Muere Mario Benedetti

Yo no esperaba superar las 100 entradas del blog. Y cuando ví que me acercaba, pensé en un post revelador o provocativo para celebrarlo. Pero ni modo, no me queda sino un post conmemorativo al escritor uruguayo de 88 años. El que vive por las tripas, por las tripas ha de morir...

NO TE SALVES

No te quedes inmóvil
al borde del camino
no congeles el júbilo
no quieras con desgana
no te salves ahora
ni nunca
no te salves
no te llenes de calma

no reserves del mundo
sólo un rincón tranquilo
no dejes caer los párpados
pesados como juicios

no te quedes sin labios
no te duermas sin sueño
no te pienses sin sangre
no te juzgues sin tiempo

pero si
pese a todo
no puedes evitarlo
y congelas el júbilo
y quieres con desgana

y te salvas ahora
y te llenas de calma
y reservas del mundo
sólo un rincón tranquilo
y dejas caer los párpados
pesados como juicios
y te secas sin labios
y te duermes sin sueño
y te piensas sin sangre
y te juzgas sin tiempo
y te quedas inmóvil
al borde del camino
y te salvas
entonces
no te quedes conmigo

Más sobre la Influenza...

Un par de datos más sobre la influenza:

Un reporte de un ensamble de investigadores de la UNAM haciendo difusión sobre algunos datos duros del virus de la influenza (chequen el reporte en PDF):

http://literaturainfluenza.blogspot.com/

Un reporte que acaba de salir en la revista Science con investigadores del InDRE:

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1176062

(éste no lo van a poder ver a menos que tengan una subscripción a Science, ya ven... las desventajas de no publicar en OpenAccess)

Un par de cosas me desconciertan todavía:

1) El artículo de Science es el primer publicado a la fecha (y en una velocidad impresionante). Lleva 27 autores (lo que es mucho para un artículo) y es preeliminar. Ni el primer autor ni el último (el "senior") es mexicano. Los mexicanos son del INdRE y de la SSA. ¿No deberían de estar éstos datos a disposición del público mexicano que es, hasta ahorita, el principal afectado y cuyos impuestos pagan dichas investigaciones?

2) ¿¿¿¿¿DÓNDE ESTÁN LAS SECUENCIAS MEXICANAS?????? (que por cierto también pagamos con impuestos)

Un Cuento de dos Cerdos

Esperando terminar con las entradas sobre la influenza, les presento aquí la traducción al español de la entrada A Tale of Two Pigs en el blog de Steven Salzberg (no es plagio, es una traducción con autorización del autor), que me parece pertinente primero porque el sí es uno de los bioinformáticos involucrados en el análisis de los genomas de influenza secuenciados con anterioirdad y por sus notas sobre liberación pública de datos. Aunque aquí no lo menciona, otro de los puntos por los cuales TODAS las secuencias mexicanas deberían ser liberadas es porque su secuenciación y análisis se paga con los impuestos del pueblo mexicano y por lo tanto debería de estar disponible al mismo pueblo. Enjoy.

Normalmente no mezclo mi trabajo con éste blog, pero con la influenza haré una excepción. Como todo el mundo sabe (si están despiertos y conscientes), hay un brote enorme de influenza porcina que comenzó hace algunas semanas en México y que se ha dispersado a EU, Europa, Nueva Zelanda y otros sitios. Pueden leer sobre ello en las noticias, así que me enfocaré en un par de cosas que podrían no encontrar en otros sitios.

Primero, se ha reportado que la influenza porcina es una mezcla de virus de influenza humanos, aviares y porcinos. Aunque la fuente de estos reportes es el CDC, ésta no es una imagen adecuada. Hoy leí en The Washington Post que ésta epidemia comenzó cuando un sólo puerco fue infectado simultáneamente por virus de cerdos, de aves y de humanos. Ésta es una inferencia razonable para los reportes de los medios de comunación, pero no es precisa.

De hecho, y de acuerdo a lo descubierto por un buen número de investigadores, la nueva influenza porcina es una mezcla de dos variantes diferentes de virus de influenza porcina. Es definitivamente una nueva variante, pero es claramente una mezcla de dos variantes porcinas que ya habían estado circulando. Ésto suena menos exótico que la teoría del "cerdo-humano-ave". La verdadera razón detrás de la historia de la "triple recombinante" es un poco más compleja, pero simplificando un poco: la historia de una de las dos variantes parentales de influenza porcina indica que parte de ésta variante se originó en las aves have poco más de una década. Ésa variante es llamada a veces "similar a la aviar", pero no es una variante aviar hoy día. En segundo lugar, la historia de la otra variante incluye un pequeño segmento (un gen) que parece haberse originado en los humanos - hace más de 15 años. Otra vez, hoy la variante es de influenza porcina, pero una parte de ella parece venir de los humanos. El evento que creó hoy la influenza porcina - la que nos está preocupando hoy - es una combinación (un "rearreglo" o "recombinación") entre dos variantes porcinas simples.

El otro punto que quiero abordar es sobre compartir datos. Las secuencias de los aislados de USA han sido depositadas inmediatamente en GenBank - la base de datos pública de DNA -, y ésto permite que gente como yo comienze los análisis inmediatamente y sin mayor retraso. Muchos de nosotros hemos discutido durante años lo importante que es liberar los datos a la comunidad rápidamente para acelerar la velocidad de descibrimientos científicos. Sin embargo, los aislados de México NO han sido liberados en GenBank, incluso cuando éstas secuencias pasaron primero por el CDC. En lugar de ello, fueron enviadas a una base de datos conocida como GISAID, que fue originalmente construída para facilitar la compartición de datos sobre la influenza aviar. Desgraciadamente, GISAID cambió su política sobre liberación de datos hace seis meses, y no hay garantía de que las secuencias depositadas ahí lleguen a ser públicas algún día.

El CDC ha depositado las secuencias de influenza en GISAID como si ésto fuera equivalente a hacerlas públicas. Pero no lo es y no se debe pretender que lo sea. El CDC no siempre ha apoyado la liberación de los datos de influenza al público - de hecho, durante años depositaron sus secuencias en bases de datos privadas. Recientemente han hecho declaraciones públicas sobre su compromiso con la liberación al público de las secuencias de influenza, pero parece que no están siguiendo el mismo camino con todas las secuencias del brote de influenza porcina. (No me malinterpreten: el CDC está haciendo un trabajo fantástico al tratar de entender éste brote, y su trabajo es increíblemente importante para la salud pública, especialmente en lo que concierne a la influenza. Simplemente me gustaría que fueran más abiertos con sus datos).

Una última nota técnica. Ya he visto las secuencias Mexicanas (tengo una cuenta en GISAID) y las secuencias de California, y son virtualmente idénticas. Así que parecería que cualquier diferencia en virulencia son debidas a las diferencias entre las personas que fueron infectadas, no por los virus. Al menos es lo que parece hasta ahora - aunque la situación cambia rápidamente.

Diversidad nucelotídica del virus de Influenza A H1N1 / Nucleotide Diversity of Influenza A H1N1

Nucleotide diversity comparison between the dataset of "swine" influenza A/H1N1 2009 and the 90's NewYork A/H3N2 human influenza outbreak. First column is the set with the uncut, complete sequences. Second column is the set with only the region shared by all sequences. The 2009 sequences are much less diverse, and no sites under selection are found. Data available below.

Insisto de nuevo que no soy virólogo. Soy biólogo y me dedico a la evolución y ecología molecular de comunidades bacterianas. Pero eso no quita que podamos analizar las secuencias disponibles en caso de una emergencia sanitaria. Así pues, y mientras califico los ~40 exámenes de los alumnos de Evolución Molecular, me puse a sacar los parámetros clásicos de diversidad para los tres segmentos de la influenza A H1N1 (HA, NA y MP) más abundantes en el GenBank hasta hoy. Se los dejo en la tabla de aquí. Las dos primeras columnas corresponden al juego de datos completo pero sin secuencias fragmentadas (long) y al juego de datos recortado para las regiones compartidas por todas las secuencias.

En la última columna los comparo con un juego de secuencias disponibles tras la epidemia de influenza en Nueva York en los 90's. El virus es otra variante (A/H3N2), pero es el único reciente que infecta a humanos y que hay muchas secuencias disponibles (o no se buscar secuencias de virus, que también es posible). Lo que dice la tabla es que las secuencias de A/H1N1 con las que contamos son menos diversas (Pi y Theta) que las secuencias de NuevaYork, aunque eso puede deberse a que 1) la muestra sigue siendo muy pequeña o 2) las secuencias de NewYork comprenden toda la temporada (uno o dos años), y las de A/H1N1 sólo las últimas 3 semanas. Por otra parte, la D de Tajima no es significativa en ninguno de los casos, lo que sugiere que se explica por un modelo neutral. El análisis por ventanas no revela sitios bajo selección. Si tengo tiempo, ampliaré ésta discusión y la existencia de las cuasiespecies virales. Las alineaciones disponibles aquí:

SecuenciasFASTA/FASTAsequences.zip

Influenza A H1N1 y acceso a la información / Influenza A H1N1 and data sharing

Thanks Dr. Jiming Chen from China Animal Health and Epidemiology Center at Qingdao for sharing sequence alignments and trees from his recent paper on Influenza A Phylogeny and Diversity, with the novel California A/H1N1 sequences included. Please cite his paper (and rate it at PLoS ONE) and acknowledge him if these data is useful to you.

El Dr. Jiming Chen, investigador de influenza animal en el China Animal Health and Epidemiology Center en Quindao (青岛), es el autor del artículo sobre el Panorama de la Influenza A de acuerdo a la filogenia se cada uno de sus segmentos, publicado en PLoS ONE y que referí en una entrada anterior. Hace un par de días le pedí sus datos (secuencias, alineaciones y árboles) para compararlo con nuestro mexicanísimo A/H1N1. El Dr. Chen aceptó con gusto, con la condición de que evaluáramos su artículo en PLoS ONE (así que si pueden vayan y evalúenlo por favor) y que los datos fueran colocados en una página donde otros investigadores pudieran tener libre acceso a ellos (pueden revisar la opinión de Steven Salzberg sobre el caso de los genomas de influenza aquí). Así pues, aquí están los datos para quien los necesite, por favor noten que el Dr. Chen ya incluyó las secuencias de California y circulen las ligas a quien creen que pudiera dar buen uso de éstos datos. Como siempre, debe reconocerse al Dr. Chen como autor de los datos y citar su artículo.

Secuencias en formato FASTA:
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)
Set de datos en formato MEGA:
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)
Arbolitos Filogenéticos en formato MEGA (.mts):
hemaglutinina (HA), neuraminidasa (NA)

Ahora pues la pregunta sigue.... ¿dónde demonios están las secuencias con acceso libre de las variantes secuenciadas en México que infectaron además a los pacientes mexicanos? ¿A qué demonios juega la Secretaría de Salud? Primero considera que los investigadores mexicanos no pueden hacer los análisis de caracterización de las cepas y las manda fuera de México, ¡y ahora evita que los investigadores mexicanos puedan trabajar con ellas! El gremio de biólogos que estamos en el área de genómica aprendimos hace mucho que el conocimiento avanza mucho más rápido, y por lo tanto nos beneficiamos todos más, si las secuencias de los genomas están liberadas con acceso irrestricto para que grupos de trabajo con habilidades e intereses diversos aborden problemáticas diferentes pero complementarias con el mismo juego de datos. ¿Porqué la Secretaría de Salud no ha puesto a disposición del público las secuencias?

Sobre la conspiración de la Influenza: Calderón, Sarkozy, Obama, la OMS y las Granjas en Veracruz

En las primeras entradas que escribí sobre la influenza intenté ser objetivo (releer con énfasis: intenté), dándole preferencia a la información que era necesario transmitir. Dado la cantidad de correos, mensajes y comentarios que circulan en la red, me pareció pertinente escribir otra pero de opinión personal. Recalco ésto porque parece que en todo el mundo (y princialmente en México) se ha perdido la capacidad de juicio sobre la información y todo juicio de valor se asume cierto. En otro momento discutiré cómo esto es un efecto cómo el pancapitalismo engulle la libertad de expresión, evidenciado por la pseudociencia (y remito al blog antipseudocientífico de LabJournal). Pero a la gente se le olvidó preguntar "¿quién dijo? ¿cuándo dijo? ¿en qué contexto?" y se queda exclusivamente con el "ya dijeron". Me da remordimiento que la frase que elegí para la primera página de mi tesis de licenciatura fuese "Nothing is true, everything is permitted" de Hassan en Sabbah/Burroughs.

Así pues, se postula la existencia de una conspiración transpanacional entre Calderón (o el secretario de Salud), la OMS (o su presidenta Chan), Obama, Sarkozy y Sanofi-Aventis y/o Novartis, en donde utilizarán la pandemia (creada en un laboratorio o regalo de una transespacial de OVNIS neoliberales) como terapia de shock para reactivar la economía [una recopilación de teorías de la conspiración en éste blog]. así que:

1) Fabricar una variante de influenza A H1N1 no es como hacer chilaquiles. Tampoco es que sea tan tan difícil, pero elegir justo las variantes donadoras de DNA, probarlas y predecir su efectividad (es decir, predecir que será capaz de transmitirse rápida y efectivamente y no mutará hacia hacerse menos efectiva o desaparecerá), es un trabajo de tal magnitud, que requeriría un trabajo interdisciplinario tan grande y comunicación entre tanta gente y tanto dinero, que es ridículo pensarlo.

2) La "naturaleza" solita puede "crear" variantes como la A/H1N1 sin necesidad del hombre. Yo se que ésto es lo más difícil de entender en la sociedad posmoderna que, aunque sin alma, se mantiene montada en el antropocentrismo absoluto y su único dogma de fe es el establishment. Eppur si muove. La variante ancestral porcina de nuestra A/H1N1-2009 ya había sorprendido a los virólogos del mundo (y nadie creía que la habían hecho los de la CIA). Lo que es más, la "naturaleza" (entre comillas porque la invoco a manera de metáfora y no a manera de principio creador unviersal) es capaz de crear humanos, cosa que el hombre no ha podido (bueno, no desde el inicio).

3) Reto a todo imbécil que diga que el virus no existe a que le de una chupada al respirador de un enfermo entubado hospitalizado en el INER. Era de esperarse. Si ya algún estúpido con credenciales de reportero (que le otorga superpoderes de facto en nuesta idiotizada sociedad) se le había ocurrido decir que el VIH no existe rompiendo expectativas de rating, ¿por qué no reproducir la fórmula? A todos los que dicen que no hay entrevistas con enfermos (ni con los muertos, !válgame!), los invito a que con un notario y un doctor (de a de veras, no de la Anáhuac o algo así) entren al pabellón, laman el respirador de un enfermo y se queden en observación una semana. Todo filmado y subido a YouTube para que su descalificación tenga algún peso. El problema del siglo XXI ya no es la falta de información como en los 60's/70's... es la desinformación y la malinformación transmitida por todo gracioso que quiere tener más visitas en su página o que le suba el rating en Yahoo! Questions.

4) Una posible pandemia de una variante del virus de la influenza A ya había sido predicha desde hace tiempo tanto en las esferas científicas como en la OMS. De hecho, tras el brote de influenza aviar de 2004 la OMS formó un Programa Global de Influenza (checar el plan de emergencia aquí, y por favor noten que la fecha es de 2005). Ésto se debe a que los virólogos y epidemiólogos de a de veras (que hacen ciencia sin verdades absolutas a diferencia de los pseudocientíficos) ya habían notado que los virus de la familia A de influenza tenia las siguientes características: (1) son prevalentes en la población a lo largo del año, (2) infectan humanos con regularidad, con algunos casos mortales, (3) tienen parientes que infectan animales domésticos de manera regular, (4) cambian sorprendentemente rápido y no hemos podido combatirlos eficazmente, (5) existen variantes mortíferas en humanos y en animales, (6) se dispersan rápida y fácilmente, (7) han causado pandemias con anterioridad, (8) intercambian material genético que puede darles la capacidad de infectar nuevas especies o ser más letales... todo ésto se notó desde hace más de diez años.

5) El Plan de Preparación contra la Influenza contempla la institución de plantas de producción de vacunas en países potencialmente vulnerables (como México, que antes de 2004 ni siquiera podíamos identificar brotes de influenza), y ésto incluye el acuerdo Sanofi-Aventis con Birmex.

6) La pérdida económica por una pandemia de influenza es estimada por el mismo Centro de Nacional de Prevención Epidemiológica de la Secretaría de Salud del Gobierno de México es estimada en 2008 en 9 mil millones de pesos en costos directos y 151 mil millones de pesos en costos indirectos en un informe que realizaron en el 2008. Si a esto le sumamos los costos por días no laborados y las pérdidas gigantescas por turismo e industrias restauranteras (y muchas otras más), pues no parece una reactivación económica muy efectiva.

7) Las ventas de ROCHE por el antiviral Tamiflu cayeron estrepitosamente en el 2008 porque las variantes prevalentes durante el invierno (es decir, la influenza humana estacional común A/H3N2, no la nueva variante humana-de-origen-porcino-y-aviar H1N1) presentaron resistencia al antiviral.

todo esto no quiere decir que yo no piense (opine, crea o como quieran, pero nunca nada relacionado con SABER porque no tengo ni información ni análisis de datos) lo siguiente:

A) Las farmacéuticas transnacionales son uno de los grupos de poder más temibles en el mundo globalizado del siglo XXI, capaces de hacer cosas terribles e inhumanas como retener medicamentos eficaces contra enfermedades mortales o degenerativas hasta que exista un mejor clima en el mercado. De acuerdo con el informe de la OMS, la demanda de vacunas crecerá a 560 millones de dosis anuales en países que ya cuentan con planes de vacunación estacional (como México) sin considerar países pobres y sin escenarios de pandemia. El costo por dosis más bajo es de $3 USDLL. Eso quiere decir que las ganancias estimadas en el mercado de vacunas contra la influenza es de al menos 1680 millones de dólares anuales. Sin pandemia. Como siempre, el costo de entre 3 y 10 mil millones de dólares que se necesitan para echar andar ésta protección será cubierto por los gobiernos de los países (que luego tendrán que comprar la vacuna).

B) El caso de Sanofi-Aventis / Sanofi-Pasteur y Birmex / Gobierno Mexicano. Según el estimado del mercado señalado en el punto anterior, resulta pues curioso que la inversión en México de la que se siente tan benevolente Sanofi-Aventis (127 millones de dólares) resulta ser un orden de magnitud menor que el estimado de recuperación. Yo únicamente señalo que éste es un negocio, nadie nos está salvando la vida ni se está postulando para el premio Nóbel de la paz por sus acciones filantrópicas. Y también señalo que el facilitador del negocio es el gobierno panista mexicano. Lo que es más, la farmacéutica, en su necesidad de disfrazar sus acciones de filantropía y ayuda, donó 236000 dosis de vacunas contra la influenza estacional (es decir la que ya se demostró que fue poco efectiva durante el 2008 y la cual parece ser absolutamente inútil contra nuestra variante porcina-aviar-humana H1N1).

C) Sobre la política del gobierno mexicano ante el sector salud. Me sorprende la lenta reacción del gobierno mexicano ante la inminente pandemia. Mejor pidieron los españoles los antivirales a la OMS antes que México. Parte de la lentitud es construir una postura oficial al respecto, pues aún cuando la OMS había sugerido desde 1999 la construcción de una fábrica de vacunas, apenas comenzó a construirla con el acuerdo jugoso referido en el punto anterior. Pero más aún es que viene en un momento en el que México debería aceptar la invitación a unirse al bloque de países en desarrollo que están demandando la liberación de las patentes sobre medicamentos y vacunas de importancia global, como lo son algunos medicamentos contra el cáncer en India y los antivirales contra el VIH en Brazil. Claro que un gobierno empresarial como la burla de gobierno que tenemos no ve con buenos ojos liberar patentes aunque ésto se traduzca inmediatamente en el bienestar de grandes sectores de la población.

Lo que es más, los gobiernos tecnócratas mexicanos se han dedicado a desmantelar las instituciones sociales del país, y los gobiernos panistas le han agarrado una tirria particular al sistema de salud y seguridad social, pues aunque aún es efectiva (a pesar de la quiebra económica en la que la han metido, reproduciendo el esquema aplicado al sector agrario) no es el jugoso negocio que podría ser si la comparamos con el inútil e ineficaz pero económicamente productivo sistema de seguridad social norteamericano. Entre las bajas se encuentra el Instituto Nacional de Higiene, que producía vacunas de gran calidad antes de su desmantelamiento (no lo digo yo, lo dice el Dr. Alagón) y transformación en la paraestatal BIRMEX que produce tan solo 2 de las 12 vacunas incluídas en el esquema básico de vacunación, pero que se enorgullece de comercializar otros 14 y de tener como "clientes" a las instituciones gubernamentales IMSS, ISSSTE, y SEDENA entre otros.

Finalmente, escapa a mi comprensión porqué gobiernos como el del Brasil tienen desde 2003 un plan de monitoreo y prevención de brotes epidémicos de influenza, previniendo la necesidad de independizarse de las farmacéuticas transnacionales en caso de epidemias severas de influenza.

¿De dónde viene la nueva variante de influenza A H1N1?

Como suele suceder en situaciones de pánico, todos los ociosos en cuarentena con necesidad de protagonismo se han dedicado a apuntar el dedo acusador a quien se les antoje hoy. Ésto se alimenta de la extraña mezcla que surge entre una población mundial asustada y malinformada y gobiernos incompetentes preocupados por los ratings de aceptación más que en la seguridad de la población y los medios que aprovechan la búsqueda de información para aumentar su propio rating (éste blog tuvo 2000 visitantes el viernes, casi 500 veces más que sus visitas habituales). Así que:

La nueva variante parece ser producto de una mezcla triple de tres variantes de influenza porcina (que a su vez vienen de otras variantes de origen porcino, aviar y humano) que circulan desde hace tiempo en el mundo. Los primeros casos se reportaron en México y por lo tanto todos piensan que la nueva variante A/H1N1 surgió aquí. Éste tipo de pensamientos ha generado diferentes tipos de aversión en contra de los paisanos mexicanos, que van desde el gobierno Francés solicitando a la Unión Europea cancelar los vuelos provenientes de México hasta arrestos domiciliarios de los huéspedes del Hotel Metropark que estuvieron en contacto con mexicanos en China por temor a la difusión de la influenza, pasando por acusaciones al pueblo mexicano y sus migrantes.

Pero dada la capacidad de transmisión del virus, ninguna medida de cierre de fronteras tendrá nungún sentido, que es exactamente lo que indica una fase 5 de alerta pandémica de la OMS: pandemia inminente. Es decir, tanto la OMS, el CDC y epidemiólogos de la academia reconocen que las medidas de cierre de fronteras no pueden contener un virus como al que nos enfrentamos.

Nada quiere decir que los primeros casos se registrasen en México, sino simplemente que aquí nos pegó fuerte primero. Según médicos del CDC, el virus puede tener más de un mes circulando en la ciudad, por lo tanto los casos estudiados no resultan ser tampoco los primeros casos de infección. Lo que es más, si buscamos la historia evolutiva de los segmentos de la nueva variante A/H1N1, encontraremos que sus parientes más cercanos están en la epidemia de influenza porcina (es decir que puercos de a de veras, no de humanos) de 1998 en USA, y que de hecho algunos virólogos ya han rastreado a los ancestros del recombinante en algunas granjas de cerdos en USA. El orígen norteamericano de la variante parece ser apoyado por los análisis preeliminares de las secuencias que favorecen un origen en los aislados de California sobre los Mexicanos. Otras partes del virus pueden identificarse en los virus eurasiáticos de la influenza aviar y otros más en la variante estacional humana H1N1 (es decir, una influenza común prevalente en todo el mundo). [revisen las relacione evolutivas del virus en ésta liga]. Lo más probable es que no logremos identificar nunca con precisión el origen de ésta variante, pues casi todas las filogenias hasta ahora muestran a ésta variante como una rama sola, lo que quiere decir o que es totalmente nueva en la naturaleza o que nos falta muestrear más variantes porcinas y humanas relacionadas, y por lo tanto que se parezca lejanamente a una variante de Ohio o California sólo indicará un parecido distante. Es más, en México no se realizan búsquedas sistemáticas de influenza porcina y por lo tanto no sabremos qué tan relacionado estaba nuesta variante con la porcina mexicana.

¿Y qué con eso? ¿eso nos permite decidir a quién vamos a señalar con el índice acusador como culpable de la aparición de una nueva variante viral? ¿podemos culpar a los norteamericanos? ¿o a su gobierno? ¿o a los republicanos? ¿a Sarkozy y a Obama que vinieron "sospechosamente" antes del brote? o mejor aún... ¿a los cerdos? Sin la intención de defender al inepto secretario de salud, ¿podemos culpar al gobierno panista? ¿o al "presidente legítimo" que anda repartiendo virus en Cananea? ¿o de una vez Salinas?

Espero que por la ironía se entienda que buscar un culpable me parece ridículo. Es una respuesta natural (y absolutamente irracional) al miedo. A que de repente nos damos cuenta de que nuestro cuidadísimo esquema neoliberal es incapaz de mantener nuestro comodísimo status quo. Por favor, dejemos de buscar culpables y detengamos el abuso que se avecina en contra de nuestros connacionales en el extranjero.

update: checar ésta entrevista a Ruben Donis del CDC.

Filogenética de Influenza / Influenza Phylogenetics

Some links to the trees and data on the new H1N1 variant I worked on while we're on quarantine in Mexico City, on behalf on data sharing and open access. There's a much better site with analysis of real virologist here. Follow the links below.

La cuarentena citadina nos ha quitado las opciones del ocio (cines, teatros, museos, cafés y restaurantes) y la paranoia masiva nos quita opciones para socializar. Así que, aunque no soy virólogo y teniendo sólo el internet para conectarme con el mundo, me dediqué a jugar con las secuencias liberadas del virus de la influenza. Hice las filogenias de 3 segmentos antes de que ldalcaraz me indicara que un grupo de virólogos inglés hizo lo mismo que yo pero bien y sabiendo cómo se hace. Así que les dejo el link de los virólogos ingleses (http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/) y los links a mis datos analizados. En mi filogenia incluí los segmentos de la variantes utilizadas para las vacunas del 2007 y 2008 y en donde pude las variantes de la gripe española de 1918 y la aviar del 2004. La nueva variante es pues nueva y diferente. Dado que la variante de la vacuna del 2007 no es efectiva contra la del 2008 y que la distancia entre éstas es mucho menor que la distancia entre éstas y la nueva variante 2009, es muy poco probable que la vacuna sirva de nada (lástima con la donación de vacunas de sanofi). Los tres segmentos analizados tienen orígenes distintos: HA viene de la influenza porcina clásica H1N2; NA viene de la influenza porcina de norteamérica pero éste virus a su vez viene de la influenza aviar eurasiática; y finalmente PB1 viene de influenzas porcinas (H3N2/H1N2) que a su vez eran originalmente de humano (H3N2) [Todos los árboles están en los links de abajo]. O sea que también les pasamos nosotros nuestros virus a los pobres puercos. En fin, creo que es de suma importancia darle seguimiento a todo ésto y para ello la liberación de secuencias, análisis e información es vital.

Sitio de Filogenias de Andrew Rambaut sobre la nueva variante H1N1
Andrew Rambaut's Human/Swine/H1N1 influenza A Phylogenetics site

Sitio del NCBI con todas las secuencias liberadas de la nueva variante
NCBI's flu site with all H1N1 public sequences

Alineación de HA en FASTA / HA alignment in FASTA
Alineación de NA en FASTA / NA alignment in FASTA
Alineación de PB1 en FASTA / PB1 alignment in FASTA

Árbol de HA en PDF / PDF of HA phylogenetic tree
Árbol de NA en PDF / PDF of NA phylogenetic tree
Árbol de PB1 en PDF / PDF of PB1 phylogenetic tree

Árbol de HA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) HA tree
Árbol de NA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) NA tree
Árbol de PB1 editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) PB1 tree