Sobre la conspiración de la Influenza: Calderón, Sarkozy, Obama, la OMS y las Granjas en Veracruz

En las primeras entradas que escribí sobre la influenza intenté ser objetivo (releer con énfasis: intenté), dándole preferencia a la información que era necesario transmitir. Dado la cantidad de correos, mensajes y comentarios que circulan en la red, me pareció pertinente escribir otra pero de opinión personal. Recalco ésto porque parece que en todo el mundo (y princialmente en México) se ha perdido la capacidad de juicio sobre la información y todo juicio de valor se asume cierto. En otro momento discutiré cómo esto es un efecto cómo el pancapitalismo engulle la libertad de expresión, evidenciado por la pseudociencia (y remito al blog antipseudocientífico de LabJournal). Pero a la gente se le olvidó preguntar "¿quién dijo? ¿cuándo dijo? ¿en qué contexto?" y se queda exclusivamente con el "ya dijeron". Me da remordimiento que la frase que elegí para la primera página de mi tesis de licenciatura fuese "Nothing is true, everything is permitted" de Hassan en Sabbah/Burroughs.

Así pues, se postula la existencia de una conspiración transpanacional entre Calderón (o el secretario de Salud), la OMS (o su presidenta Chan), Obama, Sarkozy y Sanofi-Aventis y/o Novartis, en donde utilizarán la pandemia (creada en un laboratorio o regalo de una transespacial de OVNIS neoliberales) como terapia de shock para reactivar la economía [una recopilación de teorías de la conspiración en éste blog]. así que:

1) Fabricar una variante de influenza A H1N1 no es como hacer chilaquiles. Tampoco es que sea tan tan difícil, pero elegir justo las variantes donadoras de DNA, probarlas y predecir su efectividad (es decir, predecir que será capaz de transmitirse rápida y efectivamente y no mutará hacia hacerse menos efectiva o desaparecerá), es un trabajo de tal magnitud, que requeriría un trabajo interdisciplinario tan grande y comunicación entre tanta gente y tanto dinero, que es ridículo pensarlo.

2) La "naturaleza" solita puede "crear" variantes como la A/H1N1 sin necesidad del hombre. Yo se que ésto es lo más difícil de entender en la sociedad posmoderna que, aunque sin alma, se mantiene montada en el antropocentrismo absoluto y su único dogma de fe es el establishment. Eppur si muove. La variante ancestral porcina de nuestra A/H1N1-2009 ya había sorprendido a los virólogos del mundo (y nadie creía que la habían hecho los de la CIA). Lo que es más, la "naturaleza" (entre comillas porque la invoco a manera de metáfora y no a manera de principio creador unviersal) es capaz de crear humanos, cosa que el hombre no ha podido (bueno, no desde el inicio).

3) Reto a todo imbécil que diga que el virus no existe a que le de una chupada al respirador de un enfermo entubado hospitalizado en el INER. Era de esperarse. Si ya algún estúpido con credenciales de reportero (que le otorga superpoderes de facto en nuesta idiotizada sociedad) se le había ocurrido decir que el VIH no existe rompiendo expectativas de rating, ¿por qué no reproducir la fórmula? A todos los que dicen que no hay entrevistas con enfermos (ni con los muertos, !válgame!), los invito a que con un notario y un doctor (de a de veras, no de la Anáhuac o algo así) entren al pabellón, laman el respirador de un enfermo y se queden en observación una semana. Todo filmado y subido a YouTube para que su descalificación tenga algún peso. El problema del siglo XXI ya no es la falta de información como en los 60's/70's... es la desinformación y la malinformación transmitida por todo gracioso que quiere tener más visitas en su página o que le suba el rating en Yahoo! Questions.

4) Una posible pandemia de una variante del virus de la influenza A ya había sido predicha desde hace tiempo tanto en las esferas científicas como en la OMS. De hecho, tras el brote de influenza aviar de 2004 la OMS formó un Programa Global de Influenza (checar el plan de emergencia aquí, y por favor noten que la fecha es de 2005). Ésto se debe a que los virólogos y epidemiólogos de a de veras (que hacen ciencia sin verdades absolutas a diferencia de los pseudocientíficos) ya habían notado que los virus de la familia A de influenza tenia las siguientes características: (1) son prevalentes en la población a lo largo del año, (2) infectan humanos con regularidad, con algunos casos mortales, (3) tienen parientes que infectan animales domésticos de manera regular, (4) cambian sorprendentemente rápido y no hemos podido combatirlos eficazmente, (5) existen variantes mortíferas en humanos y en animales, (6) se dispersan rápida y fácilmente, (7) han causado pandemias con anterioridad, (8) intercambian material genético que puede darles la capacidad de infectar nuevas especies o ser más letales... todo ésto se notó desde hace más de diez años.

5) El Plan de Preparación contra la Influenza contempla la institución de plantas de producción de vacunas en países potencialmente vulnerables (como México, que antes de 2004 ni siquiera podíamos identificar brotes de influenza), y ésto incluye el acuerdo Sanofi-Aventis con Birmex.

6) La pérdida económica por una pandemia de influenza es estimada por el mismo Centro de Nacional de Prevención Epidemiológica de la Secretaría de Salud del Gobierno de México es estimada en 2008 en 9 mil millones de pesos en costos directos y 151 mil millones de pesos en costos indirectos en un informe que realizaron en el 2008. Si a esto le sumamos los costos por días no laborados y las pérdidas gigantescas por turismo e industrias restauranteras (y muchas otras más), pues no parece una reactivación económica muy efectiva.

7) Las ventas de ROCHE por el antiviral Tamiflu cayeron estrepitosamente en el 2008 porque las variantes prevalentes durante el invierno (es decir, la influenza humana estacional común A/H3N2, no la nueva variante humana-de-origen-porcino-y-aviar H1N1) presentaron resistencia al antiviral.

todo esto no quiere decir que yo no piense (opine, crea o como quieran, pero nunca nada relacionado con SABER porque no tengo ni información ni análisis de datos) lo siguiente:

A) Las farmacéuticas transnacionales son uno de los grupos de poder más temibles en el mundo globalizado del siglo XXI, capaces de hacer cosas terribles e inhumanas como retener medicamentos eficaces contra enfermedades mortales o degenerativas hasta que exista un mejor clima en el mercado. De acuerdo con el informe de la OMS, la demanda de vacunas crecerá a 560 millones de dosis anuales en países que ya cuentan con planes de vacunación estacional (como México) sin considerar países pobres y sin escenarios de pandemia. El costo por dosis más bajo es de $3 USDLL. Eso quiere decir que las ganancias estimadas en el mercado de vacunas contra la influenza es de al menos 1680 millones de dólares anuales. Sin pandemia. Como siempre, el costo de entre 3 y 10 mil millones de dólares que se necesitan para echar andar ésta protección será cubierto por los gobiernos de los países (que luego tendrán que comprar la vacuna).

B) El caso de Sanofi-Aventis / Sanofi-Pasteur y Birmex / Gobierno Mexicano. Según el estimado del mercado señalado en el punto anterior, resulta pues curioso que la inversión en México de la que se siente tan benevolente Sanofi-Aventis (127 millones de dólares) resulta ser un orden de magnitud menor que el estimado de recuperación. Yo únicamente señalo que éste es un negocio, nadie nos está salvando la vida ni se está postulando para el premio Nóbel de la paz por sus acciones filantrópicas. Y también señalo que el facilitador del negocio es el gobierno panista mexicano. Lo que es más, la farmacéutica, en su necesidad de disfrazar sus acciones de filantropía y ayuda, donó 236000 dosis de vacunas contra la influenza estacional (es decir la que ya se demostró que fue poco efectiva durante el 2008 y la cual parece ser absolutamente inútil contra nuestra variante porcina-aviar-humana H1N1).

C) Sobre la política del gobierno mexicano ante el sector salud. Me sorprende la lenta reacción del gobierno mexicano ante la inminente pandemia. Mejor pidieron los españoles los antivirales a la OMS antes que México. Parte de la lentitud es construir una postura oficial al respecto, pues aún cuando la OMS había sugerido desde 1999 la construcción de una fábrica de vacunas, apenas comenzó a construirla con el acuerdo jugoso referido en el punto anterior. Pero más aún es que viene en un momento en el que México debería aceptar la invitación a unirse al bloque de países en desarrollo que están demandando la liberación de las patentes sobre medicamentos y vacunas de importancia global, como lo son algunos medicamentos contra el cáncer en India y los antivirales contra el VIH en Brazil. Claro que un gobierno empresarial como la burla de gobierno que tenemos no ve con buenos ojos liberar patentes aunque ésto se traduzca inmediatamente en el bienestar de grandes sectores de la población.

Lo que es más, los gobiernos tecnócratas mexicanos se han dedicado a desmantelar las instituciones sociales del país, y los gobiernos panistas le han agarrado una tirria particular al sistema de salud y seguridad social, pues aunque aún es efectiva (a pesar de la quiebra económica en la que la han metido, reproduciendo el esquema aplicado al sector agrario) no es el jugoso negocio que podría ser si la comparamos con el inútil e ineficaz pero económicamente productivo sistema de seguridad social norteamericano. Entre las bajas se encuentra el Instituto Nacional de Higiene, que producía vacunas de gran calidad antes de su desmantelamiento (no lo digo yo, lo dice el Dr. Alagón) y transformación en la paraestatal BIRMEX que produce tan solo 2 de las 12 vacunas incluídas en el esquema básico de vacunación, pero que se enorgullece de comercializar otros 14 y de tener como "clientes" a las instituciones gubernamentales IMSS, ISSSTE, y SEDENA entre otros.

Finalmente, escapa a mi comprensión porqué gobiernos como el del Brasil tienen desde 2003 un plan de monitoreo y prevención de brotes epidémicos de influenza, previniendo la necesidad de independizarse de las farmacéuticas transnacionales en caso de epidemias severas de influenza.

¿De dónde viene la nueva variante de influenza A H1N1?

Como suele suceder en situaciones de pánico, todos los ociosos en cuarentena con necesidad de protagonismo se han dedicado a apuntar el dedo acusador a quien se les antoje hoy. Ésto se alimenta de la extraña mezcla que surge entre una población mundial asustada y malinformada y gobiernos incompetentes preocupados por los ratings de aceptación más que en la seguridad de la población y los medios que aprovechan la búsqueda de información para aumentar su propio rating (éste blog tuvo 2000 visitantes el viernes, casi 500 veces más que sus visitas habituales). Así que:

La nueva variante parece ser producto de una mezcla triple de tres variantes de influenza porcina (que a su vez vienen de otras variantes de origen porcino, aviar y humano) que circulan desde hace tiempo en el mundo. Los primeros casos se reportaron en México y por lo tanto todos piensan que la nueva variante A/H1N1 surgió aquí. Éste tipo de pensamientos ha generado diferentes tipos de aversión en contra de los paisanos mexicanos, que van desde el gobierno Francés solicitando a la Unión Europea cancelar los vuelos provenientes de México hasta arrestos domiciliarios de los huéspedes del Hotel Metropark que estuvieron en contacto con mexicanos en China por temor a la difusión de la influenza, pasando por acusaciones al pueblo mexicano y sus migrantes.

Pero dada la capacidad de transmisión del virus, ninguna medida de cierre de fronteras tendrá nungún sentido, que es exactamente lo que indica una fase 5 de alerta pandémica de la OMS: pandemia inminente. Es decir, tanto la OMS, el CDC y epidemiólogos de la academia reconocen que las medidas de cierre de fronteras no pueden contener un virus como al que nos enfrentamos.

Nada quiere decir que los primeros casos se registrasen en México, sino simplemente que aquí nos pegó fuerte primero. Según médicos del CDC, el virus puede tener más de un mes circulando en la ciudad, por lo tanto los casos estudiados no resultan ser tampoco los primeros casos de infección. Lo que es más, si buscamos la historia evolutiva de los segmentos de la nueva variante A/H1N1, encontraremos que sus parientes más cercanos están en la epidemia de influenza porcina (es decir que puercos de a de veras, no de humanos) de 1998 en USA, y que de hecho algunos virólogos ya han rastreado a los ancestros del recombinante en algunas granjas de cerdos en USA. El orígen norteamericano de la variante parece ser apoyado por los análisis preeliminares de las secuencias que favorecen un origen en los aislados de California sobre los Mexicanos. Otras partes del virus pueden identificarse en los virus eurasiáticos de la influenza aviar y otros más en la variante estacional humana H1N1 (es decir, una influenza común prevalente en todo el mundo). [revisen las relacione evolutivas del virus en ésta liga]. Lo más probable es que no logremos identificar nunca con precisión el origen de ésta variante, pues casi todas las filogenias hasta ahora muestran a ésta variante como una rama sola, lo que quiere decir o que es totalmente nueva en la naturaleza o que nos falta muestrear más variantes porcinas y humanas relacionadas, y por lo tanto que se parezca lejanamente a una variante de Ohio o California sólo indicará un parecido distante. Es más, en México no se realizan búsquedas sistemáticas de influenza porcina y por lo tanto no sabremos qué tan relacionado estaba nuesta variante con la porcina mexicana.

¿Y qué con eso? ¿eso nos permite decidir a quién vamos a señalar con el índice acusador como culpable de la aparición de una nueva variante viral? ¿podemos culpar a los norteamericanos? ¿o a su gobierno? ¿o a los republicanos? ¿a Sarkozy y a Obama que vinieron "sospechosamente" antes del brote? o mejor aún... ¿a los cerdos? Sin la intención de defender al inepto secretario de salud, ¿podemos culpar al gobierno panista? ¿o al "presidente legítimo" que anda repartiendo virus en Cananea? ¿o de una vez Salinas?

Espero que por la ironía se entienda que buscar un culpable me parece ridículo. Es una respuesta natural (y absolutamente irracional) al miedo. A que de repente nos damos cuenta de que nuestro cuidadísimo esquema neoliberal es incapaz de mantener nuestro comodísimo status quo. Por favor, dejemos de buscar culpables y detengamos el abuso que se avecina en contra de nuestros connacionales en el extranjero.

update: checar ésta entrevista a Ruben Donis del CDC.

Filogenética de Influenza / Influenza Phylogenetics

Some links to the trees and data on the new H1N1 variant I worked on while we're on quarantine in Mexico City, on behalf on data sharing and open access. There's a much better site with analysis of real virologist here. Follow the links below.

La cuarentena citadina nos ha quitado las opciones del ocio (cines, teatros, museos, cafés y restaurantes) y la paranoia masiva nos quita opciones para socializar. Así que, aunque no soy virólogo y teniendo sólo el internet para conectarme con el mundo, me dediqué a jugar con las secuencias liberadas del virus de la influenza. Hice las filogenias de 3 segmentos antes de que ldalcaraz me indicara que un grupo de virólogos inglés hizo lo mismo que yo pero bien y sabiendo cómo se hace. Así que les dejo el link de los virólogos ingleses (http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/) y los links a mis datos analizados. En mi filogenia incluí los segmentos de la variantes utilizadas para las vacunas del 2007 y 2008 y en donde pude las variantes de la gripe española de 1918 y la aviar del 2004. La nueva variante es pues nueva y diferente. Dado que la variante de la vacuna del 2007 no es efectiva contra la del 2008 y que la distancia entre éstas es mucho menor que la distancia entre éstas y la nueva variante 2009, es muy poco probable que la vacuna sirva de nada (lástima con la donación de vacunas de sanofi). Los tres segmentos analizados tienen orígenes distintos: HA viene de la influenza porcina clásica H1N2; NA viene de la influenza porcina de norteamérica pero éste virus a su vez viene de la influenza aviar eurasiática; y finalmente PB1 viene de influenzas porcinas (H3N2/H1N2) que a su vez eran originalmente de humano (H3N2) [Todos los árboles están en los links de abajo]. O sea que también les pasamos nosotros nuestros virus a los pobres puercos. En fin, creo que es de suma importancia darle seguimiento a todo ésto y para ello la liberación de secuencias, análisis e información es vital.

Sitio de Filogenias de Andrew Rambaut sobre la nueva variante H1N1
Andrew Rambaut's Human/Swine/H1N1 influenza A Phylogenetics site

Sitio del NCBI con todas las secuencias liberadas de la nueva variante
NCBI's flu site with all H1N1 public sequences

Alineación de HA en FASTA / HA alignment in FASTA
Alineación de NA en FASTA / NA alignment in FASTA
Alineación de PB1 en FASTA / PB1 alignment in FASTA

Árbol de HA en PDF / PDF of HA phylogenetic tree
Árbol de NA en PDF / PDF of NA phylogenetic tree
Árbol de PB1 en PDF / PDF of PB1 phylogenetic tree

Árbol de HA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) HA tree
Árbol de NA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) NA tree
Árbol de PB1 editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) PB1 tree

Influenza: Información de la OMS

Tanto se discute de a quién se le debe hacer caso...

Aquí están los links a las declaraciones del Dr. Keiji Fukuda de la OMS, y me parece que es lo más honesto que he escuchado hasta ahorita, y me parece loable que un médico/científico tenga el valor y la ética de decir "no sé / no estamos en condiciones de saber / no tenemos manera de saber" ante una audiencia mundial

Archivos de Audio [en Inglés] :
http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/en/index.html

Transcripción [en Español]:
http://www.who.int/mediacentre/multimedia/swineflupressbriefings/es/index.html

update: El link en español parece que no sirve, así que pongo el pdf del transcrito en inglés aquí.

La naturaleza y posibles orígenes de la Influenza Pandémica

Resúmenes nanométricos de los publicado sobre influenza y pandemias recientemente:

1) Los Genomas de la Influenza: Desde el 2004 existe el Proyecto de Secuenciación de Genomas de Influenza, que junto con el JC Venter Institute han secuenciado los genomas virales de más de 3,000 variantes de influenza, con la intención de obtener mayor información sobre la evolución, dispersión y contención de la influenza. Lo más importante es que el acuerdo contempla la liberación de las secuencias al público por medio del NCBI, pues el acceso inmediato y gratuito a éstas secuencias permite que científicos de todo el mundo las estudien con aproximaciones diferentes (un comentario de Steve Salzberg sobre la importancia del acceso libre e influenza aquí).

Los genomas de los virus de la influenza A consisten de ocho moléculas de RNA de una sóla hebra de entre 890 y 2341 nucleótidos, comprendiendo en total alrededor de 13.5 Kb. Codifican para 11 proteínas, de las cuales sólo dos han sido extensivamente estudiadas porque se sospecha que son la fuente de la mayor parte de la variación antigénica (es decir lo más cambiante y que dificulta su detección por el sistema inmune) y por lo tanto la mayoría de las entradas en el GenBank corresponden a fragmentos de éstas. Las proteínas corresponden a las proteínas capsulares hemaglutinina (HA), que se une a receptores en la membrana hospedera y or lo tanto le permite al virus entrar a la célula que va a infectar, y la neuraminidasa (NA) que permite que las partículas virales dentro de la célula sean liberadas para infectar otras células. Actualmente, las variantes/cepas/subtipos virales de influenza se caracterizan de acuerdo a la combinación de éstos dos genes. Es decir, la variante A(H1N1) es un virus de la influenza A con la hemaglutinina 1 y la neruaminidasa 1, a diferencia de la variante A(H3N2) que tiene la hemaglutinina 4 y la neuraminidasa 2. [Fuente: Ghedin Et al., 2005]

2) La Aparición de Nuevas Variantes: La relación entre los virus de la influenza y sus hospederos (o sus "víctimas") es igual que una carrera armamentista estilo la peor película de la guerra fría: el sistema inmunológico desarolla métodos de detección de las proteínas HA y NA de la cápsula del virus, pero entonces surgen nuevas variantes en el virus que no pueden ser detectadas por el sistema inmune y aparece un nuevo brote de influenza, al final del cual el sistema inmune ya puede detectarlo y así en círculos, cuento de nunca acabar.

Las nuevas variantes pueden aparecer por dos mecanismos diferentes [Nicholls,2006]:
(a) Mutación: cambios de un sólo aminoácido en las secuencias de éstos genes causan pequeñas variantes en las proteínas capsulares que impiden su detección por el sistema inmune. Dado que los virus se replican muy rápidamente y sin mecanismos de reparación, la velocidad a la que éstos cambios son insertados es muy alta. Una nueva variante que surge por éste mecanismo se conoce como variante mutante.

(b) Recombinación: cuando dos variantes distintas [p.ej. A(H1N1) y A(H3N3)] intercambian segmentos completos de genes entre ellas. Una nueva variante que surge por éste mecanismo se conoce como una variante recombinante. Aunque no se sabe exactamente como surgen los recombinantes, se piensa que ocurren cuando dos o más variantes distintas infectan un mismo hospedero, los segmentos dentro de las células infectadas se mezclan y las nuevas partículas virales se ensamblan con partes de diferentes variantes. Aparentemente, la nueva variante de influenza A(H1N1) en México es una recombinante.

Los primeros análisis de genomas virales demuestran que ambos fenómenos ocurren constantemente, pero que la aparición de nuevos recombinantes es mucho más frecuente y de mayor importancia epidemiológica de lo que se tenía contemplado, pues ocurre tanto entre un mismo subtipo [A(H3N2), Holmes et al., 2005] como entre distintas variantes [entre A(H3N2) y A(H1N1), Ghedin Et al., 2005]. Esto quiere decir que los virus no necesitan inventar nuevas versiones de sus proteínas para escapar la detección del sistema inmune, sino que les basta con intercambiarlas con otras variantes de manera que la nueva combinación de proteínas preexistentes no es detectable por el sistema inmine.

3) Las Pandemias y la Genómica:Aparentemente, los brotes epidémicos de 1957 y 1968 fueron el resultado de procesos de recombinación entre variantes ya conocidas [Nicholls,2006]. En 1957, la variante de influenza A humana común intercambió tres segmentos con con una variante de influenza A aviar (que no infectaba humanos). Éstas nuevas variantes tienen una gran capacidad de infección porque son innovaciones a las que el sistema inmune de toda la población humana no ha sido jamás expuesta, como si el sistema inmune se quedara buscando con videocaseteras VHS y el virus se dispersara con DVDs.

En 2005, se publicó el resultado de la secuenciación del genoma viral original de la variante A(H1N1) que causó la pandemia de gripe española en 1918, recuperado del cadáver de un soldado en Alaska. El análisis del genoma revela que ésta variante no surgió por recombinación, sino que es sorpresivamente similar a una variante de influenza aviar (que no infecta a humanos) pero con algunas mutaciones que le permitieron saltar la barrera específica e infectar a humanos. [Taubenberg et al., 2005]. Es decir que aunque la variante de la gripe española y la variante actual de la influenza en México pertenecen al mismo subtipo (o linaje o familia pues), tienen un origen distinto. Desde el 2005 se continúa el análisis del patrón de mutaciones para identificar aquellas mutaciones que podrían permitir la infección a humanos y por lo tanto tomar medidas preventivas ante la detección de la aparición de éstas mutaciones en las poblaciones virales que infectan animales.

4) La Transmisión del Virus En un experimento con cobayos infectados con influenza A(H3N2), se detectó que la transimisión del virus por aerosoles (gotitas de babas producidas al estornudar y toser) es favorecida por bajas temperaturas (5°C) y humedad relativa (20-35%), mientras que a altas temperatura (30°C) y humedad relativa(80%), la transmisión es totalmente bloqueada. [Lowen et al., 2007). La temperatura reportada por el SMN en la Ciudad de México es entre 12°C(min) y 29°C(max)., y la humedad relativa en ésta semana se reporta entre 26-46% según ésta página que no conozco.

5) Qué Sabemos de la Variabilidad: Los subtipos de influenza actualmente se caracterizan de acuerdo a la combinación de 16 hemaglutininas (HA) y 6 neuraminidasas (NA) conocidas. Sin embargo, tanto la secuenciación de genomas virales como los análisis de las secuencias de éstas proteínas HA y NA y la aparición de subvariantes infecciosas sugieren que hay una diversidad mucho más grande de variantes virales, y que la clasificación de los virus centrándose en HA y NA no logra abarcar todas éstas diferencias (incluso se sugiere el uso de los otros 9 segmentos del genoma de RNA del virus para su caracterización). En la imagen se presenta el análisis de Liu et al., 2009 sobre las proteínas HA de alrededor de 23,000 variantes, la representación en árbol se lee como un árbol genealógico: las ramas que están cercanas están más cercanamente emparentadas que las lejanas, y el largo de las ramas representa la cantidad de diferencias entre una secuencia y otra. Nótese que dentro de un mismo linaje (separados por colores rojo y negro) hay muchas variantes (terminaciones de ramas) ligeramente diferenciadas (longitudes cortas entre las ramas).

6) Dineros y Mercado: Se estima que la Ciudad de México pierde 50 millones de dólares por cada día que tenemos todo cerrado... contrastando con 1,680,000,000 de dólares que se espera embolsar la farmacéutica que desarrolle la nueva vacuna (suponiendo que cuesta 3 US DLLS cada dosis y de acuerdo a lo presentado en la entrada anterior).

Otros links sobre influenza

Les dejo algunos links a otras páginas de diverso interés:

TreeOfLife: una excelente recopilación de publicaciones científicas de acceso libre (es decir, no hay que pagar para leerlas) realizada por el Dr. Jonathan Eisen [en inglés]

Un mapa ede los casos de Influenza Porcina en México, y otro en USA.

Blog Gripe Porcina: Un blog de unos tíos españoles que están dando seguimiento a las noticias de todos lados.

La liga al portal con las secuencias obtenidas de los genomas virales aislados de los pacientes de California, depositado en el GenBank [gracias a ldalcaraz por el link]

La página del brote de Influenza Porcina de la Organización Mundial de la Salud (OMS).

La página del Centro para la Prevención y Control de Enfermedades de USA (CDC).

update: Una entrada del blog de ldalcaraz sobre transparencia de información y dispersión.

update:El portal sobre la influenza de la UNAM.

Un link que agrupará todas las entradas en este blog que tengan que ver con influenza (también está en la barra lateral).

Influenza, información y teoría de la conspiración: Lo que sí se sabe, lo que no se sabe, lo que no se sabe si se sabe y lo que se miente

1.- La influenza, o más bien las influenzas, son causadas por toda una familia de virus diferentes, y se clasifican en tres subfamilias: A, B y C. Dentro de cada subfamilia hay diferentes "subtipos", "variantes" o "serotipos", y cada una de estas causa influenzas ligeramente diferentes o en especies diferentes. Cada año tenemos brotes estacionales de influenza humana durante los meses más fríos del año en cada hemisferio. Usualmente la influenza estacional se presenta como un cuadro gripal severo que puede ser mortal (250,000-500,000 muertes anuales en todo el mundo) aunque en general se cura sin intervención médica tras una semana. La naturleza de los virus les permite hacer pequeños cambios muy rápidamente en su estructura genética, dificultando enormemente su detección. Es por eso que cada año es necesario reformular la vacuna de la influenza para que sea efectiva con la variante de cada año.

2.- La familia de la influenza "A" está formada por el grupo de Orthomyxoviridae y contiene las variantes más virulentas, entre las que se encuentran la gripe aviar, la española y otras muchas. Muchas de éstas variantes son específicas de una sóla especie, es decir que sólo infectan aves o perros o caballos o cerdos o humanos. Pero de vez en cuando aparece una nueva variante que se saltan la barrera específica y comienzan a infectar humanos, especialmente en las especies domésticas como las aves y los puercos. Las variantes se clasifican como en la imágen, de acuerdo al tipo de virus, el lugar geográfico donde se detectó, la cepa, el año y el subtipo, variante o serotipo. Este se determina de acuerdo a dos proteínas que el virus presenta en su cápsula y que el sistema inmunológico usa para detectarlos, y por lo tanto se conocen como los antígenos hemaglutinina y neuraminidasa (H y N).

3.- Dada su naturaleza rápidamente cambiante y su alta tasa de transmisión, algunas veces los brotes de nuevas variantes virales pueden dispersarse rápidamente y sorprender poblaciones enteras cuyo sistema inmunológico no está preparado para la detección y el combate de estas nuevas variantes, generando de manera natural epidemias y pandemias. Las variantes más importantes en la historia reciente son:

A(H1N1): la variante que en 1918 generó la pandemia de gripe española, que se difundió a lugares tan remotos como Alaska y las islas de Samoa y cobró la muerte de entre 50 y 100 millones de personas en todo el mundo. En verano de 1919, la epidemia, así como vino, se fue.

A(H3N2): la variante que en 1968 generó una pandemia mundial con 15% de la población total infectada pero una tasa de mortalidad relativamente baja, cobrando 1 millón de muertes.

A(H5N1): conocida como la gripe aviar (bird/avian flu) la variante más reciente que saltó la barrera específica de aves de corral a humanos, ha causado la muerte de varios millones de aves de corral en Asia, África y Europa, cobrando la muerte de 250 humanos.

4.- Hay un brote de influenza "A" en México (principalmente en la Cd. de México y San Luis Potosí) y el sur de USA (California).

5.- El virus causante del brote está relacionado (es primo hermano pues) con el virus de la influenza A(H1N1), conocido vulgarmente como de la influenza porcina (swine flu) porque se manifiesta principalmente en puercos. El virus normalmente tiene alta morbilidad (una alta tasa de incidencia, es decir que se transmite fácil y rápido en la población) y una muy baja tasa de mortalidad (es decir pocas muertes entre los infectados) [con datos de la OMS]. Se transmite por aerosoles (es decir las gotitas de babas que se producen al estornudar y toser), y contactos directos e indirectos. Éste virus ya había cruzado la barrera específica con anterioridad, con casos en España y USA desde 2007.

6.- El A(H1N1) de México fue identificado inicialmente con la ayuda del Laboratorio Nacional de Microbiología en Winnipeg, Canadá, quienes confirmaron su presencia en 16 de las 51 muestras de posibles infectados. Ésta variante resulta ser un recombinante totalmente nuevo, es decir, un tipo de virus que combina en su genoma segmentos de la variante conocida que infecta a puercos en USA, segmentos de la variante de influenza aviar de USA, segmentos del virus de influenza humana y segmentos de la variante de influenza porcina en eurasia. Es decir, es un virus con un genoma "mosaico" de diferentes variantes que no había sido identificado con anterioridad. Aún no se sabe por medio de qué mecanismo se formó éste virus.

7.- A la fecha, los laboratorios han confirmado 26 casos en México, 40 en USA, 1 en Canadá y 1 en España (según el último reporte de la OMS). Estos número contrastan con los manejados en los medios de comunicación porque SON LOS ÚNICOS CONFIRMADOS. De acuerdo con la OMS, se consideran:

casos confirmados: aquellos en donde se detectó la presencia del virus en el paciente por medio de alguna de las siguientes pruebas:

PCR-tiempo real
cultivo viral
aumento 4x de la presencia de anticuerpos específicos para A(H1N1) variante local.

Sin embargo, la OMS también reporta que la única forma confiable de confirmar un caso es mediante el aislamiento del virus y la secuenciación parcial de su genoma, dado que por su novedad no es posible establecer la confiabilidad de todos los demás métodos de detección.

casos probables: aquellos en donde un individuo dio positivo a la prueba general de influenza A (que no especifica la variante) pero no ha podido definirse su variante con las pruebas aplicadas Ó aquellos individuos con cuadros clínicos similares a la variante o que haya muerto de enfermedades respiratorias agunas inexplicables y que en ambos casos puedan ligarse epidemiológicamente con casos comprobados (es decir, que estuvieron en contacto directo o indirecto con casos comprobados).

Cabe resaltar que las pruebas de detección son costosas y tardadas, y apenas se está determinando la especificidad y eficiencia de los métodos de detección conocidos actualmente.

8.- Dado que la nueva variante del virus A(H1N1) (denominada por el CDC de USA como A/California/04/2009 A(H1N1)) apenas fue identificada hace una semana, no es posible que existan vacunas para protejerse de ella, al menos no todavía. No se sabe si la vacuna contra la influenza de éste año sirve para protejerse de la variante porcina mexicana.

9. A la nueva variante ya se le hicieron las pruebas de resistencia a los cuatro antivirales comúnes, y ha sido secuenciada, aunque su secuencia es sólo semi-libre porque se requiere permiso para accesar a la base de datos. Yo personalmente no se porqué no está libre a todo el público. La variante es resistente a amantadina y rimantadina, pero sensible a zanamivir y oseltamivir. Ésto resulta de gran importancia porque ciertos reporteros que gozan de mucha credibilidad en México se lanzaron a decir que en un comunicado de la UNAM se evidencía que el virus es resistente al antiviral que se está medicando, pidiéndole opinión a cierto personaje de salud pública en USA (ver video). Sin embargo, esto me parece una gran irresponsabilidad porque yo no he podido encontrar el "comunicado oficial" de la UNAM por ningún lado, no se menciona el nombre de los investigadores que lo siguieren y, como lo muestra un documento de la OMS, ésos datos reflejan la persistencia de la resistencia de la variante estacional del virus de la influenza A en general, no específicamente de nuestra variante. Lo que es más, los datos de la OMS se reportan el 19 de Marzo de 2009, casi un mes antes de la detección del virus, por lo tanto no incluyen la variante de abril. Todos pueden revisarlos aquí. Sin embargo, es de suma importancia tener un seguimiento estrecho y caracterizar constantemente las nuevas cepas respecto a la resistencia al oseltamivir, dado que las otras cepas de influenza sí han presentado 98% de resistencia, lo que podría sugerir que la nueva cepa puede adquirir o desarrollar resistencia a dicho antiviral.

10.- La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha elevado el nivel de alerta pandémica del 3 en el que nos encontrábamos hasta ayer (con reportes esporádicos de contagio animal-humano y humano-humano, en pequeñas agrupaciones humanas) al nivel 4, adoptado para brotes de influenza con transmisión de humano a humano y con capacidad de mantener brotes en comunidades enteras. Esto quiere decir que la posibilidad de una pandemia ha aumentado, no que ya se haya determinado la pandemia. También recalcaron que los esfuerzos no deben de enfocarse en la contención de los brotes, pues la dispersión es inevitable, sino en la mitigación.

11.- Hasta la tarde del 27 de abril, la Dirección de la OMS no consideraba necesario el cierre de fronteras ni la interrupción del flujo internacional y reportaba 73 casos confirmados en 4 países.


Finalmente unos datos más para reflexión:

11.- Tanto la Directora General de la OMS como la Dirección de la CDC de USA han declarado que la contención de éste brote de influenza no es realísticamente viable. Esto quiere decir que dada la naturaleza del virus y la dinámica actual de las poblaciones humanas, es muy poco probable que si este brote alcanza el nivel de epidemia pueda ser contenido exclusivamente en la Ciudad de México. Esto no es un llamado al apocalipsis y la histeria colectiva pues afortunadamente el virus no tiene una alta mortalidad, lo que quiere decir es que muy probablemente el virus se disperse alrededor del mundo, y la necesidad de aplicación de antivirales será enorme en todo el planeta.

12.- El virus de la influenza tiene 120 nanómetros de diámetro, y el tamaño del poro de un cubrebocas lo pueden ver con una lupa. La importancia del uso del cubrebocas es evitar espacir aerosoles contaminados, es decir gotitas de babas de los individuos infectados que pueden o entrar a las mucosas de individuos no infectados (contagio directo) o impregnar superficies lisas de donde pueden recogerlo individuos no infectados (contagio indirecto). Por lo tanto el cubrebocas es indispensable para evitar la DISPERSIÓN de la influenza, pero no EVITAR EL CONTAGIO.

13.- El pasado 25 de abril, el presidente FeCal (por cierto que... ¿dónde se encuentra el súperpresidente "legítimo" cuando sus huestes perredistas lo necesitan?) publicó en el Diario Oficial de la Federación un DECRETO mediante el cual otorga diversas atribuciones a la Secretaría de Salud para combatir el brote de influenza, entre las cuales se encuentran algunos atropellos a las libertades constitucionales como lo son el aislamiento de enfermos y supuestos portadores sanos, la inspección de pasajeros y medios de transporte, el allanamiento de todo tipo de local y casa habitación, la regulación del tránsito en el país y

VI. La adquisición a nivel nacional o internacional, de equipo médico, agentes de diagnóstico, material quirúrgico y de curación y productos higiénicos, así como todo tipo de mercancías, objetos, bienes y servicios que resulten necesarios para hacer frente a la contingencia, sin necesidad de agotar el procedimiento de licitación pública, por las cantidades o conceptos necesarios para afrontarla;

VII. Importar y autorizar la importación de los bienes y servicios citados en el inciso anterior, sin necesidad de agotar trámite administrativo alguno, por las cantidades o conceptos necesarios para afrontar la contingencia objeto de este decreto;

o sea que pueden comprar cantidades industriales de lo que quieran sin pedir permiso y sin licitación de nada.

14.- El pasado 9 de Marzo, el presidente Nicolás Sarkozy de Francia y el presidente FeCal y el secretario de salud JA Córdoba (que apenas hace cuatro días decía que el brote de influenza era sólo atípico y controlado) dieron el visto bueno a la firma de una colaboración entre Birmex, empresa propiedad del Gobierno Federal de México, y la transnacional Sanofi-Aventis (SA), (cuyas ganancias se elevan casi a 6 mil millones de dólares), con la inversión de 100 millones de Euros para la construcción de una instalación en México que manufacture vacunas contra la influenza. Mediante su filial Sanofi Pasteur (con sede en Lyon, Francia), la principal productora de vacunas en el mundo, plantearon comenzar la construcción a inicios del mes de abril. La inversión es una iniciativa que forma parte de la Plan de Acción Global de Influenza Pandémica para Incrementar el Abastecimiento de Vacunas, que desde el 2006 previó que ante una posible pandemia el abasto de vacunas se quedaría corto por 2 mil millones de dosis, con una demanda anual de alrededor de 600 mil millones de dosis. El precio de cada dosis individual oscila entre los $3 y $7 US DLLS.

15.- Las ventas anuales de Tamiflu, la marca comercial de Roche para el antiviral oseltamivir, fueron de 1.7 mil millones de dólares en 2007 y bajaron a tan sólo 564 millones de dólares en 2008, debido a la creciente resistencia de las variantes virales.

16.- La temporada de influenza apenas terminó... y dado el nortecentrismo global no creo que nadie haya previsto que la temporada de inluenza apenas comienza en el hemisferio sur!


Update: más entradas sobre influenza aquí o en la barra lateral, donde dice Influenza (duh!).

Radiohead en México

A pesar de estar medio encabronado por la espera de 15 años y aún así permanecer parado durante 6 horas (ya estoy viejo), a pesar de los pleitos e incertudumbre de no tener boleto a menos de una semana del concierto, a pesar de que no tocaron en el Metropólitan y de que nos quedamos sin metro... todavía hace un año moría de envidia de que el buen Diego se quejara del precio a pagar por verlos en l'Opera de Paris aprovechando su estancia en la Galia.

Llegamos tempranísimo. Yo fijé un horario adelantado porque esperaba que me plantaran. Pero no. todo fue como debía y llegamos un tanto demasiado temprano. Estaba sorprendentemente vacío. Yo esperaba ver largas filas y embotellamientos, pero no. Adentro todavía no estaba lleno. La banda estaba sentada en el piso y una amiga incluso sugirió tirarnos estilo Just. Tampoco lo hicimos durante la rola.

Con puntualidad inglesa (corrección en ~220 caracteres), se apagaron las luces poquito antes de las 8. En el escenario estaban cuatro podios con laptops negras y cuatro pelones en traje detrás de ellas. Con los primeros sonidos de Man-Machine nos dimos cuenta que la puntualidad era alemana. Yo no sabía que abría Kraftwerk y fue buena sorpresa. El set esta bien bueno y al menos a mí me impresiona bastante el minimalismo de cuatro fulanitos y sus laps con presentaciones simples cuyo mensaje golpea fuerte. De lo que recuerdo, durante los cuarenta minutos que estuvieron en el escenario "tocaron" Tour de France, Numbers, Computer World, Autobahn y Radioactivity. La recepción fue rara. Yo me sentí viejo de pensar que son una banda de más de 30 años de edad y sí me emocionaron los robots y los trajecitos de Tron en music non stop.

Nos echaron las luces otra vez. Antes de que abriera Kraftwerk, el lugar se sentía medio vacío, pero ahora se sentía a la gente llegar. Hartos aprovecharon para ir al baño mientras otros más hartos aprovecharon pa' meterse hasta adelante. Nota bizarra: los de OCESA nos pusieron reaggae. Se tardaron mucho en alistar el set y no tuvimos chance de sentarnos otra vez. Pusieron unos tubos larguísimos a manera de telón alrededor del escenario (que por cierto ahora me entero de que son de LEDs para disminuír las emisiones de carbono). Apagaron la luz y los gritos de histeria no se hicieron esperar y no se detuvieron sino hasta bien entrada 15 step.

El sonido estuvo impecable, si bien no me hubiera molestado a un volúmen un poco más alto. El espectáculo fue simple pero elegante. Las imágenes a blanco y negro en las pantallas superior y laterales me remitían a un especial de una banda clásica en la Rolling Stone. Thom Yorke se veía contento... aunque eso no quiera decir nada. Su interacción con el público fue como se esperaba: parca y tímida, apenas suficiente. El desempeño musical era el que hablaba por la banda y finalmente era eso lo que íbamos a buscar todos. Tuve permanentemente la piel de gallina y los pelos erizados. Incluso debo confesar que se me salieron tres lagrimitas: airbag, lucky y fake plastic trees. La euforia desbordó en national anthem, no surprises, optimistic/idioteque, paranoid android y my iron lung. Dos encores apenas bastaron. Aunque un sólo concierto no bastaba para escuchar todo lo que necesitábamos, fue justo y necesario. Las grandes ausentes: karma police y high and dry. Si quieren saber si tocaron creep, pues mejor lléguenle. Yo personalmente me quedé con ganas de escuchar climbing up the walls, you and whose army, how to dissapear completely, i might be wrong, true love waits, where i end and you begin y un morning bell. Y la neta sí, también exit music (for a film). Pero no digo nada de esto con pesar.



El setlist búsquenlo en otro lado, yo no recuerdo el orden. Las imágenes y videos, veré su puedo linkear alguno de otro lado, porque me cagan las camaritas y los flashazos a la mitad de los conciertos y yo si voy a ver y oír. Por eso luego no tengo recuerdos de nada.

En breve, Radiohead en México: Pocamadre.

Revisión Darwin, Metagenómica y la "Nueva Ecología"

Germán Bonilla-Rosso, Valeria Souza, & Luis Eguiarte (2008). Metagenómica, Genómica y Ecología Molecular: La Nueva Ecología en el Bicentenario de Darwin TIP - Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas, 11 (1), 41-51

Si de por sí ya uno no podía encontrar ninguna exposición de biólogo en la que no se mencionase a Darwin, pues ahora en el susodicho Año de la Evolución lo vamos a ver hasta en la sopa...

Y yo no voy a ser el biólogo de excepción, así que me autopromociono un poco con éste bonito artículo de colección para la dama y el caballero...

Éste es una breve revisión de metagenómcia y sus recientes avances en metagenómica y la aplicación de las herramientas de la biología molecular a la ecología. A nuestro entender, los enfoques metagenómicos representan una culminación del legado de Darwin como la aproximación al mundo natural visualizando individualmente a los organismos como el producto de su historia evolutiva delineada por su funcionamiento e interacción con su entorno abiótico y con otros organismos.

Y aprovecho para desahogar lo siguiente: hoy día, las publicaciones en español y en revistas no indexadas o de difusión (aunque sea difusión para la misma élite científica) no tienen peso curricular o incluso llegan a valer puntos negativos en el SNI, así que con frecuencia los intentos por producir éste tipo de textos se ven rápidamente desalentados. Éste artículo salió en una publicación de la FES Zaragoza que, hasta donde sé, no se encuentra en la red (por cierto, vale la pena echarle un ojo a esa publicación si tienen oportunidad). Pero ayer recibimos un correo electrónico de una alumna de Coahuila solicitando el texto completo. Curiosamente, mi tesis se desarrolla en Coahuila. Así que me llena de orgullo poner a disponibilidad el pdf nuestro artículo.

¡A escribir en español, pues!

Update: Aquí está el link a la revista, aquí el original.

...by means of Natural Selection

Well, this may arrive a little bit late but I couldn't let Darwin's Fest go without blogging. So... we begin here the festivities on the so-called The Year of Evolution 2009. This gathers the 200th anniversary of good ol' Charles Darwin's birth, the 150th anniversary of the publication of On Origin of the Species and (oddly) the 200th anniversary of the publication of Philosophie Zoologique by Jean Baptiste de Lamarck.

You can read more in darwin-online, including full books!

And a petite homage for the art piece that my advisor cooked for his son AND Darwins B-Days: (I still can't understand how can she be a full-time professor, advisor of around 20 alumni and still have time to bake such complex cakes!)

Pelusa Prohibida

Estaba yo pensando harto en la atascadísima sobrepoblación de alumnos que tenemos en el laboratorio... alrededor de 35-40... y dado que no nos permitieron instaurar las luchas de lodo como mecanismo de elección de alumnas, pues la iluminación me llegó de un letrerito que se encuentra sobre el mismo jardincito en el que descansa la estatua de George Louis Leclerc comte de Buffon en el Jardin des Plantes...


ahora sí, a prohibir pelusa en el laboratorio...

Metagenome Sequence Simulators

Richter DC, Ott F, Auch AF, Schmid R, & Huson DH (2008). MetaSim: a sequencing simulator for genomics and metagenomics. PloS one, 3 (10) PMID: 18841204


An article from the Huson's Group at Tübingen University has just came out in the Open Access (and scientific publishing innovator) journal PLoS ONE, describing MetaSim, a software to produce artificial or syntetic or in silico metagenomes out of a selection of completely sequenced genomes.

This is just "heaven-sent" for me since I've been working on a set of syntetic metagenomes for the past two months, and will be happy to use this software first hand like... today. It seems that the software not only lets you choose the source genomes from a phylogenetic tree (figures reproduced here from the original article al PLoS ONE thanks to the Creative Commons License), but also choose from three different type of sequencing technology output (Sanger, 454 and Illumina) and generate theorethical metagenome.

This is the continuation of a very important change in genomic sciences, moving from experiments far too expensive or long to be replicated and hence out of hard statistical comparision, to null-model based in silico genomic analysis.

The first effort to analyze the true scope of metagenomic analysis was presented by Kostas Mavrommatis and others from the Genome Biology group at JGI (unfortunately published in an non-OA journal), where they produced three simulated metagenomes of contrasting complexity to asses assembly, gene prediction and annotation (SPOILER: the best combination assesed was Arachne assembler with Fgenesb predictor and PhyloPhytia for binning, and BLAST "performed poorly" as usual). This work also produced a database for the Fidelity of Analysis of Metagenomic Samples (FAMeS), a great effort to standarize metagenomic analysis software. A great alternative is ProxyGene annotation, as reported by the Markowitz group.

Mavromatis K, Ivanova N, Barry K, Shapiro H, Goltsman E, McHardy AC, Rigoutsos I, Salamov A, Korzeniewski F, Land M, Lapidus A, Grigoriev I, Richardson P, Hugenholtz P, & Kyrpides NC (2007). Use of simulated data sets to evaluate the fidelity of metagenomic processing methods. Nature methods, 4 (6), 495-500 PMID: 17468765

I'll play a little with the software and post some of my impressions here... and maybe in the original PLoS ONE webpage since it is totally open to post-publication review!!!!

You can download MetaSim at Huson's Labpage!!!

Novel Justice on HIV from Nobel Prize

Well I might be a bit late for this post but... The Nobel Prize for Physiology or Medicine 2008 went viral and was granted this Monday to three scientists from the viral research line: 1/2 prize was granted to Harald zur Hausen, for discovering human papilloma virus as a cause of cervical cancer; and another 1/2 (that is, 1/4 each) to Françoise Barré-Sinoussi and Luc Montagnier, for the discovery of the HIV virus.

Now, it's great that the Nobel recognizes the outstanding labor of researchers around the world. And I won't go into how this turns into courthish or royalty-like in science. The really GREAT thing is that this could be read like the final word on the "controversy" around who really had the credit for the discovery.

That is, Montagnier's lab had already reported in Science (with Barré-Sinoussi as a first author) the isolation and initial characterization as a T-lymphotrophic retrovirus from a single AIDS patient. They also linked it (or the family it belonged to) to AIDS.

Robert Gallo (the discoverer of the first human retrovirus in 1980) had been searching for the viral causative agent of AIDS for a while, and wanted to link it to his already discovered HTLV virus. He had already assigned multiple functions to this virus and wanted it to be also the cause of AIDS. He actually reported the dicovery of his so-called HTLV-III virus as the causative agent of AIDS in a Science special issue. He basically reports the methodology to study HTLV-III viruses, the presence of the virus in AIDS patients, and the presence of antibodies against the virus in AIDS patients.

So, what's the problem with this? Well, it started when Gallo asked Montagnier some samples and data. Then, during Gallo's press conference, he used an image from Montagnier's virus. Just after the press conference, he filed a US patent on the detection tests. The French complained (!) and led to a large and mediatic dispute that was partially settled when Reagan and Chirac agreed on sharing the credit AND the money...

In 1993, an article by Sheng-Yung Chang and collaborators analized the archived samples from both l'Institut Pasteur and the Laboratory for Tumor Cell Biology, and found that out of six HIV variants found in Gallo's lab, none of them was similar to the one he isolated. In contrast, they were identical to the french isolate. And though they politely described it as "a contamination", it seemed quite clear (at least to me) that Gallo couldn't find the virus he wanted to find in his own samples, and so took the french virus and turned out to be the one he was looking for.

Recently in 2002, they tried to settle things up (and clean a stain in the history of science on the "mine's bigger" credit) by a collaborative publication by both Gallo and Montagnier. I don't think the peace-making settlement received as much attention as the dispute, as usual.

So, 25 years and an international agreement later, the French are acknowledged by the elite of the scientific community as the discoverers. On interview, Montagnier and Barré-Sinoussi credit Gallo. Diplomatically, Gallo congratulated the french.

Hope all the people in Africa benefit from this tangled web of credits and money.

(And before anyone makes an attack on this... 1) Without Dr. Gallo's research, no HIV virus could have been linked to AIDS; 2) HIV isolation and discovery's credit goes without doubt to Montagnier's; 3) As persons, I equally dislike both scientists, specially after quarreling about who would earn the most out of people's diseases).

Atheists of the world, come out of the closet!!!!

Here's a talk that Richard Dawkins gave a while ago (2002) during a TED conference. It is mainly about defending atheism. You can download it at the TED talks site. A wonderful quote:

"...teach your children evolution in biology class and they'll soon move on to drugs ... and sexual perversion..."

I would also love to recommend his new book, God's Delusion (check the wiki), where he makes his point on not being ashamed about being an atheist while also pointing out all the horrors fueled by religions (YES, with "s" of "plural). I might not totally agree with the rationale, but I definitively agree with the general idea. And... you gotta love the guy!

Hope there's some discussion on this...

Looking for the Maras Salterns in Peru, I came across with this... Any idea what the hell these numbers are? (you might need to zoom in a little)
Instructions: Zoom in with the "+" button three times, then move up wih the button 2 times. I don't understand why I cannot zoom the specific region.


Ver mapa más grande

http://maps.google.es/maps?f=q&hl=es&geocode=&q=Maras+salinas&ie=UTF8&ll=-13.351552,-72.15588&spn=0.003565,0.006866&t=h&z=18

And any idea of where on hell are the Maras Salterns?

On the Road...

I'm reading "On the Road" by Jack Kerouac (you can find the Penguin Classics' link in google here), the novel that defined the beat generation 50 years ago and, along with Howl and Naked Lunch, helped americans to begin to question themselves and liberalize a bit. Kerouac and Cassady are Sal Paradise and Dean Moriarty, while Carlo Marx and Old Bull Lee represent Allen Ginsberg and (my very favorite) William Burroughs. It's based on a (soulsearch)trip Jack Kerouac did along Neal Cassady across the U.S., defining the basic trama for most road movies. It was written on a single, continuous scroll of paper, single-spaced and without paragrah breaks. To me, it still has some points worth pointing out:

I've just returned from San Francisco (I actually bought the book at Bound Together, an anarchist collective bookstore on Haight St, recommended!)

"Over Oakland Bay Bridge I slept soundly for the first time since Denver; so I was rudely jolted in the bus station at Market and Fourth..."; "Weird bums (Mission and Third) asked me for dimes in the dawn"... I never got to ride the bridge, since the BART goes under the Bay. But after 50 years, there's lots of bums in Market St as well!!!

"And oh, that pan-fried chow mein flavored air that blew into my room from Chinatown, vying with the spaghetti sauces of North Beach, the soft-shelled crab of Fisherman's Wharf- nay, the ribs of Fillmore turning on spits! Throw in the Market Street chili beans, redhot, and french-fried potatoes of the Embarcadero wino night, and steamed clams from Sausalito across the bay, and that's my ah-dream of San Francisco." --- yum... it certainly is, but a nice burrito from The Mission is missing!

"Dean had a sweater wrapped around his ears to keep warm. He said we were a band of Arabs coming to blow New York." I know. Not very politically correct, but it gave me the creeps!

"Sure, baby, mañana." It was always mañana. For the next week that was all I heard - mañana, a lovely word that probably means heaven." great wisdom in this phrase. If you ever go to Mexico, be sure to learn the meaning of "ahorita"!

"They thought I was a Mexican, of course; an in a way I am" yeah... after picking cotton barehanded, falling in love with a single-mother chicana and dining a frijoles-only meal, yeah... he might have been... I just loved the Terry-the-Mexican-girl chapter.

Finally, here's a link to a google-map with Paradise's itinerary depicted on it. So... go get the book! (and read it, obviously!)

In some ways, you know, people that don't exist are much nicer than people that do.

-- Lewis Carroll

Bacillus coahuilensis : the genomical TexMex

After a long publication struggle, two articles from two close friends have finally been published: the description of novel species Bacillus coahuilensis by my former bacteriology teacher and former owner while doing my Social Service and actually the one to blame for my adscription to the lab I work in now, René Cerritos (a.k.a. Dr. Chapultepec) in the IJSEM Journal. The other is the publication of the complete genome sequence of the very same strain in PNAS by my former schoolmate, my former Represenant in the Universitary Council and beermate Luis Alcaraz (a.k.a. The Dude). Both are the product of a weird collaboration between the CINVESTAV and LANGEBIO in Iruapuato, the Texan universities of Rice and Houston and the institutes Biotechnology and Ecology in UNAM, where I'm at.

In short:

Cuatrociénegas Valley is in a 750 m basin above sea level in North Mexico, deep in the Chihuahuan Desert and formerly a coastal region during the Jurassic. It is characterized by the presence of many oligotrophic ponds in the middle of the desert supporting large bacterial communities, appearingly from a marine origin (as shown by Souza and Desnues), that have been studied by my labgroup leaded by Valeria Souza and Luis Eguiarte (the very same place where I'm conducting my Theses). Cerritos isolated many bacilli strains from one of the widest and shallowest pond (Churince's Laguna Grande) and found many moderately halophilic species (that tolerate slightly salty envirnoments). A novel aerobic strain (m44) belonged to a group of aquatic, moderatedly halophilic species (B .marisflavi, B. aquimaris, B. vietnamensis) , and could not grow on most sugar-contaning media (uncommon for the bacilli). The team in CINVESTAV sequenced the genome (leaded by Gaby Olmedo and Luis Herrera-Estrella) and Alcaraz anotated it. He also conducted most of the sequence analises, with some help of Siefert from Rice University, Putonti from the UofH and me, during our stay in Houston a year ago. The genome turned out to be the smallest genome within bacilli with 3.35 Mbp with many mobile elements.

The most important feature of B. coahuilensis is that this is the second mexican microbial genome sequenced to date (the two bacteria genomes sequenced in Mexico are Rhizobium etli by the CCG and this), but whose sequence has been analized in the light of ecology and evolution (remember Dobzhansky's maxima?), that is, the adaptations of a formerly marine lineage to an oligotrophic lentic environment.

That is, the sequence pointed towards an adaptation to growth within low-phosphorus environment: namely the presence of sulfoquinovose synthase (sdq1) that synthesises sulfolipids to replace membrane phospholipids (which constitute around 30% of the total phosphorus), never reported before outside chloroplasts and unicellular cyanobacteria. The CINVESTAV team looked into the membrane and corroborated its sulfolipid composition.

The genome also codes for a sensory bacteriorrhodopsin gene, reminiscent of its marine origin where they are very abundant (see work by Venter and Rusch). The expression analyses proved it to be constitutive and not -light dependent, suggesting it to be an adaptation to shallow-water irradiance exposure.

Analysing the enconded transmembrane importers is a good way to analyse what the organism is uptaking for the environment, that is, it's "feeding-habits". The family of Iron-Siderophore importers is overrerpresented in B. coahuilensis, a feature shared with other aquatic bacilli, suggesting that marine bacilli actively scavenge for iron. It also show a preference for the uptake of single aminoacids and not large polypeptides, with absolute requirement of 8 aa and partial of another 5, a feature shared by the aquatic, small-genome organism Minibacterium massiliensis.

This, taken together with the fact that it has the lowest number of genes involved in nitrogen cycle, together with the experimental evidence of being incapable of utilizing a wide variety of sugars, suggests that this organism is totally dependent of the rest of the community to live on, and has evolved from a primitive bacterial component of that community with specific adaptations for a novel environment.

I'm very proud of the product of this collaboration and expect to continue this way. And also very happy because from the moment of this publication on, The Dude is able to obtain its PhD!!!

My Geek Pride is hurt: BLOSUM matrices

BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix) are the canonical substitution matrices used for scoring protein sequence alignments. In essence, it calculates the relative frequencies of all aminoacids in each position within an alignment and assigned a probability to the substitution of a particular residue. BLOSUM matrices built with closely related sequences are more stringent and have high numbers (BLOSUM80) indicating the percentage similarity allowed to include a sequence in the matrix (in the latter case, all proteins share at least 80% sequence identity).

BLOSUM matrices were developed in 1992 by Henikoff and Henikoff and since then have been extensively used in all analyses involving protein sequences...

and then, here comes he "AAARRGHHHH!!!"

Styczynski et al (2008) were killing their time looking at the evolution of the BLOCKS database and found the unthinkable.... an error in the source code for the algorithm that calculates de BLOSUM matrices!!!! that means... the results obtained with the available BLOSUM matrices differ significantly from the expected algorithm from Henikoff & Henikoff... merde!

Weirdest thing of all.. when corrected and tested back for the use of the matrices in database sequence search, it turned out that the "wrong" matrices performed much better in retrieving protein homologs than the "corrected" matrices.

Fortunately, it seems that though the difference is statistically significative, it is not big. That means, we haven't fucked it up so bad.

Epilogue to the blosum...

1) 16 years of extensive usage doesn't mean it is RIGHT.

2) how come that no one, ever, in 16 years, ever noticed this difference!!! THAT is what happens with dogma... when you take anything from granted

3) messing things up is not always THAT bad...

4) I didn't understand from the article if they proposed that the matrices were corrected even if they performed worse...

5) I would expect to see a huge ocean of erratas everywhere because "when using the revised blosum matrices... our results from the past ten years have completely changed!!"

Bound to...

Diving into my ipod, I rediscovered what I think is one of the best breaking up songs ever. I'm not in that mood now, but I keep recognizing it. So, this post goes dedicated to all those girls that actually are brave enough to say 'I'm through'... I mean, there must be some!


"I've thought about it for a while
and I've thought about that many miles
but I think it's time that I've gone away

The feelings that you had for me
have gone away it's plain to see
and it looks to me
that you're pulling away

I'm gonna pick it up
I'm gonna pick it up today
I'm bound to pack it up
I'm bound to pack it up
and go away

I found it hard to say to you
that this is what I have to do
but there is no way that I'm gonna stay

there are someone many things
you need to know
and I wanna tell you before I go
but it's hard to think of just what to say

I'm gonna pick it up
I'm gonna pick it up today
I'm bound to pack it up
I'm bound to pack it up
and go away

I'm sorry to leave you all alone
you're sitting silent by the phone
but we've always known there would come a day

The bus is warm and softly lit
and a hundred people are ridin' it
I guess I'm just another running away

I'm gonna pick it up
I'm gonna pick it up today
I'm bound to pack it up
I'm bound to pack it up
and go away

Oh yeah, yeah"

The White Stripes, De Stijl...