Filogenética de Influenza / Influenza Phylogenetics

Some links to the trees and data on the new H1N1 variant I worked on while we're on quarantine in Mexico City, on behalf on data sharing and open access. There's a much better site with analysis of real virologist here. Follow the links below.

La cuarentena citadina nos ha quitado las opciones del ocio (cines, teatros, museos, cafés y restaurantes) y la paranoia masiva nos quita opciones para socializar. Así que, aunque no soy virólogo y teniendo sólo el internet para conectarme con el mundo, me dediqué a jugar con las secuencias liberadas del virus de la influenza. Hice las filogenias de 3 segmentos antes de que ldalcaraz me indicara que un grupo de virólogos inglés hizo lo mismo que yo pero bien y sabiendo cómo se hace. Así que les dejo el link de los virólogos ingleses (http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/) y los links a mis datos analizados. En mi filogenia incluí los segmentos de la variantes utilizadas para las vacunas del 2007 y 2008 y en donde pude las variantes de la gripe española de 1918 y la aviar del 2004. La nueva variante es pues nueva y diferente. Dado que la variante de la vacuna del 2007 no es efectiva contra la del 2008 y que la distancia entre éstas es mucho menor que la distancia entre éstas y la nueva variante 2009, es muy poco probable que la vacuna sirva de nada (lástima con la donación de vacunas de sanofi). Los tres segmentos analizados tienen orígenes distintos: HA viene de la influenza porcina clásica H1N2; NA viene de la influenza porcina de norteamérica pero éste virus a su vez viene de la influenza aviar eurasiática; y finalmente PB1 viene de influenzas porcinas (H3N2/H1N2) que a su vez eran originalmente de humano (H3N2) [Todos los árboles están en los links de abajo]. O sea que también les pasamos nosotros nuestros virus a los pobres puercos. En fin, creo que es de suma importancia darle seguimiento a todo ésto y para ello la liberación de secuencias, análisis e información es vital.

Sitio de Filogenias de Andrew Rambaut sobre la nueva variante H1N1
Andrew Rambaut's Human/Swine/H1N1 influenza A Phylogenetics site

Sitio del NCBI con todas las secuencias liberadas de la nueva variante
NCBI's flu site with all H1N1 public sequences

Alineación de HA en FASTA / HA alignment in FASTA
Alineación de NA en FASTA / NA alignment in FASTA
Alineación de PB1 en FASTA / PB1 alignment in FASTA

Árbol de HA en PDF / PDF of HA phylogenetic tree
Árbol de NA en PDF / PDF of NA phylogenetic tree
Árbol de PB1 en PDF / PDF of PB1 phylogenetic tree

Árbol de HA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) HA tree
Árbol de NA editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) NA tree
Árbol de PB1 editable en MEGA (MTS) / MEGA format (MTS) PB1 tree