Un Cuento de dos Cerdos

Esperando terminar con las entradas sobre la influenza, les presento aquí la traducción al español de la entrada A Tale of Two Pigs en el blog de Steven Salzberg (no es plagio, es una traducción con autorización del autor), que me parece pertinente primero porque el sí es uno de los bioinformáticos involucrados en el análisis de los genomas de influenza secuenciados con anterioirdad y por sus notas sobre liberación pública de datos. Aunque aquí no lo menciona, otro de los puntos por los cuales TODAS las secuencias mexicanas deberían ser liberadas es porque su secuenciación y análisis se paga con los impuestos del pueblo mexicano y por lo tanto debería de estar disponible al mismo pueblo. Enjoy.

Normalmente no mezclo mi trabajo con éste blog, pero con la influenza haré una excepción. Como todo el mundo sabe (si están despiertos y conscientes), hay un brote enorme de influenza porcina que comenzó hace algunas semanas en México y que se ha dispersado a EU, Europa, Nueva Zelanda y otros sitios. Pueden leer sobre ello en las noticias, así que me enfocaré en un par de cosas que podrían no encontrar en otros sitios.

Primero, se ha reportado que la influenza porcina es una mezcla de virus de influenza humanos, aviares y porcinos. Aunque la fuente de estos reportes es el CDC, ésta no es una imagen adecuada. Hoy leí en The Washington Post que ésta epidemia comenzó cuando un sólo puerco fue infectado simultáneamente por virus de cerdos, de aves y de humanos. Ésta es una inferencia razonable para los reportes de los medios de comunación, pero no es precisa.

De hecho, y de acuerdo a lo descubierto por un buen número de investigadores, la nueva influenza porcina es una mezcla de dos variantes diferentes de virus de influenza porcina. Es definitivamente una nueva variante, pero es claramente una mezcla de dos variantes porcinas que ya habían estado circulando. Ésto suena menos exótico que la teoría del "cerdo-humano-ave". La verdadera razón detrás de la historia de la "triple recombinante" es un poco más compleja, pero simplificando un poco: la historia de una de las dos variantes parentales de influenza porcina indica que parte de ésta variante se originó en las aves have poco más de una década. Ésa variante es llamada a veces "similar a la aviar", pero no es una variante aviar hoy día. En segundo lugar, la historia de la otra variante incluye un pequeño segmento (un gen) que parece haberse originado en los humanos - hace más de 15 años. Otra vez, hoy la variante es de influenza porcina, pero una parte de ella parece venir de los humanos. El evento que creó hoy la influenza porcina - la que nos está preocupando hoy - es una combinación (un "rearreglo" o "recombinación") entre dos variantes porcinas simples.

El otro punto que quiero abordar es sobre compartir datos. Las secuencias de los aislados de USA han sido depositadas inmediatamente en GenBank - la base de datos pública de DNA -, y ésto permite que gente como yo comienze los análisis inmediatamente y sin mayor retraso. Muchos de nosotros hemos discutido durante años lo importante que es liberar los datos a la comunidad rápidamente para acelerar la velocidad de descibrimientos científicos. Sin embargo, los aislados de México NO han sido liberados en GenBank, incluso cuando éstas secuencias pasaron primero por el CDC. En lugar de ello, fueron enviadas a una base de datos conocida como GISAID, que fue originalmente construída para facilitar la compartición de datos sobre la influenza aviar. Desgraciadamente, GISAID cambió su política sobre liberación de datos hace seis meses, y no hay garantía de que las secuencias depositadas ahí lleguen a ser públicas algún día.

El CDC ha depositado las secuencias de influenza en GISAID como si ésto fuera equivalente a hacerlas públicas. Pero no lo es y no se debe pretender que lo sea. El CDC no siempre ha apoyado la liberación de los datos de influenza al público - de hecho, durante años depositaron sus secuencias en bases de datos privadas. Recientemente han hecho declaraciones públicas sobre su compromiso con la liberación al público de las secuencias de influenza, pero parece que no están siguiendo el mismo camino con todas las secuencias del brote de influenza porcina. (No me malinterpreten: el CDC está haciendo un trabajo fantástico al tratar de entender éste brote, y su trabajo es increíblemente importante para la salud pública, especialmente en lo que concierne a la influenza. Simplemente me gustaría que fueran más abiertos con sus datos).

Una última nota técnica. Ya he visto las secuencias Mexicanas (tengo una cuenta en GISAID) y las secuencias de California, y son virtualmente idénticas. Así que parecería que cualquier diferencia en virulencia son debidas a las diferencias entre las personas que fueron infectadas, no por los virus. Al menos es lo que parece hasta ahora - aunque la situación cambia rápidamente.