casos comprobados).
<br />
<br />Cabe resaltar que las pruebas de detección son costosas y tardadas, y apenas se está determinando la especificidad y eficiencia de los métodos de detección conocidos actualmente.
<br />
<br />8.- Dado que la nueva variante del virus A(H1N1) (denominada por el CDC de USA como A/California/04/2009 A(H1N1)) apenas fue identificada hace una semana, no es posible que existan vacunas para protejerse de ella, al menos no todavía. No se sabe si la vacuna contra la influenza de éste año sirve para protejerse de la variante porcina mexicana.
<br />
<br />9. A la nueva variante ya se le hicieron las pruebas de resistencia a los cuatro antivirales comúnes, y <a href="http://www.who.int/csr/disease/swineflu/swineflu_sequences_labs_20090425.pdf">ha sido secuenciada</a>, aunque su secuencia es sólo semi-libre porque se requiere permiso para accesar a la base de datos. Yo personalmente no se porqué no está libre a todo el público. La variante <a href="http://www.cdc.gov/mmwr/pdf/wk/mm58d0424.pdf">es resistente a amantadina y rimantadina, pero sensible a zanamivir y oseltamivir</a>. Ésto resulta de gran importancia porque ciertos reporteros que gozan de mucha credibilidad en México se lanzaron a decir que en un comunicado de la UNAM se evidencía que el virus es resistente al antiviral que se está medicando, pidiéndole opinión a cierto personaje de salud pública en USA (<a href="http://www.youtube.com/watch?v=2U5g7cv7T9M">ver video</a>). Sin embargo, esto me parece una gran irresponsabilidad porque yo no he podido encontrar el "comunicado oficial" de la UNAM por ningún lado, no se menciona el nombre de los investigadores que lo siguieren y, como lo muestra un <a href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/H1N1webupdate20090318%20ed_ns.pdf">documento de la OMS</a>, ésos datos reflejan la persistencia de la resistencia de la variante estacional del virus de la influenza<a href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/H1N1webupdate20090318%20ed_ns.pdf"> A en general, no específicamente </a>de nuestra variante. Lo que es más, los datos de la OMS se reportan el 19 de Marzo de 2009, casi un mes antes de la detección del virus, por lo tanto no incluyen la variante de abril. Todos pueden<a href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/en/index.html"> revisarlos aquí</a>. Sin embargo, es de suma importancia tener un seguimiento estrecho y caracterizar constantemente las nuevas cepas respecto a la resistencia al oseltamivir, dado que las otras cepas de influenza sí han presentado 98% de resistencia, lo que podría sugerir que la nueva cepa puede adquirir o desarrollar resistencia a dicho antiviral. </span>
<br /><object width="425" height="344"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/2U5g7cv7T9M&hl=es&fs=1"><param name="allowFullScreen" value="true"><param name="allowscriptaccess" value="always"><embed src="http://www.youtube.com/v/2U5g7cv7T9M&hl=es&fs=1" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="425" height="344"></embed></object>
<br />10.- La <a href="http://www.who.int/es/">Organización Mundial de la Salud (OMS)</a> ha elevado el nivel de <a href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/PIPGuidance09.pdf">alerta pandémica del 3</a> en el que nos encontrábamos hasta ayer (con reportes esporádicos de contagio animal-humano y humano-humano, en pequeñas agrupaciones humanas) al <a href="http://www.who.int/csr/disease/influenza/PIPGuidance09.pdf">nivel 4,</a> adoptado para brotes de influenza con transmisión de humano a humano y con capacidad de mantener brotes en comunidades enteras. Esto quiere decir que la posibilidad de una pandemia ha aumentado, no que ya se haya determinado la pandemia. También recalcaron que los esfuerzos no deben de enfocarse en la contención de los brotes, pues la dispersión es inevitable, sino en la mitigación.
<br />
<br />11.- Hasta la tarde del 27 de abril, la Dirección de la OMS no consideraba necesario el cierre de fronteras ni la interrupción del flujo internacional y reportaba 73 casos confirmados en 4 países.
<br />
<br />
<br />Finalmente unos datos más para reflexión:
<br />
<br />11.- Tanto la Directora General de la OMS como la Dirección de la CDC de USA han declarado que la contención de éste brote de influenza no es realísticamente viable. Esto quiere decir que dada la naturaleza del virus y la dinámica actual de las poblaciones humanas, es muy poco probable que si este brote alcanza el nivel de epidemia pueda ser contenido exclusivamente en la Ciudad de México. Esto no es un llamado al apocalipsis y la histeria colectiva pues afortunadamente el virus no tiene una alta mortalidad, lo que quiere decir es que muy probablemente el virus se disperse alrededor del mundo, y la necesidad de aplicación de antivirales será enorme en todo el planeta.
<br />
<br />12.- El virus de la influenza tiene <a href="http://www.microbiologybytes.com/virology/Orthomyxoviruses.html">120</a> <a href="http://www.virology.net/Big_Virology/BVRNAortho.html">nanómetros de diámetro</a>, y el tamaño del poro de un cubrebocas lo pueden ver con una lupa. La importancia del uso del cubrebocas es evitar espacir aerosoles contaminados, es decir gotitas de babas de los individuos infectados que pueden o entrar a las mucosas de individuos no infectados (<span style="font-weight: bold;">contagio directo</span>) o impregnar superficies lisas de donde pueden recogerlo individuos no infectados (<span style="font-weight: bold;">contagio indirecto</span>). Por lo tanto el cubrebocas es indispensable para evitar la <span style="font-weight: bold;">DISPERSIÓN</span> de la influenza, pero no <span style="font-weight: bold;">EVITAR EL CONTAGIO</span>.
<br />
<br />13.- El pasado 25 de abril, el presidente FeCal (por cierto que... ¿dónde se encuentra el súperpresidente "legítimo" cuando sus huestes perredistas lo necesitan?) publicó en el <a href="http://dof.gob.mx/nota_detalle.php?codigo=5088366&fecha=25/04/2009">Diario Oficial de la Federación un DECRETO</a> mediante el cual otorga diversas atribuciones a la Secretaría de Salud para combatir el brote de influenza, entre las cuales se encuentran algunos atropellos a las libertades constitucionales como lo son el aislamiento de enfermos y supuestos portadores sanos, la inspección de pasajeros y medios de transporte, el allanamiento de todo tipo de local y casa habitación, la regulación del tránsito en el país y
<br />
<br /><div style="margin-bottom: 5.05pt; margin-left: 36pt; text-indent: -21.6pt;" class="ROMANOS"> <span style="font-weight: bold;font-family:Arial;" >VI.</span><span style=";font-family:Arial;font-size:10;" > </span><span style="font-family:Arial;">La adquisición a nivel nacional o internacional, de equipo médico, agentes de diagnóstico, material</span><span style="font-family:Arial;"> </span><span style="font-family:Arial;">quirúrgico y de curación y productos higiénicos, así como todo tipo de mercancías, objetos, bienes y</span><span style="font-family:Arial;"> </span><span style="font-family:Arial;">servicios que resulten necesarios para hacer frente a la contingencia, sin necesidad de agotar el</span><span style="font-family:Arial;"> </span><span style="font-family:Arial;">procedimiento de licitación pública, por las cantidades o conceptos</span><span style="font-family:Arial;"> </span><span style="font-family:Arial;">necesarios para afrontarla;</span></div> <div style="margin-bottom: 5.05pt; margin-left: 36pt; text-indent: -21.6pt;" class="ROMANOS"> <span style="font-weight: bold;font-family:Arial;" >VII.</span><span style=";font-family:Arial;font-size:10;" > </span><span style="font-family:Arial;">Importar y autorizar la importación de los bienes y servicios citados en el inciso anterior, sin</span><span style="font-family:Arial;"> </span><span style="font-family:Arial;">necesidad de agotar trámite administrativo alguno, por las cantidades o conceptos necesarios para</span><span style="font-family:Arial;"> </span><span style="font-family:Arial;">afrontar la contingencia objeto de este decreto;</span></div>o sea que pueden comprar cantidades industriales de lo que quieran sin pedir permiso y sin licitación de nada.
<br />
<br />14.- El pasado 9 de Marzo, el presidente Nicolás Sarkozy de Francia y el presidente FeCal y el secretario de salud JA Córdoba (que apenas hace cuatro días decía que el brote de influenza era sólo atípico y controlado) dieron el visto bueno a la firma de una colaboración entre <a href="http://www.birmex.gob.mx/">Birmex</a>, empresa propiedad del Gobierno Federal de México, y la transnacional <a href="http://www.sanofi-aventis.com.mx/live/mx/sp/index.jsp">Sanofi-Aventis</a> (SA), (cuyas ganancias se elevan casi <span style="text-decoration: underline;">a </span><a href="http://finapps.forbes.com/finapps/jsp/finance/compinfo/CIAtAGlance.jsp?sedol=5671735">6 mil millones de dólares</a>), con la inversión de <a href="http://www.sanofi-aventis.com.mx/live/mx/medias/F31D1225-F62B-4FF2-9B6D-C49A8B4C678C.pdf">100 millones de Euros para la construcción de una instalación en México que manufacture vacunas contra la influenza</a>. Mediante su filial <a href="http://www.sanofipasteur.com/sanofi-pasteur2/front/index.jsp?siteCode=SP_CORP">Sanofi Pasteur</a> (con sede en Lyon, Francia), la principal productora de vacunas en el mundo, plantearon comenzar la construcción a inicios del mes de abril. La inversión es una iniciativa que forma parte de la <a href="http://www.who.int/csr/resources/publications/influenza/CDS_EPR_GIP_2006_1.pdf">Plan de Acción Global de Influenza Pandémica para Incrementar el Abastecimiento de Vacunas,</a> que desde el 2006 previó que ante una posible pandemia el abasto de vacunas se quedaría corto por 2 mil millones de dosis, con una demanda anual de alrededor de 600 mil millones de dosis. El precio de cada dosis individual oscila entre los $3 y $7 US DLLS.
<br />
<br />15.- Las ventas anuales de <a href="http://www.facmed.unam.mx/bmnd/plm_2k8/src/prods/42059.htm">Tamiflu</a>, la marca comercial de Roche para el antiviral <a href="http://es.wikipedia.org/wiki/Oseltamivir">oseltamivir</a>, fueron de <a href="http://drugdelivery.pharmaceutical-business-review.com/comment/roche_tamiflu_sales_hit_by_fading_flu_hype_090209">1.7 mil millones de dólares en 2007 y bajaron a tan sólo 564 millones de dólares en 2008</a>, debido a la creciente resistencia de las variantes virales.
<br />
<br />16.- La temporada de influenza apenas terminó... y dado el nortecentrismo global no creo que nadie haya previsto que la temporada de inluenza apenas comienza en el hemisferio sur!
<br />
<br />
<br /><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">Update</span>: <a href="http://rudimenthos.blogspot.com/search/label/Influenza">más entradas sobre influenza aquí </a>o en la barra lateral, donde dice Influenza (duh!).
<br />Unknownnoreply@blogger.com35tag:blogger.com,1999:blog-34035176.post-87509756715421865562009-03-16T14:15:00.000-06:002009-03-16T16:01:08.069-06:00Radiohead en México<a onblur="try {parent.deselectBloggerImageGracefully();} catch(e) {}" href="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sb7JQPEcMFI/AAAAAAAAEoA/JqpEiocwmOA/s1600-h/radiohead.gif"><img style="margin: 0px auto 10px; display: block; text-align: center; cursor: pointer; width: 200px; height: 124px;" src="http://1.bp.blogspot.com/_BUZbrdWvOOM/Sb7JQPEcMFI/AAAAAAAAEoA/JqpEiocwmOA/s200/radiohead.gif" alt="" id="BLOGGER_PHOTO_ID_5313905891104010322" border="0" /></a><br />A pesar de estar medio encabronado por la espera de 15 años y aún así permanecer parado durante 6 horas (ya estoy viejo), a pesar de los pleitos e incertudumbre de no tener boleto a menos de una semana del concierto, a pesar de que no tocaron en el Metropólitan y de que nos quedamos sin metro... todavía hace un año moría de envidia de que el buen Diego se quejara del precio a pagar por verlos en l'Opera de Paris aprovechando su estancia en la Galia.<br /><br />Llegamos tempranísimo. Yo fijé un horario adelantado porque esperaba que me plantaran. Pero no. todo fue como debía y llegamos un tanto demasiado temprano. Estaba sorprendentemente vacío. Yo esperaba ver largas filas y embotellamientos, pero no. Adentro todavía no estaba lleno. La banda estaba sentada en el piso y una amiga incluso sugirió<a href="http://www.youtube.com/watch?v=R5X7HKxpiQA"> tirarnos estilo Just</a>. Tampoco lo hicimos durante la rola.<br /><br />Con puntualidad inglesa (corrección en ~220 caracteres), se apagaron las luces poquito antes de las 8. En el escenario estaban cuatro podios con laptops negras y cuatro pelones en traje detrás de ellas. Con los primeros sonidos de<a href="http://www.youtube.com/watch?v=3T65NpyfPkQ"> Man-Machine</a> nos dimos cuenta que la puntualidad era alemana. Yo no sabía que abría <a href="http://allmusic.com/cg/amg.dll?p=amg&sql=1:KRAFTWERK%7EC">Kraftwerk</a> y fue buena sorpresa. El set esta bien bueno y al menos a mí me impresiona bastante el minimalismo de cuatro fulanitos y sus laps con presentaciones simples cuyo mensaje golpea fuerte. De lo que recuerdo, durante los cuarenta minutos que estuvieron en el escenario "tocaron" Tour de France, Numbers, Computer World, Autobahn y Radioactivity. La recepción fue rara. Yo me sentí viejo de pensar que son una banda de más de 30 años de edad y sí me emocionaron <a href="http://www.youtube.com/watch?v=ZQQ89Kggg_k">los robots</a> y los trajecitos de Tron en <a href="http://www.youtube.com/watch?v=SaExD0DQ-bk">music non stop</a>. <object width="425" height="344"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/SaExD0DQ-bk&hl=es&fs=1"><param name="allowFullScreen" value="true"><param name="allowscriptaccess" value="always"><embed src="http://www.youtube.com/v/SaExD0DQ-bk&hl=es&fs=1" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="425" height="344"></embed></object><br /><br />Nos echaron las luces otra vez. Antes de que abriera Kraftwerk, el lugar se sentía medio vacío, pero ahora se sentía a la gente llegar. Hartos aprovecharon para ir al baño mientras otros más hartos aprovecharon pa' meterse hasta adelante. Nota bizarra: los de OCESA nos pusieron reaggae. Se tardaron mucho en alistar el set y no tuvimos chance de sentarnos otra vez. Pusieron unos tubos larguísimos a manera de telón alrededor del escenario (que por cierto ahora me entero de que son de LEDs para disminuír las emisiones de carbono). Apagaron la luz y los gritos de histeria no se hicieron esperar y no se detuvieron sino hasta bien entrada<a href="http://www.youtube.com/watch?v=7uOqLI5maXE"> 15 step</a>.<br /><br />El sonido estuvo impecable, si bien no me hubiera molestado a un volúmen un poco más alto. El espectáculo fue simple pero elegante. Las imágenes a blanco y negro en las pantallas superior y laterales me remitían a un especial de una banda clásica en la Rolling Stone. Thom Yorke se veía contento... aunque eso no quiera decir nada. Su interacción con el público fue como se esperaba: parca y tímida, apenas suficiente. El desempeño musical era el que hablaba por la banda y finalmente era eso lo que íbamos a buscar todos. Tuve permanentemente la piel de gallina y los pelos erizados. Incluso debo confesar que se me salieron tres lagrimitas: airbag, lucky y fake plastic trees. La euforia desbordó en<a href="http://www.youtube.com/watch?v=pY7JMyW1ngk"> national anthem</a>, <a href="http://www.youtube.com/watch?v=uoLLcMm7O_w">no surprises</a>, optimistic/idioteque, <a href="http://www.youtube.com/watch?v=257be5r8uZI">paranoid android</a> y <a href="http://www.youtube.com/watch?v=UDPOXzVZtOE">my iron lung</a>. Dos encores apenas bastaron. Aunque un sólo concierto no bastaba para escuchar todo lo que necesitábamos, fue justo y necesario. Las grandes ausentes: karma police y high and dry. Si quieren saber si tocaron creep, pues mejor lléguenle. Yo personalmente me quedé con ganas de escuchar climbing up the walls, you and whose army, how to dissapear completely, i might be wrong, true love waits, where i end and you begin y un morning bell. Y la neta sí, también exit music (for a film). Pero no digo nada de esto con pesar.<br /><br /><object width="425" height="344"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/8b3y7ZoGSEU&hl=es&fs=1"><param name="allowFullScreen" value="true"><param name="allowscriptaccess" value="always"><embed src="http://www.youtube.com/v/8b3y7ZoGSEU&hl=es&fs=1" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="425" height="344"></embed></object><br /><br />El setlist búsquenlo en <a href="http://www.radiohead.com.mx/">otro lado</a>, yo no recuerdo el orden. Las imágenes y videos, veré su puedo linkear alguno de otro lado, porque me cagan las camaritas y los flashazos a la mitad de los conciertos y yo si voy a ver y oír. Por eso luego no tengo recuerdos de nada.<br /><br />En breve, Radiohead en México: Pocamadre.<br /><object width="425" height="344"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/Ax_rA0Qpqzg&hl=es&fs=1"><param name="allowFullScreen" value="true"><param name="allowscriptaccess" value="always"><embed src="http://www.youtube.com/v/Ax_rA0Qpqzg&hl=es&fs=1" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="425" height="344"></embed></object>Unknownnoreply@blogger.com0